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标题: 一个配合物分析的问题 [打印本页]

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Author: MCV 时间: 2014-10-19 21:26
标题: 一个配合物分析的问题
本帖最后由 MCV 于 2014-10-19 23:16 编辑

之前问过sob
叠氮以180度桥连金属M-NNN-M的时候，红外会蓝移一两百个波数，CDA分析从叠氮到金属的d大概是0.06，b大概是0.01，净转移电子是0.6，并且d r比较大的那些轨道的成分分析都没有叠氮的occ为0的成分，应该是没什么反馈pi键。除了键级分析外，还能做什么分析来解释这个蓝移？（而且教科书上经典的那些金属羰基化合物，配位的羰基的红外应该是红移）

回答是
【传说】Sobereva(190258442) 2014-10-19 5:51:02查看前后消息
做AIM分析，看看BCP性质如何变化。也做做密度差图，看看结合金属后密度怎么转移的，在哪里聚集了。也做做ELF图。

看到“AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析”这个AIM的文章中对Ni（CO）4这个类似的化合物的说法是“最让人放心的还是作拉普拉斯值或ELF图，物理意义明确，一目了然。”

于是我做了电子密度图和elf图
电子密度图：

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elf：
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看起来都是离子键

cda看起来N3-的轨道能级比较高，frag2的homo lumo是192 193
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对比Ni(CO)4这种典型的存在pi反馈键的例子，应该是完全不同的，即只是离子键

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不知能否这样解释，叠氮的能级较高，参与形成复合物轨道的主要是N3的轨道8的sigma成键轨道、轨道9的sigma反键轨道以及轨道10 11的pi轨道（看的是d-b和r比较高的），其中的反键轨道和pi轨道的电子被转移到金属上，所以叠氮本身键能提高（但是怎么说明为什么是反键的电子转移的更多）

