计算化学公社

标题: cp2k计算AIMD怎么实现某个化学键个数随着时间变化，如下图Ca-O键 [打印本页]

作者
Author: 李思玫 时间: 2024-10-2 18:46
标题: cp2k计算AIMD怎么实现某个化学键个数随着时间变化，如下图Ca-O键
cp2k计算AIMD怎么实现某个化学键个数随着时间变化，如下图Ca-O键个数随计算时间的变化。

作者
Author: lyj714 时间: 2024-10-2 21:07
本帖最后由 lyj714 于 2024-10-2 21:08 编辑

如果指的是特定原子之间的成键数目，用vmd可以统计出来，但是需要写tcl脚本。

作者
Author: 李思玫 时间: 2024-10-2 21:19

lyj714 发表于 2024-10-2 21:07
如果指的是特定原子之间的成键数目，用vmd可以统计出来，但是需要写tcl脚本。

不指定原子，体系里面所有的Ca-O化学键呢

作者
Author: lyj714 时间: 2024-10-2 22:32

李思玫发表于 2024-10-2 21:19
不指定原子，体系里面所有的Ca-O化学键呢

先看文章怎么定义Ca和O怎样才算成键，有定义才可统计。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-3 01:05

李思玫发表于 2024-10-2 21:19
不指定原子，体系里面所有的Ca-O化学键呢

写脚本，循环每一对Ca和O的距离，根据距离阈值判断就完了

作者
Author: 李思玫 时间: 2024-10-3 18:05
好的谢谢sob老师，我试一下

作者
Author: 李思玫 时间: 2024-10-3 18:05

lyj714 发表于 2024-10-2 22:32
先看文章怎么定义Ca和O怎样才算成键，有定义才可统计。

谢谢老师

作者
Author: 李思玫 时间: 2024-12-26 11:54

lyj714 发表于 2024-10-2 21:07
如果指的是特定原子之间的成键数目，用vmd可以统计出来，但是需要写tcl脚本。

老师，您好，请问基底和吸附物质都有O原子，想统计基底中的Ca和吸附分子H2O中的Ow的化学键浓度变化，怎么统计呢

作者
Author: zaq1 时间: 2025-3-17 16:35
同学你好，我想问一下这幅图里面的两条曲线是怎么得到的，很清晰的那两条曲线，是算的平均值还是什么

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)