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标题: 使用BLYP和TZV2P基组，利用cp2k跑30种有机小分子混合体系的MD跑不通应该如何解决 [打印本页]

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Author: luzhongkui 时间: 2024-10-25 19:33
标题: 使用BLYP和TZV2P基组，利用cp2k跑30种有机小分子混合体系的MD跑不通应该如何解决
各位大佬好！我的课题是将如附件(化合物汇总.pdf)所示的30种有机小分子按照成分随机组成(每个盒子中每种分子至少有1个）200个周期性盒子，准备用BLYP方法和TZV2P-GTH基组利用cp2k跑MD。
目前我处于对这200个盒子进行优化的阶段(30种小分子结构均用Gaussian优化过，然后利用packmol生成原子数量在200-500内均匀分布的200个模拟盒子，盒子为立方体，初始盒子边长是按照体系密度为0.8g/cc设置的)，我目前测试过如下两套优化方案，但效果都不好
第一套方案：1.使用XTB半经验方法对初始模拟盒子进行优化(但优化完后发现有些小分子进行了非常不合理的连接，比如O3的一个O原子连接到NO2的N原子上)；2.利用xTB半经验的方法使用cp2k跑NPT优化盒长；3.利用BLYP方法和TZV2P-GTH基组使用cp2k跑NVT压力一直膨胀不收敛
第二套方案：1.利用blyp/pbe方法对初始盒子使用cp2k跑geo_opt/cell_opt(发现自洽场迭代都不收敛)；2.利用BLYP方法和TZV2P-GTH基组使用cp2k对上一步的结果跑NPT，盒子边长一直在增大不收敛

因此我有如下的问题想问下各位大佬：
1.是我选择的小分子不合适吗，导致我的初始结构就有问题才引发后续这些优化中的问题
2.是选择的基组和方法的问题吗，为什么SCF迭代不收敛,我应该如何选择方法和机组

附件内容说明:cp2k输入格式为方法+进行的项目名称，如blyp方法进行cell_opt，则输入文件名称为：input_blypcellopt.inp
mix_box0.xyz：192atoms 盒长为13.9埃米
mix_box70.xyz：301atoms 盒长为15.9埃米
mix_box135.xyz：403atoms 盒长为17.8埃米
mix_box199.xyz：502atoms 盒长为19.7埃米

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-25 22:07
看清楚板块再发贴，求助学术贴不得发到“公社大厅”板块，公社大厅板块http://bbs.keinsci.com/forum-79-1.html版头超级巨大的红字提示得极其明确。这次给你移动了，下次如果普通学术求助帖再发到“公社大厅”板块，直接删帖+记违规+扣分处理。

作者
Author: luzhongkui 时间: 2024-10-26 10:00

sobereva 发表于 2024-10-25 22:07
看清楚板块再发贴，求助学术贴不得发到“公社大厅”板块，公社大厅板块http://bbs.keinsci.com/forum-79-1. ...

好的好的，对不起社长，一定注意！

作者
Author: luzhongkui 时间: 2024-10-26 10:08

sobereva 发表于 2024-10-25 22:07
看清楚板块再发贴，求助学术贴不得发到“公社大厅”板块，公社大厅板块http://bbs.keinsci.com/forum-79-1. ...

还想求助下社长，我这个体系的跑不通NPT和NVT的原因是什么啊：1.是体系小分子选择的不合理吗(我想做C H O N通用型反应模型)；2.还是基组和方法选择的不合理啊

作者
Author: yxdd98 时间: 2024-10-26 14:55
听你的描述感觉是初始结构不太合理，可以考虑先用经典力场跑平衡后再考虑xTB或者DFT计算

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-26 23:57
带了色散校正必须主动说清楚，下文明确强调了
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

当前体系用PBE-D3(BJ)，甭用BLYP-D3(BJ)

体系没多大，根本没必要用GFN1-xTB（不叫XTB，看上文），否则还得冒着对个别体系表现很差的风险

不要用过时的老GTH基组，用DZVP-MOLOPT-SR-GTH

确保几何结构合理的前提下，SCF不收敛该怎么解决怎么解决
CP2K中遇到SCF难收敛时的解决方法
http://sobereva.com/665（http://bbs.keinsci.com/thread-37196-1-1.html）

别上来就算复杂体系。遇到问题解决不了时首先想到简化体系、减少分子种类、减少分子数，反复尝试

只有埃，没有埃米

作者
Author: luzhongkui 时间: 2024-10-27 15:27

sobereva 发表于 2024-10-26 23:57
带了色散校正必须主动说清楚，下文明确强调了
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/ ...

好的好的，感谢大佬的指导，非常感谢，我现在就尝试一下

作者
Author: JCenter 时间: 2025-5-15 22:54

sobereva 发表于 2024-10-26 23:57
带了色散校正必须主动说清楚，下文明确强调了
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/ ...

卢老师，我想在cp2k中使用增强采样方法计算成键/断键化学反应的自由能景观图，由于目前建立的模型比较大，600原子,发现pbe-d3(bj)/混合基组dzvp-molopt-sr-gth（里面还涉及钠离子-gapw搭配全电子基组、阴离子--dzvp-molopt-gth）跑超级昂贵。老师，以下两种策略中哪种更稳妥呢：1.体系不变，使用gfn0-xtb半经验方法。2.简化体系，截取部分片段，计算方法不变。是不是2好一点啊，精度高。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-16 02:38

JCenter 发表于 2025-5-15 22:54
卢老师，我想在cp2k中使用增强采样方法计算成键/断键化学反应的自由能景观图，由于目前建立的模型比较大 ...

1 GFN0-xTB太low，起码用GFN1-xTB

2 能不能简化看实际情况，没前提没法说

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