另外能定量或者定性对比分析不同结构么，实验上的规律是M-NNN-M的M是Zn的时候解晶体几乎是直线，opt结果是有一定夹角的非直线，而从Zn到Hg，夹角越来越偏离直线，红外的蓝移也相对较弱
Orb.    Occ.       d          b       d - b       r
   1 2.000000 0.000202 -0.000000 0.000202 0.000017
   2 2.000000 -0.000000 0.000000 -0.000001 0.000000
   3 2.000000 -0.000001 0.000000 -0.000001 0.000000
   4 2.000000 -0.000000 0.000002 -0.000003 0.000001
   5 2.000000 -0.000000 -0.000001 0.000001 0.000000
   6 2.000000 -0.000000 -0.000005 0.000005 -0.000002
   7 2.000000 -0.000000 0.000003 -0.000003 -0.000000
   8 2.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000
   9 2.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000
   10 2.000000 0.000396 -0.000003 0.000400 0.000060
   11 2.000000 0.000477 -0.000003 0.000480 0.000089
   12 2.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000
   13 2.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000
   14 2.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000
   15 2.000000 -0.000000 0.000000 -0.000000 0.000000
   16 2.000000 -0.000000 0.000000 -0.000000 0.000000
   17 2.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000
   18 2.000000 -0.000001 -0.000000 -0.000000 -0.000000
   19 2.000000 -0.000001 0.000001 -0.000001 0.000000
   20 2.000000 -0.000001 -0.000000 -0.000001 -0.000001
   21 2.000000 -0.000001 0.000001 -0.000002 0.000000
   22 2.000000 -0.000001 0.000000 -0.000001 0.000000
   23 2.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000
   24 2.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000
   25 2.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000
   26 2.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000
   27 2.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000
   28 2.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000
   29 2.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000
   30 2.000000 -0.000000 0.000000 -0.000001 -0.000000
   31 2.000000 -0.000002 -0.000001 -0.000001 -0.000001
   32 2.000000 -0.000000 0.000004 -0.000005 0.000001
   33 2.000000 -0.000000 0.000000 -0.000001 0.000000
   34 2.000000 -0.000005 0.000020 -0.000025 0.000006
   35 2.000000 -0.000002 0.000008 -0.000010 0.000003
   36 2.000000 -0.000001 0.000000 -0.000001 0.000000
   37 2.000000 -0.000000 -0.000000 0.000000 -0.000000
   38 2.000000 -0.000000 0.000000 -0.000001 -0.000000
   39 2.000000 -0.000000 -0.000000 0.000000 0.000000
   40 2.000000 -0.000001 0.000001 -0.000002 0.000000
   41 2.000000 -0.000000 0.000000 -0.000000 0.000000
   42 2.000000 -0.000000 0.000000 -0.000000 0.000000
   43 2.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000 -0.000000
   44 2.000000 -0.000000 0.000002 -0.000002 0.000001
   45 2.000000 -0.000000 0.000000 -0.000001 0.000000
   46 2.000000 -0.000000 0.000000 -0.000001 0.000000
   47 2.000000 -0.000000 -0.000001 0.000000 -0.000000
   48 2.000000 -0.000004 -0.000761 0.000758 -0.000298
   49 2.000000 -0.000002 -0.000464 0.000463 -0.000168
   50 2.000000 -0.000000 -0.000028 0.000027 -0.000002
   51 2.000000 -0.000000 -0.000026 0.000025 -0.000002
   52 2.000000 -0.000000 -0.000015 0.000015 0.000002
   53 2.000000 -0.000000 0.000003 -0.000003 0.000004
   54 2.000000 -0.000003 -0.000511 0.000508 -0.000080
   55 2.000000 -0.000000 -0.000352 0.000351 0.000037
   56 2.000000 0.027019 -0.000153 0.027172 0.008282
   57 2.000000 0.000015 -0.000810 0.000825 -0.000039
   58 2.000000 0.000138 -0.001023 0.001161 0.000472
   59 2.000000 0.000054 -0.000168 0.000222 0.000180
   60 2.000000 0.000002 -0.000189 0.000191 0.000082
   61 2.000000 0.000022 -0.000111 0.000133 0.000201
   62 2.000000 -0.000015 -0.000304 0.000289 0.000150
   63 2.000000 0.016033 -0.001966 0.017999 0.022717
   64 2.000000 -0.000040 0.000617 -0.000656 0.001168
   65 2.000000 0.006411 0.001901 0.004511 -0.004615
   66 2.000000 -0.000112 -0.000450 0.000338 0.000243
   67 2.000000 -0.000238 0.000367 -0.000605 0.000338
   68 2.000000 -0.000381 -0.000338 -0.000043 -0.000469
   69 2.000000 -0.000058 0.000138 -0.000196 0.000545
   70 2.000000 -0.000025 0.000217 -0.000242 0.000483
   71 2.000000 -0.000400 -0.000359 -0.000042 -0.001340
   72 2.000000 -0.000058 -0.000310 0.000251 -0.000091
   73 2.000000 -0.000004 -0.000034 0.000030 0.000030
   74 2.000000 -0.000064 0.000166 -0.000230 0.000218
   75 2.000000 -0.000040 0.000065 -0.000105 0.000205
   76 2.000000 -0.000005 -0.000062 0.000057 0.000171
   77 2.000000 -0.000010 -0.000099 0.000089 0.000222
   78 2.000000 -0.000025 -0.000047 0.000022 0.000201
   79 2.000000 -0.000016 -0.000621 0.000605 -0.000086
   80 2.000000 0.000009 -0.000653 0.000662 0.000236
   81 2.000000 -0.000052 -0.000069 0.000017 0.000023
   82 2.000000 -0.000004 -0.000120 0.000116 0.000154
   83 2.000000 0.000045 -0.000495 0.000540 0.001909
   84 2.000000 -0.000027 -0.000066 0.000039 0.000465
   85 2.000000 -0.000032 -0.000033 0.000001 0.000292
   86 2.000000 0.000037 -0.000943 0.000981 0.001881
   87 2.000000 -0.000007 0.000020 -0.000027 0.000511
   88 2.000000 0.000006 -0.000118 0.000124 0.000802
   89 2.000000 0.000006 -0.000114 0.000120 0.001136
   90 2.000000 0.000020 -0.000390 0.000410 0.001670
   91 2.000000 0.000022 -0.000093 0.000114 0.000337
   92 2.000000 0.000009 -0.000065 0.000073 0.000224
   93 2.000000 0.000013 -0.000144 0.000157 0.000696
   94 2.000000 0.000372 -0.000046 0.000418 0.001162
   95 2.000000 -0.000025 -0.000013 -0.000012 0.000464
   96 2.000000 0.000084 -0.000348 0.000432 0.001548
   97 2.000000 0.000165 -0.000481 0.000646 0.003100
   98 2.000000 0.000596 -0.001126 0.001723 0.011777
