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标题: 求助：用cp2k跑COF结构与锕酰离子的分子动力学步数一直震荡正常吗？ [打印本页]

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Author: Wenlin 时间: 2024-12-4 10:16
标题: 求助：用cp2k跑COF结构与锕酰离子的分子动力学步数一直震荡正常吗？
用cp2k跑一个COF结构与锕酰离子的分子动力学，选用的NVT系综，步数设置为2000，步长0.5fs，温度300K，热浴CSVR,热浴时间常数100fs。SCF收敛后跑了十几步，从ener文件上看步数一直在震荡，不是按照0,1,2,3,4......这样来的，请问这个情况正常吗？不正常的话问题出在哪里呢？下面分别是输入文件的MD部分，ener文件还有上传的inp文件，麻烦大家看一下。
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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-4 10:24
这个CP2K任务是怎么设置多进程/线程并行的？

另外计算耗时如此高也不正常，而且不是单看&MD能解决的，最好把整个输入文件传上来看看。

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Author: Wenlin 时间: 2024-12-4 10:40

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2024-12-4 10:24
这个CP2K任务是怎么设置多进程/线程并行的？

另外计算耗时如此高也不正常，而且不是单看&MD能解决的，最 ...

您好，我设置的12个MPI进程并行，inp文件已经上传到原文里了，麻烦看一下

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2024-12-4 13:17

Wenlin 发表于 2024-12-4 10:40
您好，我设置的12个MPI进程并行，inp文件已经上传到原文里了，麻烦看一下

从.ener文件可见并行的进程都在各自分别输出，显然有问题。多进程并行时用的MPI库（用which mpirun检查）和编译CP2K时指定的MPI库（用cp2k.psmp -v检查）是否一致呢，以及有没有涉及到超算的作业调度系统之类的环境？

当前这个体系不仅尺寸大还不完全合理，估计这是单步耗时高的一个因素。Am是+6价的话显然周围不会只有两个酰氧和一个COF的氧，而还应有溶剂或者阴离子配位；一下放四个没配位完全的Am，还要求是相同电子自旋态，总电荷和自旋多重度太高也不利于每步SCF正确收敛。可以先尝试下拿一个重复单元（当前的1/4）的COF跑分子动力学，再添加一个Am和相应的配体、阴离子等来跑，从小到大逐步尝试。

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