标题: ms中建模，lammps加载后元素种类变了 [打印本页] 作者Author: kishin 时间: 2024-11-16 19:25 标题: ms中建模，lammps加载后元素种类变了 最近才接触lammps，很多基础不太明白，我是参考这篇 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... ypeid%26typeid%3D29
不过是在ms里建模，使用vmd导出成data文件，data文件里是这样的：
Masses
1 12.011000 # C
2 18.997999 # F
3 14.007000 # N
4 15.999000 # O
然后输入文件里我这样写的：
pair_coeff * * ../ff/CHOSFCIN.ff C F N O
我理解的是pair_coeff 后元素种类的顺序和data中的元素种类顺序一致，然后每种元素的符号是按照力场文件里对符号的定义来的。我只改了这两个地方，是不是有别的地方需要改？
运行后查看轨迹时发现结构有一大堆氢，完全不含氟，我不太明白为什么氟会变成氢，并且程序也没报错什么的（只不过在升温后出现了原子丢失然后停了）
力场文件是使用的https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp406248m 的附录2的文件。看起来力场文件有问题的概率比较大？输出日志中在读取了pair coeff后输出了一句警告：
pair_coeff * * ../ff/CHOSFCIN.ff C F N O
WARNING: Changed valency_val to valency_boc for F (../reaxff_ffield.cpp:296)
但是力场文件有问题会让氟元素直接变成氢元素吗？不太确定究竟是力场文件的问题还是我的输入设置有问题，希望大家能够教教， 作者Author: xyan11 时间: 2025-3-22 13:37 本帖最后由 xyan11 于 2025-3-22 13:42 编辑