   99 2.000000 0.043246 -0.003258 0.046504 0.211374
   100 2.000000 0.000793 -0.000106 0.000899 0.003356
   101 2.000000 0.000298 -0.000614 0.000912 0.012760
   102 2.000000 0.000760 0.000010 0.000750 0.001121
   103 2.000000 0.000763 -0.000730 0.001493 0.018707
   104 2.000000 -0.000135 -0.000170 0.000035 0.001450
   105 2.000000 0.000066 -0.000190 0.000255 0.001386
   106 2.000000 0.034657 -0.005086 0.039744 0.178063
   107 2.000000 0.000507 -0.000130 0.000637 0.005641
   108 2.000000 0.000212 -0.000142 0.000354 0.004707
   109 2.000000 0.000674 0.000200 0.000474 -0.000824
   110 2.000000 0.000672 0.000269 0.000403 -0.001282
   111 2.000000 0.004677 0.001464 0.003213 -0.020831
   112 2.000000 0.002054 0.000878 0.001176 -0.010073
   113 2.000000 0.004091 -0.000877 0.004968 0.078380
   114 2.000000 0.000036 -0.000038 0.000074 0.000743
   115 2.000000 0.000557 0.000313 0.000244 0.003366
   116 2.000000 0.005023 -0.002244 0.007267 0.080252
   117 2.000000 0.000024 -0.000297 0.000321 -0.015216
   118 2.000000 0.000156 -0.000035 0.000192 -0.016073
   119 2.000000 0.003280 0.000643 0.002637 0.019871
   120 2.000000 0.000311 0.000081 0.000230 -0.008994
   121 2.000000 0.000440 -0.000056 0.000495 -0.002048
   122 2.000000 -0.000070 -0.000604 0.000534 0.001640
   123 2.000000 0.000751 0.000328 0.000423 -0.008433
   124 2.000000 -0.000909 -0.000356 -0.000553 -0.009625
   125 2.000000 -0.000406 -0.000930 0.000524 -0.001859
   126 2.000000 0.000036 -0.000497 0.000534 0.003817
   127 2.000000 0.000150 0.000201 -0.000051 -0.003392
   128 2.000000 0.000051 0.000001 0.000050 -0.001431
   129 2.000000 0.000635 0.000139 0.000496 -0.007954
   130 2.000000 0.000037 -0.000034 0.000072 0.000150
   131 2.000000 0.000104 0.000108 -0.000004 -0.001186
   132 2.000000 -0.001311 -0.002292 0.000981 -0.026053
   133 2.000000 -0.000113 0.000095 -0.000208 0.000108
   134 2.000000 0.000006 -0.000092 0.000098 -0.001213
   135 2.000000 0.000232 -0.000967 0.001199 -0.002909
   136 2.000000 0.000083 -0.000237 0.000320 0.018515
   137 2.000000 0.000044 0.000146 -0.000102 0.014380
   138 2.000000 0.000306 0.002703 -0.002397 -0.021001
   139 2.000000 0.000458 0.002402 -0.001944 -0.024345
   140 2.000000 -0.000074 0.000098 -0.000172 -0.000660
   141 2.000000 0.000196 0.000086 0.000110 0.000351
   142 2.000000 -0.000016 -0.000007 -0.000009 0.000851
   143 2.000000 0.000169 -0.000074 0.000242 0.000449
   144 2.000000 0.000024 -0.000024 0.000048 0.000030
   145 2.000000 0.000060 0.000027 0.000034 -0.000097
   146 2.000000 0.007141 -0.000042 0.007183 -0.030583
   147 2.000000 0.003554 0.000031 0.003523 -0.014830
   148 2.000000 0.002598 -0.000583 0.003181 -0.000769
   149 2.000000 0.000261 -0.000041 0.000302 -0.001154
   150 2.000000 0.010639 -0.001997 0.012637 -0.007994
   151 2.000000 0.000471 -0.000235 0.000706 -0.006508
   152 2.000000 0.000106 -0.000085 0.000191 -0.002650
   153 2.000000 0.000092 0.000169 -0.000077 -0.002213
   154 2.000000 0.000070 -0.000089 0.000159 -0.002121
   155 2.000000 0.000094 0.000160 -0.000066 -0.001610
   156 2.000000 0.000204 -0.000710 0.000914 -0.012889
   157 2.000000 0.000403 0.000042 0.000361 -0.000686
   158 2.000000 -0.000015 -0.000327 0.000312 -0.000331
   159 2.000000 -0.000043 -0.000171 0.000129 0.000491
   160 2.000000 -0.000048 0.000056 -0.000104 0.000778
   161 2.000000 0.000043 0.000106 -0.000062 0.000201
   162 2.000000 0.001670 -0.001156 0.002827 -0.002836
   163 2.000000 0.007863 0.001102 0.006761 -0.030019
   164 2.000000 0.000565 -0.004756 0.005321 0.008734
   165 2.000000 0.000591 -0.000973 0.001564 -0.027028
   166 2.000000 0.000658 -0.000263 0.000921 -0.028133
   167 2.000000 0.001236 -0.000712 0.001948 -0.016937
   168 2.000000 0.000670 -0.000343 0.001014 -0.018714
   169 2.000000 0.000314 0.000200 0.000114 -0.007143
   170 2.000000 0.000296 0.000076 0.000220 -0.008267
   171 2.000000 0.002126 -0.000157 0.002283 -0.012975
   172 2.000000 0.000332 0.000169 0.000163 -0.001549
   173 2.000000 0.002440 -0.000183 0.002622 -0.015468
   174 2.000000 0.007436 -0.001221 0.008657 -0.047795
   175 2.000000 0.000111 0.000145 -0.000034 0.000500
   176 2.000000 0.000720 -0.000387 0.001107 -0.005052
   177 2.000000 0.028555 -0.001285 0.029839 -0.168540
   178 2.000000 0.012821 -0.003928 0.016750 -0.091639
   179 2.000000 0.002183 -0.002076 0.004258 0.020228
   180 2.000000 0.001833 -0.001199 0.003032 0.015595
   181 2.000000 0.001687 0.000370 0.001317 -0.003794
   182 2.000000 0.000432 -0.000026 0.000458 -0.018432
   183 2.000000 0.014691 -0.004732 0.019423 0.082190
   184 2.000000 0.012608 -0.006498 0.019106 0.101142
   185 2.000000 0.000210 -0.001089 0.001300 -0.009945
   186 2.000000 0.001136 0.004170 -0.003033 -0.002750
   187 2.000000 0.002821 0.000959 0.001862 -0.022492
   188 2.000000 0.001549 -0.000401 0.001950 -0.015858
   189 2.000000 0.027786 0.003069 0.024717 -0.090088
   190 2.000000 0.044216 -0.005012 0.049227 -0.219267
   191 2.000000 0.060594 0.009780 0.050814 -0.265154
   192 2.000000 0.046949 0.012328 0.034621 -0.297968
   193 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
   194 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
   195 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
   196 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
  ......
2292 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000
-------------------------------------------------------------------
Sum:    384.000000 0.466762 -0.028637 0.495398 -0.749031

