计算化学公社

标题: 求助，DMol3过渡态无虚频 [打印本页]

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Author: lwj 时间: 2017-1-13 18:40
标题: 求助，DMol3过渡态无虚频
我用的DMol3进行过渡态搜索，得到的能量曲线正常，但是计算结果中没有虚频，请问这是模型有问题吗？

作者
Author: zyj19831206 时间: 2017-1-14 12:31
是否是计算了部分频率，就是与反应相关的原子的振动频率。

作者
Author: 缠绕指 时间: 2017-1-14 17:40
你在提交任务的时候勾选的时候点上频率，而且频率成功算完了吗？
频率没算/算失败你直接点分析频率算出了的肯定是没虚频，因为这个频率就是错的。

作者
Author: lwj 时间: 2017-1-17 19:10
本帖最后由 lwj 于 2017-1-17 19:21 编辑

缠绕指发表于 2017-1-14 17:40
你在提交任务的时候勾选的时候点上频率，而且频率成功算完了吗？
频率没算/算失败你直接点分析频率算出了 ...

我算了频率成功之后的结果用工具分析没有，输出文件里有几个虚频，分析这些看不到。另外抱歉这几天回家，没能及时回复您。

作者
Author: lwj 时间: 2017-1-17 19:19

zyj19831206 发表于 2017-1-14 12:31
是否是计算了部分频率，就是与反应相关的原子的振动频率。

我计算了频率，但是用软件自带工具分析没有，从输出结果（楼上）有几个虚频，不知道是不是因为在服务器算的，用没法通过分析工具看到。另外最近回家，路上花了很多时间，没有及时回复，请见谅。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-1-17 21:38

lwj 发表于 2017-1-17 19:19
我计算了频率，但是用软件自带工具分析没有，从输出结果（楼上）有几个虚频，不知道是不是因为在服务器算 ...

且先不说能不能找到过渡态，
Warning: cosmo-radius for Co has not been validated yet, r= 2.22 Angs
这就很尴尬了，Co的COSMO半径根本就没有定义，程序给自动设为2.22 A，咋保证结果可靠？如果周期体系带电荷的话还应该进行额外的修正。

第一性原理计算中涉及到溶剂化的话，要避开溶剂化半径，大概可以考虑那些不依赖溶剂化半径的方法，如VASP的插件VASPsol以及QE的插件Environ，后者的PCC修正可以处理带电荷的系统。不过平面波处理70几原子的表面系统速度可能是会比较慢。也许还有其他程序，我就不清楚了，大家集思广益吧

。

作者
Author: lwj 时间: 2017-1-18 07:02

卡开发发发表于 2017-1-17 21:38
且先不说能不能找到过渡态，
Warning: cosmo-radius for Co has not been validated yet, r= 2.22 An ...

老师，您好，谢谢您的回答，因为了解的太少所以有很多问题，虽然我的计算结果不准确，但是根据计算得到的变化趋势如果可以解释实验得到的变化趋势，请问说明模型基本正确？另外您说的电荷修正是否是通过其他软件处理进行？我在网上没有查到这方面相关资料，所以就没有深入的做这方面。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-1-18 10:26
本帖最后由卡开发发于 2017-1-18 10:35 编辑

lwj 发表于 2017-1-18 07:02
老师，您好，谢谢您的回答，因为了解的太少所以有很多问题，虽然我的计算结果不准确，但是根据计算得到的 ...

电荷修正的问题可以看J. Phys. Chem. B, Vol. 110, No. 43, 2006的公式13，但这不是唯一的方式，还有Markov-Payne以及Martyna-Tuckerman等方法，后两者要复杂些，某些程序里是可以实现的。

原有的COSMO拟合自一些小分子，自然就只有这些参数，所以我会问对于重元素如果随便拿一个溶剂化半径是否合理，有一定的可能也有审稿人会这么问，我只能把建议给到。而且这东西确实会影响到能量及势能面，就此而言我并不打算拿你的系统做测试。

作者
Author: lwj 时间: 2017-1-18 21:16

卡开发发发表于 2017-1-18 10:26
电荷修正的问题可以看J. Phys. Chem. B, Vol. 110, No. 43, 2006的公式13，但这不是唯一的方式，还有Mark ...

谢谢您的指点，我的是看了这篇文章（Charge-Controlled Switchable CO2 Capture on Boron Nitride
Nanomaterials）做的，他的里边没有提修正，只提了电荷密度。另外我只是简单的理解COSMO的勾选相当于真空层里充满了介质，所以存在很多问题，主要是因为我的这个反应在水中和真空里反应能相差很大，在水里能自发进行，而真空里难以进行，为了避免这个影响才加了COSMO。谢谢您。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-1-18 21:58
本帖最后由卡开发发于 2017-1-18 21:59 编辑

lwj 发表于 2017-1-18 21:16
谢谢您的指点，我的是看了这篇文章（Charge-Controlled Switchable CO2 Capture on Boron Nitride
Nanom ...

对于研究孤立的分子吸附，如果分子带电荷，很容易根据库伦定律判断，即使无止境减小覆盖度，分子和表面的相互作用大小也会一直变化，特定覆盖度不必做这个修正。同样道理，如果不做修正，真空层不断升高能量也不会收敛到定值，这个对于不对称的表面应该考虑。

看上去用了COSMO总比不用COSMO强，然而重元素COSMO的溶剂化半径的缺失我很难估计对结果影响如何。

作者
Author: lwj 时间: 2017-1-19 21:29

卡开发发发表于 2017-1-18 21:58
对于研究孤立的分子吸附，如果分子带电荷，很容易根据库伦定律判断，即使无止境减小覆盖度，分子和表面的 ...

老师，我通过文献的实验数据对结果进行验证，能够符合上，这应该可以说没有影响基本的规律，然后在文章中说明这里存在的问题可以吗？毕竟模拟计算也不能做到百分之百的准确，能说明一些问题既可以了。

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