计算化学公社

标题: 用GROMACS做CHARMM36力场的糖模拟报错 [打印本页]

作者
Author: baimengyao 时间: 2024-11-13 17:51
标题: 用GROMACS做CHARMM36力场的糖模拟报错
老师您好，我已经把下载好的CHARMM36力场解压并放到了gromacs程序的top文件夹下，并且在residuetypes.dat文件中添加了糖的残基名称，如葡萄糖的[BLGLC] ,但是在运行pdb2gmx程序时，一直提示不识别我的残基名，并且似乎当成了氨基酸处理，也尝试过用acpype生成top和gro文件，但似乎不是CHARMM36的参数，请问老师这种问题怎么解决？错误提示及pdb文件如下：
Read 12 atomsAnalyzing pdb file
Splitting chemical chains based on TER records or chain id changing.
There are 1 chains and 0 blocks of water and 1 residues with 12 atoms
chain  #res #atoms
  1 'L'    1    12

WARNING: there were 0 atoms with zero occupancy and 12 atoms with
      occupancy unequal to one (out of 12 atoms). Check your pdb file.
Processing chain 1 'L' (12 atoms, 1 residues)
Identified residue BLG0 as a starting terminus.
Identified residue BLG0 as a ending terminus.
8 out of 8 lines of specbond.dat converted successfully
Start terminus BLG-0: NH3+
End terminus BLG-0: COO-

-------------------------------------------------------
Program:    gmx pdb2gmx, version 2018.8
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/resall.cpp (line 639)

Fatal error:
Residue 'BLG' not found in residue topology database

我的pdb结构文件如下：
HETATM 1  C6 BLGLC 0    -0.105 2.426  -2.574  1.00  0.00    C
HETATM 2  C5 BLGLC 0    0.104 1.483  -1.409  1.00  0.00    C
HETATM 3  C4 BLGLC 0    1.120 2.004  -0.408  1.00  0.00    C
HETATM 4  C3 BLGLC 0    1.375 0.947 0.640  1.00  0.00    C
HETATM 5  C2 BLGLC 0    1.842  -0.334  -0.021  1.00  0.00    C
HETATM 6  C1 BLGLC 0    0.835  -0.773  -1.075  1.00  0.00    C
HETATM 7  O5 BLGLC 0    0.567 0.254  -1.994  1.00  0.00    O
HETATM 8  O1 BLGLC 0    -0.316  -1.182  -0.367  1.00  0.00    O
HETATM 9  O2 BLGLC 0    2.071  -1.354 0.938  1.00  0.00    O
HETATM 10  O3 BLGLC 0    2.359 1.454 1.528  1.00  0.00    O
HETATM 11  O4 BLGLC 0    0.574 3.178 0.167  1.00  0.00    O
HETATM 12  O6 BLGLC 0    1.081 2.612  -3.325  1.00  0.00    O
HETATM 13  H61  BLGLC 0    -0.398 3.400  -2.192  1.00  0.00    H
HETATM 14  H62  BLGLC 0    -0.910 2.034  -3.202  1.00  0.00    H
HETATM 15  H5 BLGLC 0    -0.847 1.321  -0.895  1.00  0.00    H
HETATM 16  H4 BLGLC 0    2.056 2.224  -0.930  1.00  0.00    H
HETATM 17  H3 BLGLC 0    0.439 0.758 1.177  1.00  0.00    H
HETATM 18  H2 BLGLC 0    2.797  -0.148  -0.511  1.00  0.00    H
HETATM 19  H1 BLGLC 0    1.233  -1.593  -1.672  1.00  0.00    H
HETATM 20  HO1  BLGLC 0    -0.906  -1.623  -0.986  1.00  0.00    H
HETATM 21  HO2  BLGLC 0    1.199  -1.694 1.172  1.00  0.00    H
HETATM 22  HO3  BLGLC 0    2.609 0.726 2.107  1.00  0.00    H
HETATM 23  HO4  BLGLC 0    1.153 3.412 0.902  1.00  0.00    H
HETATM 24  HO6  BLGLC 0    1.376 1.732  -3.581  1.00  0.00    H

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-14 05:30
在residuetypes.dat里添加有什么用，要添加的是rtp文件