   ========== Extended Charge decomposition analysis (ECDA) ==========
Contribution to all occupied complex orbital:
Occupied, virtual orbitals of fragment  1: 1069.8931%       0.5949%
Occupied, virtual orbitals of fragment  2: 18091.8745%       37.6588%
Contribution to all virtual complex orbital:
Occupied, virtual orbitals of fragment  1:    30.0044%    7899.1831%
Occupied, virtual orbitals of fragment  2:    8.0208% 202062.1221%
PL( 1) + CT( 1-> 2) = 0.6001    PL( 1) + CT( 2-> 1) = 0.0119
PL( 2) + CT( 1-> 2) = 0.7532    PL( 2) + CT( 2-> 1) = 0.1604
The net electrons obtained by frag. 2 = CT( 1-> 2) - CT( 2-> 1) = 0.5882

Input the index of complex orbital you are interested in, e.g. 6
To exit, input 0
Note: If you want to obtain the composition of an orbital (e.g. orbital 5) of a
fragment (e.g. fragment 2) in all complex orbitals, you can input e.g. 2,5
191
Note: Only the fragment orbitals with contribution >  1.0% will be shown below
Occupation number of orbital 191 of the complex:  2.00000000
Orbital 10 of fragment  1, Occ: 2.00000 Contribution: 9.9454%
Orbital 11 of fragment  1, Occ: 2.00000 Contribution: 35.8738%
Orbital 175 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 1.0238%
Orbital 176 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 8.9017%
Orbital 179 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 16.3894%
Orbital 180 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 8.9526%
Orbital 181 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 6.5063%
Orbital 182 of fragment  2, Occ: 0.00000 Contribution: 2.2396%

