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标题: 不同步长的xtc应该如何合并，以及后续的tpr的处理 [打印本页]

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Author: Willow0114 时间: 2024-10-7 09:30
标题: 不同步长的xtc应该如何合并，以及后续的tpr的处理
本帖最后由 Willow0114 于 2024-10-7 11:50 编辑

我的体系在进行最后的md模拟时会崩溃，参考sob老师说的，进行了分步的模拟，刚开始的步长是1fs,跑10ns后变得稳定就换成了步长为2fs，跑了140ns。后续分析RMSD SASA等可以分别计算然后手动合并数据，但是对于RDF，我认为应该不能单纯的将两部分的Y值对应叠加，所以想合并成一个然后分析。我通过
gmx trjconv -f md2_cluster.xtc -o md2.xtc -t0 10000
gmx trjcat -f md1_cluster.xtc md2.xtc
两步合并之后，想用RMSD来检查一下合并的对不对，发现输入的md.tpr不同，得出的RMSD不同且与最开始分步计算的也不相符（用md1计算趋势和分步计算再合并的趋势一样，但数值不一样）。所以想问下，步长不同的xtc应该如何合并，以及在后续分析过程在tpr的处理和选择。

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Author: student0618 时间: 2024-10-7 11:01
1. 步長是5-10ps?? 全原子力场一般用1-2fs，HMR或一些联合原子力场 4fs，就算粗粒化Martini也是20-40fs 不是ps哦。
2. `gmx rms` 的 -s 给的是参考帧，参考的结构不同，RMSD当然不同。

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-10-7 11:54
感谢提醒，已修改。
参考的结构不同？但如果都是参考的同一个轨迹，但是tpr不同为什么也会导致RMSD不同？而且差别还比较大。那我最优的方法还是分开计算，然后手动合并数据吗？

作者
Author: student0618 时间: 2024-10-7 12:51
参考帧是gmx rms -s 的tpr哦，所以tpr不同RMSD自然不同。抱歉没写清楚。

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