计算化学公社

标题: 优化ZN(OH)42-结构跑散架了 [打印本页]

作者
Author: ZHANGZY 时间: 2017-1-2 01:55
标题: 优化ZN(OH)42-结构跑散架了
我用siesta优化ZN(OH)42-结构，老是跑散架，有什么办法使他稳定吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-1-2 11:50
把fdf传上来看看。

作者
Author: ZHANGZY 时间: 2017-1-4 23:40
就是Fe（OH）66- 放到slab里，给这个配合物固定多重度0，电荷-6，优化它，主要是想求该分子的还原态。见附件
有没有什么参数可以约束 “羟基“ 不要离 “还原的铁原子” 太远？
又或者，我的这个假设本身有问题。即铁原子（价态0）根本不会与羟基形成配合物

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-1-5 05:01

ZHANGZY 发表于 2017-1-4 23:40
就是Fe（OH）66- 放到slab里，给这个配合物固定多重度0，电荷-6，优化它，主要是想求该分子的还原态。见附 ...

题目和内容不符啊。

可能配位数比较低，6肯定行不通。

作者
Author: ZHANGZY 时间: 2017-1-5 09:18
fe2+ 有六个配位，那 Fe(0)有几个配位合适？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-1-5 09:40

ZHANGZY 发表于 2017-1-5 09:18
fe2+ 有六个配位，那 Fe(0)有几个配位合适？

我用其他程序试下来2个以下（含2个）OH-的情况OH-不会飞出去，不过GGA的结果是不是真的那么可靠我也很难说。

作者
Author: ZHANGZY 时间: 2017-1-5 10:27
多谢，我从文献上查到 fe(0) 配合物有5个配位的，我再试试

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-1-5 10:50

ZHANGZY 发表于 2017-1-5 10:27
多谢，我从文献上查到 fe(0) 配合物有5个配位的，我再试试

带负电荷的系统不好说。

作者
Author: kevin 时间: 2017-1-6 08:56

卡开发发发表于 2017-1-5 10:50
带负电荷的系统不好说。

老师，我用gaussian计算Zn(H2O)2+也遇到了类似的问题，虽然6个水的位置都对，但是Zn和O的距离太远了，GV判断不成键。简单算了一下距离趋势超过了两个原子的半径之和。我用了b3lyp/6-311+G(d,p）和赝势，Zn用Landl2DZ,其他用6-31G（d）优化出来的结果都一样，完全是重复文献里的计算，请问这是怎么回事？是Zn特有的性质么？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-1-6 09:45

kevin 发表于 2017-1-6 08:56
老师，我用gaussian计算Zn(H2O)2+也遇到了类似的问题，虽然6个水的位置都对，但是Zn和O的距离太远了，GV ...

未曾听说Zn(2+)有6配位的，不妨把文献传来一看。

作者
Author: kevin 时间: 2017-1-6 14:10

卡开发发发表于 2017-1-6 09:45
未曾听说Zn(2+)有6配位的，不妨把文献传来一看。

http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp0773583就是这一篇

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-1-6 14:16

kevin 发表于 2017-1-6 14:10
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp0773583就是这一篇

IEFPCM你加了吗？

作者
Author: ZHANGZY 时间: 2017-1-6 22:57
五配位（五个羟基）零价铁，优化也散架了。难道是就应该是散架的吗！？求高手解答

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-1-7 04:09

ZHANGZY 发表于 2017-1-6 22:57
五配位（五个羟基）零价铁，优化也散架了。难道是就应该是散架的吗！？求高手解答

看起来这么多负电荷的玩意在气相中可能比较难以稳定，凝聚相面是怎么个情况还是很难说的

作者
Author: kevin 时间: 2017-1-7 10:01

卡开发发发表于 2017-1-6 14:16
IEFPCM你加了吗？

之前只优化了气相条件的，昨天尝试了水溶液下的opt freq b3lyp/genecp scrf=(iefpcm,solvent=water)
结果是结构依旧是和气相一样，并且还出现了不收敛的情况。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-1-7 11:57

kevin 发表于 2017-1-7 10:01
之前只优化了气相条件的，昨天尝试了水溶液下的opt freq b3lyp/genecp scrf=(iefpcm,solvent=water)
结 ...

我做出来做出来确实键长偏长一些。

作者
Author: kevin 时间: 2017-1-8 10:02

卡开发发发表于 2017-1-7 11:57
我做出来做出来确实键长偏长一些。

键长偏长，这种情况下还能认为计算结果是正确的么？老师

作者
Author: 卡开发发 时间: 2017-1-8 11:53

kevin 发表于 2017-1-8 10:02
键长偏长，这种情况下还能认为计算结果是正确的么？老师

能不能形成化学键不是看GV的显示吧，可以做个波函数分析看看。

作者
Author: ZHANGZY 时间: 2017-1-11 11:10
kevin，您可以向作者去信，询问优化的技巧，若是有回答的话，麻烦告知，多谢多谢

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