Input the index of complex orbital you are interested in, e.g. 6
To exit, input 0
Note: If you want to obtain the composition of an orbital (e.g. orbital 5) of a
fragment (e.g. fragment 2) in all complex orbitals, you can input e.g. 2,5
192
Note: Only the fragment orbitals with contribution >  1.0% will be shown below
Occupation number of orbital 192 of the complex:  2.00000000
Orbital 10 of fragment  1, Occ: 2.00000 Contribution: 39.8322%
Orbital 11 of fragment  1, Occ: 2.00000 Contribution: 12.0030%
Orbital 175 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 4.3270%
Orbital 176 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 1.6264%
Orbital 179 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 19.0185%
Orbital 181 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 16.0944%

Note: If you want to obtain the composition of an orbital (e.g. orbital 5) of a
fragment (e.g. fragment 2) in all complex orbitals, you can input e.g. 2,5
99
Note: Only the fragment orbitals with contribution >  1.0% will be shown below
Occupation number of orbital 99 of the complex:  2.00000000
Orbital    8 of fragment  1, Occ: 2.00000 Contribution: 67.4266%
Orbital 96 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 1.0562%
Orbital 100 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 6.5395%
Orbital 111 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 8.9479%
Orbital 127 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 2.4722%
Orbital 131 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 1.0748%
Orbital 182 of fragment  2, Occ: 0.00000 Contribution: 2.1127%

106
Note: Only the fragment orbitals with contribution >  1.0% will be shown below
Occupation number of orbital 106 of the complex:  2.00000000
Orbital    7 of fragment  1, Occ: 2.00000 Contribution: 25.0951%
Orbital    9 of fragment  1, Occ: 2.00000 Contribution: 29.3559%
Orbital 97 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 4.3954%
Orbital 99 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 1.4723%
Orbital 101 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 1.6911%
Orbital 105 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 9.3029%
Orbital 109 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 2.1213%
Orbital 110 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 11.8356%
Orbital 116 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 3.8432%
Orbital 122 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 1.4712%
Orbital 161 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 1.1897%
Orbital 183 of fragment  2, Occ: 0.00000 Contribution: 1.8848%