作者
Author: baimengyao 时间: 2024-11-14 09:04
老师可是rtp文件都已经在top下的charmm36力场文件夹下了，里面的内容也是全的，如下：（附件是charmm36里包含的所有rtp）
[ BLGLC ]
; beta-L-glucose
  [ atoms ]
   C1 CC3162  0.3400 1
   H1    HCA1  0.0900 1
   O1 OC311 -0.6500 1
   HO1    HCP1  0.4200 1
   C5 CC3163  0.1100 1
   H5    HCA1  0.0900 1
   O5 OC3C61 -0.4000 1
   C2 CC3161  0.1400 2
   H2    HCA1  0.0900 2
   O2 OC311 -0.6500 2
   HO2    HCP1  0.4200 2
   C3 CC3161  0.1400 3
   H3    HCA1  0.0900 3
   O3 OC311 -0.6500 3
   HO3    HCP1  0.4200 3
   C4 CC3161  0.1400 4
   H4    HCA1  0.0900 4
   O4 OC311 -0.6500 4
   HO4    HCP1  0.4200 4
。。。。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-11-14 11:19
提示里写明了Residue 'BLG' not found in residue topology database
pdb2gmx找的是BLG

作者
Author: Lecly 时间: 2024-11-14 13:44
本帖最后由 Lecly 于 2024-11-14 13:52 编辑

pdb2gmx提示你找不到BLG，而不是BLGLC。个人胡乱猜测一下，可能是PDB格式的问题，18-20列记录的是ResName，因此可能只识别到了BLG。

你可以试试rtp中改为BLG。或者干脆从根源入手，统一替换为一个合理的ResName。（注意同时保持其他字段位置合理，可参考https://www.wwpdb.org/documentation/file-format-content/format33/sect9.html）

作者
Author: baimengyao 时间: 2024-11-14 16:25

Lecly 发表于 2024-11-14 13:44
pdb2gmx提示你找不到BLG，而不是BLGLC。个人胡乱猜测一下，可能是PDB格式的问题，18-20列记录的是ResName， ...

非常感谢老师的解答~ 但是我在调整了pdb格式之后提示我找不到N原子问题是我的葡萄糖也没有N原子啊 CHARMM36的糖的rtp和tdb也没有N原子，还是当成了氨基酸处理，请问老师这种情况怎么办呢？
Back Off! I just backed up alpha_001.top to ./#alpha_001.top.11#
Processing chain 1 (24 atoms, 1 residues)
Identified residue ALGL0 as a starting terminus.
Identified residue ALGL0 as a ending terminus.
8 out of 8 lines of specbond.dat converted successfully
Start terminus ALGL-0: NH3+
End terminus ALGL-0: COO-

-------------------------------------------------------
Program: gmx pdb2gmx, version 2018.8
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/pdb2top.cpp (line 1149)

Fatal error:
atom N not found in buiding block 1ALGL while combining tdb and rtp

作者
Author: SPHK1 时间: 2024-12-30 20:21

baimengyao 发表于 2024-11-14 16:25
非常感谢老师的解答~ 但是我在调整了pdb格式之后提示我找不到N原子问题是我的葡萄糖也没有N原子啊 CHAR ...

你加的是O-GlcNAc修饰吧

作者
Author: chenbq18 时间: 2024-12-30 21:07

baimengyao 发表于 2024-11-14 16:25
非常感谢老师的解答~ 但是我在调整了pdb格式之后提示我找不到N原子问题是我的葡萄糖也没有N原子啊 CHAR ...

你修改pdb中残基名后，pdb2gmx在rtp中找到了这个残基。但现在的报错是pdb中残基的原子名与力场文件中的对不上。所以你现在要根据力场文件改pdb中的原子名

作者
Author: wyx2006 时间: 2025-2-3 09:25
解决了吗

作者
Author: baimengyao 时间: 2025-4-1 09:51

wyx2006 发表于 2025-2-3 09:25
解决了吗

葡萄糖模拟解决了，用CHARMM-GUI的GLYCAN READER MODELER模块生成葡萄糖，得到pdb文件之后就可以用CHARMM36力场生产top和gro文件了。

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)