计算化学公社

标题: 在使用sobtop时出现了闪退的情况该怎么解决呢 [打印本页]

作者
Author: 木月十七岁 时间: 2024-11-20 21:01
标题: 在使用sobtop时出现了闪退的情况该怎么解决呢
本帖最后由木月十七岁于 2025-1-10 14:51 编辑

首先我将pdb文件通过openbabel转化成了mol2文件，打开sobtop，键入文件路径
然后选择1.生成拓扑。
再然后选择3.这步以后就闪退了，这是怎么回事哇。
另外我还把sobtop加入了path路径，我也不知道有什么用

补：上传了mol2文件，总是闪退，很怪

作者
Author: pal 时间: 2024-11-20 21:15
检查一下mol2文件格式，看有没有什么问题，试试用其他方式转换成mol2文件

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-21 05:10
不上传mol2别人没法帮你
先照着下文检验格式合理性，看不出问题就上传
谈谈记录化学体系结构的mol2文件
http://sobereva.com/655（http://bbs.keinsci.com/thread-34520-1-1.html）

作者
Author: Lance先生 时间: 2024-11-21 10:24
我的经验是，一般都是结构有问题

作者
Author: 木月十七岁 时间: 2025-1-10 14:52

sobereva 发表于 2024-11-21 05:10
不上传mol2别人没法帮你
先照着下文检验格式合理性，看不出问题就上传
谈谈记录化学体系结构的mol2文件

sob老师你好，我上传了mol2文件，能否帮我检查一下，非常感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-1-11 00:32
诸如107行的0N10这种原子名都是不合法的，程序没法判断这是什么原子
手动都改成元素名

作者
Author: 木月十七岁 时间: 2025-1-11 13:44

sobereva 发表于 2025-1-11 00:32
诸如107行的0N10这种原子名都是不合法的，程序没法判断这是什么原子
手动都改成元素名

你就是我的神！

作者
Author: 邝紫莹 时间: 2025-4-12 21:30
本帖最后由邝紫莹于 2025-4-12 21:32 编辑

sobereva 发表于 2025-1-11 00:32
诸如107行的0N10这种原子名都是不合法的，程序没法判断这是什么原子
手动都改成元素名

老师您好，我也出现跟楼主一样的问题，换了两个软件转换成mol2文件还是不行，也没有出现元素名不对的情况，请您帮我看看文件是哪里有问题吗？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-13 01:26

邝紫莹发表于 2025-4-12 21:30
老师您好，我也出现跟楼主一样的问题，换了两个软件转换成mol2文件还是不行，也没有出现元素名不对的情况 ...

用gview打开重新保存成mol2，可以被sobtop正常处理

(, 下载次数 Times of downloads: 2)

提问的时候一定要描述准确，不要没有前提下用“换了两个软件”这种描述，谁也不知道你用的什么软件，认真看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: 邝紫莹 时间: 2025-4-16 16:43

sobereva 发表于 2025-4-13 01:26
用gview打开重新保存成mol2，可以被sobtop正常处理

非常感谢老师您的回复，我是完全的新手，因为急需AF532的结构参数（Llink、wlink、Rdye），所以在网上只能找到通过分子动力学的方式来获得。
根据您给的x.mol2文件，我已经通过sobtop得到了拓扑文件x.top、x.gro和x.itp，我把x.top里的[defaults]的内容删掉，并且加入了#include"amber99sb.ff/forcefield.itp"和#include"amber99sb.ff/tip3p.itp。下一步是创建立方体盒子”gmx editconf -f x.gro -o x_box.gro -c -d 1.0 -bt cubic“，然后是溶剂化”gmx solvate -cp x_box.gro -cs spc216.gro -o x_solv.gro -p x.top“，这些都能跑出来，到下一步的能量最小化时，输入”gmx grompp -f em.mdp -c x_solv.gro -p x.top -o em.tpr“，一直报错：
”Fatal error:
Syntax error - File x.itp, line 1
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes “实在是不知道哪里出了问题，我的GROMACS 版本是2020.6，我上传了sobtop直接获得的”原始“文件和经过”自己删减与溶剂化处“理过的文件，希望老师能帮忙解答，谢谢！

作者
Author: 日月崇光 时间: 2025-4-16 18:57

邝紫莹发表于 2025-4-16 16:43
非常感谢老师您的回复，我是完全的新手，因为急需AF532的结构参数（Llink、wlink、Rdye），所以在网上只 ...

itp中重复定义了[ atomtypes ]，将这一部分放到ffnonbonded.itp，或者这一部分新建文件include到forcefield.itp中

作者
Author: 邝紫莹 时间: 2025-4-16 22:00

日月崇光发表于 2025-4-16 18:57
itp中重复定义了[ atomtypes ]，将这一部分放到ffnonbonded.itp，或者这一部分新建文件include到forcefie ...

谢谢大佬！问题解决了！但是到了NVT 平衡（温度弛豫）这一块，我输入gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p x.top -o nvt.tpr成功了，

接下来输入gmx mdrun -deffnm nvt时，报错：Fatal error:Step 0: The total potential energy is 7.99999e+19, which is extremely high.
The LJ and electrostatic contributions to the energy are 1.16296e+10 and
-17159.7, respectively. A very high potential energy can be caused by
overlapping interactions in bonded interactions or very large coordinate
values. Usually this is caused by a badly- or non-equilibrated initial
configuration, incorrect interactions or parameters in the topology.

我重复修改em.mdp的文件里的nsteps、emtol和emstep参数，还有nvt.mdp里的nsteps、dt和ref_t ，感觉作用不大，请老师们指正。

作者
Author: 日月崇光 时间: 2025-4-17 14:33

邝紫莹发表于 2025-4-16 22:00
谢谢大佬！问题解决了！但是到了NVT 平衡（温度弛豫）这一块，我输入gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro - ...

原因很多，体系势能过大，mdp中constraints不要用all-bonds，多数情况下只用h-bonds。
但我有看到lincs warning，也可能是你参数不够合理。

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