190
Note: Only the fragment orbitals with contribution >  1.0% will be shown below
Occupation number of orbital 190 of the complex:  2.00000000
Orbital    9 of fragment  1, Occ: 2.00000 Contribution: 2.6372%
Orbital 161 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 1.6141%
Orbital 174 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 8.9221%
Orbital 175 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 24.4012%
Orbital 176 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 25.3403%
Orbital 177 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 13.1953%
Orbital 180 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 9.9160%
Orbital 181 of fragment  2, Occ: 2.00000 Contribution: 5.8693%
Orbital 183 of fragment  2, Occ: 0.00000 Contribution: 4.8394%

排序d

Orb.	Occ.	d	b	d - b	r
191	2	0.060594	0.00978	0.050814	-0.26515
192	2	0.046949	0.012328	0.034621	-0.29797
190	2	0.044216	-0.00501	0.049227	-0.21927
99	2	0.043246	-0.00326	0.046504	0.211374
106	2	0.034657	-0.00509	0.039744	0.178063

排序b

Orb.	Occ.	d	b	d - b	r
192	2	0.046949	0.012328	0.034621	-0.29797
191	2	0.060594	0.00978	0.050814	-0.26515
186	2	0.001136	0.00417	-0.00303	-0.00275
189	2	0.027786	0.003069	0.024717	-0.09009
138	2	0.000306	0.002703	-0.0024	-0.021

排序d-b

Orb.	Occ.	d	b	d - b	r
191	2	0.060594	0.00978	0.050814	-0.26515
190	2	0.044216	-0.00501	0.049227	-0.21927
99	2	0.043246	-0.00326	0.046504	0.211374
106	2	0.034657	-0.00509	0.039744	0.178063
192	2	0.046949	0.012328	0.034621	-0.29797

排序r

Orb.	Occ.	d	b	d - b	r
99	2	0.043246	-0.00326	0.046504	0.211374
106	2	0.034657	-0.00509	0.039744	0.178063
184	2	0.012608	-0.0065	0.019106	0.101142
183	2	0.014691	-0.00473	0.019423	0.08219
116	2	0.005023	-0.00224	0.007267	0.080252

作者
Author: xmseet 时间: 2014-10-19 22:15
顶~等待大牛来解答

作者
Author: sobereva 时间: 2014-10-19 23:57
电子密度图本身没什么用。

配位键属于极性共价键，但是其ELF图由于配位原子和金属之间的空缺总是容易被误认为是非共价相互作用，那实际上往往是过渡金属的原子壳层的间隙区域，而非非共价相互作用区域。
离子键算是极性共价键的极端，有时候非要纠结是极性共价键还是离子键没太大意思。是否属于共价键，一个判断标准是两原子之间的能量密度的符号（通常考察的是BCP处），如果是负值，说明势能占主导，被认为是共价键的一个标志，通常的配位键都是如此；如果为正值，被认为是非共价相互作用。

你的CDA图连线太多，看不清楚，应当利用Multiwfn的选项使之精简，特别是利用规则“由两个片段贡献值必须都超过xxx”，并且调节能量范围。

你的CDA解释应该是可以的，为什么转移得更多应该是轨道相位匹配的问题。

还是应该做做密度差图，即复合物密度减去金属的密度再减去叠氮的密度，看看N-N之间密度是如何变化的，这直接有助于了解键特征的变化。

定量或者定性对比分析不同结构是没问题的。

另外可以做一下NBO分析，比较一下结合金属前后，叠氮N-N的BD和BD*的占据数怎么变化，以及原子电荷、原子轨道布居数如何改变。

作者
Author: MCV 时间: 2014-11-2 22:23
本帖最后由 MCV 于 2014-11-2 22:47 编辑

sobereva 发表于 2014-10-19 23:57
电子密度图本身没什么用。

配位键属于极性共价键，但是其ELF图由于配位原子和金属之间的空缺总是容易被 ...

