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标题: 关于GROMACS模拟高温下蛋白变性情况的问题咨询 [打印本页]

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Author: yolo-blossom 时间: 2024-9-23 14:49
标题: 关于GROMACS模拟高温下蛋白变性情况的问题咨询
各位老师好，我试图在373K的温度下进行溶菌酶蛋白的高温模拟，我是希望通过高温的条件使得蛋白出现变性，出现蛋白结构的改变。目前是在OPLS力场下采用了100ns的模拟来进行
但是现在问题是100ns结束以后，蛋白的结构并没有出现改变，模拟结束以后的gro也只是蛋白从盒子的中间位置跑到了盒子的最边缘处。
将100ns以后的蛋白文件与b4em的蛋白文件进行align，也可以看出蛋白并没有出现很明显的结构变化
下图分别为md的mdp文件设置、100ns以后的结果gro文件、结果gro文件和b4em.gro文件的align（align展示是隐藏了水分子）
希望能得到各位老师的指点谢谢
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作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-9-24 17:05
本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-9-24 17:09 编辑

高温下蛋白质的变性未必是把整个蛋白的结构破坏，客观上蛋白质的变性可能仅仅表现在某几个关键残基的构象变化，以及骨架波动幅度上的表现。光靠高温很难把蛋白内部的疏水相互作用和氢键完全破坏（即使加入高浓度的变性剂也难以做到这点）
前段时间刚好看到有一篇Ub在高温下的模拟，可以借鉴一下分析方法。10.1007/s00894-024-05928-x

作者
Author: yolo-blossom 时间: 2024-9-25 14:12

Seyilaxa 发表于 2024-9-24 17:05
高温下蛋白质的变性未必是把整个蛋白的结构破坏，客观上蛋白质的变性可能仅仅表现在某几个关键残基的构象变 ...

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