计算化学公社

标题: 更改mdp中的参数后，如何进行续跑呢？ [打印本页]

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-9-26 15:09
标题: 更改mdp中的参数后，如何进行续跑呢？
本帖最后由 Willow0114 于 2024-9-26 15:10 编辑

我在学习gromacs的过程中，有时候会遇到关于续跑的问题。比如解决segmentation fault问题时，参考了社长在Sobtop (sobereva.com)中写的 (, 下载次数 Times of downloads: 2) ，这里提到“续跑时候可再切换回2 fs步长+约束照常跑”，因为更改涉及到了mdp文件的更改，那么续跑命令应该如何编写呢？原先跑的命令是：gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md.tpr；gmx mdrun -v -deffnm md -gpu_id 0 -nt 25

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-9-26 15:52
把1 fs步长当成平衡，2 fs步长作为正式的产生相模拟

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-26 22:44
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）这页ppt，在新的任务的mdp里把步长改成2fs
(, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: JillW 时间: 2025-3-4 17:05
本帖最后由 JillW 于 2025-3-4 17:07 编辑

sobereva 发表于 2024-9-26 22:44
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）这页ppt， ...

请问卢老师，如果是运行的中途人为地把任务中止了（因为想修改输出频率），能否使用当前最后一帧的gro文件和修改后的mdp文件基于cpt生成新的tpr文件用于续算呢？
即gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o fin.gro -dump xxx（提取最后一帧的gro文件）
gmx grompp -f cont.mdp -c fin.gro -t md.cpt -p topol.top -o cont.tpr
最后再提交cont.tpr任务

可能这个问题最本质的就是cpt文件记录的断点和xtc输出的最后一帧是不是一定一样呢？谢谢卢老师~

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-4 17:29

JillW 发表于 2025-3-4 17:05
请问卢老师，如果是运行的中途人为地把任务中止了（因为想修改输出频率），能否使用当前最后一帧的gro文 ...

取决于写入频率。cpt默认每隔15分钟写入一次，所以中途断掉的话，有一部分已经跑过的轨迹需要重新跑，但默认情况下顶多浪费15分钟

作者
Author: JillW 时间: 2025-3-4 17:53

sobereva 发表于 2025-3-4 17:29
取决于写入频率。cpt默认每隔15分钟写入一次，所以中途断掉的话，有一部分已经跑过的轨迹需要重新跑，但 ...

但是这样的话就无法知道是从哪一帧开始续算的了吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-4 19:51

JillW 发表于 2025-3-4 17:53
但是这样的话就无法知道是从哪一帧开始续算的了吗

本来就无所谓。轨迹文件里有时间信息，比如你用trjcat合并轨迹的时候会把时间相同的帧合并

作者
Author: JillW 时间: 2025-3-4 20:35

sobereva 发表于 2025-3-4 19:51
本来就无所谓。轨迹文件里有时间信息，比如你用trjcat合并轨迹的时候会把时间相同的帧合并

哦哦~明白啦！谢谢老师

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