想接着问下相位匹配是指这种么，直接说从cda r值最高的那个99号轨道图可见，非直线的金属dz轨道与N上的p轨道相位不如直线的匹配么 (, 下载次数 Times of downloads: 106) (, 下载次数 Times of downloads: 101)

两图中红色和绿色电子云的位置是相反的，生成几次都不会互换颜色，这是为啥？

参与99号成键的那个N3的轨道长下面这个样子，感觉样子很奇怪，是两边的p轨道，中间的s轨道么
(, 下载次数 Times of downloads: 120)

另外，电子密度差图如下，我看大概就是Zn-N成键后N上的电子被Zn极化，中间的那个N和两边N的密度差就看不懂了
(, 下载次数 Times of downloads: 108) (, 下载次数 Times of downloads: 100)
这个密度差图上似乎两边N的电子上的形状和elf图的略相似，有关联么

最近，直接算了个单核Zn的N3配合物做参比，红外频率顺序终于对了，那就略过HN3不用它做参比了

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-3 00:06
这是整个体系的轨道，已经组合到了一起了，虽然也能看得出因为相位匹配而组成了复合物轨道，但没法最透彻地看到片段轨道间的匹配。如果把两个片段的相应片段轨道同时显示出来，看看交叠程度和相位匹配程度，那样更明确。

红绿相反无所谓，可以把一个体系所有轨道相位同时反转，这不影响体系任何性质。

那个N3的轨道，可以用NAO方法分析一下轨道成份。这三个N应该都用了s和p轨道，

N-N键中间的密度降低了，反映出N-N键强度有削弱的迹象。

N3两边那块，和ELF没有直接关联，虽然都反映的是孤对电子区域。ELF衡量的是当前的情况，而密度差衡量的是变化情况。

作者
Author: MCV 时间: 2014-11-3 00:23

sobereva 发表于 2014-11-3 00:06
这是整个体系的轨道，已经组合到了一起了，虽然也能看得出因为相位匹配而组成了复合物轨道，但没法最透彻地 ...

--这是整个体系的轨道，已经组合到了一起了，虽然也能看得出因为相位匹配而组成了复合物轨道，但没法最透彻地看到片段轨道间的匹配。如果把两个片段的相应片段轨道同时显示出来，看看交叠程度和相位匹配程度，那样更明确。
您的意思是我应该像cda教程那样分别把99轨道的frag1 frag2贡献最大的occ0和occ2的部分按照坐标方向摆在一起么，就像我第二幅那个问N3成分的图那样？

--红绿相反无所谓，可以把一个体系所有轨道相位同时反转，这不影响体系任何性质。
似乎没找到gv有这个功能..我用multiwfn试试吧

--那个N3的轨道，可以用NAO方法分析一下轨道成份。这三个N应该都用了s和p轨道，
您指的是说明书的4.8.2 Analysis on water by natural atomic orbital method吧

--N-N键中间的密度降低了，反映出N-N键强度有削弱的迹象。
只看出第一张N旁边的密度梯度都扭转了，中间那个N横向虚线数目一样，纵向实线第一张发散了并且虚线数目不一样，怎么判断的呢

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-3 00:49
对

你就无视红绿就行了。或者gview里把正/负部分等值面颜色正好改成反的。或者用Multiwfn生成分子轨道格点数据，在后处理界面选择令格点数据数值乘以-1然后再观看（或者再导出成cube文件后用gview、VMD等观看）。

对

不用考察得那么细致、有几条线等等。只要原子之间是虚线区域，就代表密度下降了。

作者
Author: MCV 时间: 2014-11-3 09:30
原来是NN之间有虚线就是了...我还在那里看形状，好多没接触过的东西真是不知道怎么看呀，哈哈

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