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标题: 经验分享：Windows Server 2016下Gromacs 2024.3 GPU版本编译经历 [打印本页]

作者
Author: JinxrDK 时间: 2024-9-16 22:00
标题: 经验分享：Windows Server 2016下Gromacs 2024.3 GPU版本编译经历
本帖最后由 JinxrDK 于 2024-9-16 22:00 编辑

近日，课题组分配了一台Windows Server 2016系统的服务器，配备了一片A100，考虑到切换Linux系统影响其他同门工作，出于好奇，便尝试在本系统下编译GPU版本的Gromacs
编译环境为：Visual Studio 2019 Community, CUDA Toolkit v11.8, CMake 3.27（起初使用3.30，后发现多数问题由Cmake版本引发），具体配置请参见下图：

现将安装过程中的一些经验和参考资料分享如下：
1）文件修改（红色为删除，绿色为增加）
1.1 gromacs-2024.3/cmake/gmxManageNvccConfig
list(APPEND GMX_CUDA_NVCC_FLAGS "${CMAKE_CXXCUDA17_STANDARD_COMPILE_OPTION}") （第241行）

参考资料：Win10 编译 Gromacs 2022.5 的流程总结 - 知乎 (zhihu.com)
gmx_add_nvcc_flag_if_supported(GMX_CUDA_NVCC_FLAGS NVCC_HAS_USE_FAST_MATH -use_fast_math -std=c++17) （第245行）
参考资料：GROMACS2023 Windows原生系统下编译超详细解析 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)
1.2 gromacs-2024.3/CMakeLists
set(CMAKE_POLICY_DEFAULT_CMP0091 NEW)
set(CMAKE_POLICY_DEFAULT_CMP NEW)
cmake_policy(SET CMP0091 NEW) （第1行前）

参考资料：GROMACS2023 Windows原生系统下编译超详细解析 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)
1.3 gromacs-2024.3/CMakeLists
set(CMAKE_MSVC_RUNTIME_LIBRARY "MultiThreaded$<$<CONFIG:Debug>:Debug>") （第92行）
参考资料：Build fails on windows when cuda is enabled (#4582) · 议题 · GROMACS / GROMACS · GitLab
2）我遇到的问题和解决的措施
2.1 D:\XXX\gromacs-2024.3\src\gromacs\simd\include\gromacs\simd\impl_x86_avx_512\impl_x86_avx_512_simd_float.h(191): fata l error C1001: 内部编译器错误。 [D:\XXX\gromacs-2024.3\build\src\gromacs\libgromacs.vcxproj] 设置-DGMX_SIMD=AVX2_256会报同类型错误
解决措施：安装CMakeLists中明确有提及的Cmake 3.27后，问题消失
2.2 值“MT_StaticRelease”不匹配值“MD_DynamicRelease”
解决措施：按1.3中修改后问题消失

编译好的Gromacs以一并上传，请各位测试。受上传文件大小所限，请自行将NVIDIA GPU Computing Toolkit\CUDA\v11.8\bin下cufft64_10.dll拷入GROMACS2024_3/bin中后运行。

本人计算机知识浅薄，若描述中有不妥或错误之处，还请不吝赐教。

作者
Author: JinxrDK 时间: 2024-9-16 22:02
编译设置： cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=D:\XXX\SOFTWARE\GROMACS2024 -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DCMAKE_PREFIX_PATH=D:\XXX\PACKAGE\FFTW310 -DGMX_GPU=CUDA -G "Visual Studio 16 2019" -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR="C:/Program Files/NV
IDIA GPU Computing Toolkit/CUDA/v11.8" -DGMX_SIMD=AVX2_256

作者
Author: Huschein 时间: 2024-10-26 19:52
强的，当时搞这个折腾了我一个星期

作者
Author: JinxrDK 时间: 2024-11-25 16:02
补充：近期发现2.1中问题并非全部源于CMake版本问题，采用CMake 3.27编译时发现Intel Xeon Platinum 8260 CPU下无法编译AVX_512版本，报错同2.1，仅可编译AVX2_256版本

作者
Author: JinxrDK 时间: 2024-11-25 16:03

Huschein 发表于 2024-10-26 19:52
强的，当时搞这个折腾了我一个星期

我也搞了三天，参考资料实在是难找

作者
Author: orangehavedream 时间: 2024-12-28 14:53
本帖最后由 orangehavedream 于 2024-12-28 21:14 编辑

太牛了！我一周还是没弄好，感谢楼主给了一个编译好的版本
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我使用的是CUDA 12.6，cmake 2.9，VS2022 ，gromacs2024.4。按照本帖解决方法改了很多地方，尝试了6-7遍总是报错NVCC/C -broken
之后，我把所有的软件都删掉，按照楼主的发的配置重新进行了一下，一遍就成功了！太感谢了！！！

作者
Author: bard_skd 时间: 2025-2-11 01:04
大佬请教一下，我编译多次，也一直报错，不得已只能尝试使用另一位老哥编译好的2023.2版本，和你的对比了一下，有一处不同：
我的显示是SIMD instructions: AVX2_128（你的截图里是256），请问有无影响啊

作者
Author: JinxrDK 时间: 2025-2-11 16:46

bard_skd 发表于 2025-2-11 01:04
大佬请教一下，我编译多次，也一直报错，不得已只能尝试使用另一位老哥编译好的2023.2版本，和你的对比了一 ...

应该是他编译的设置的是-DGMX_SIMD=AVX2_128，指令集间的具体差异我不了解。你可以用我编译好的和你的版本对比测试下性能。

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