计算化学公社

标题: Ubantu 18.04安装gromacs2021最后一步报错，全过程展示 [打印本页]

作者
Author: znjnancy 时间: 2024-9-4 17:05
标题: Ubantu 18.04安装gromacs2021最后一步报错，全过程展示
各位大佬，我在ubantu上安装gmx，在最后一步编译make install 时报错。下面，我把全部的过程进行展示，请佬们指点迷津。
一、安装cmake 3.29
本机上已经有cmake 3.10，但是版本太低了，需要升级为高版本的。
（1）删除原有版本cmake3.10
sudo apt remove cmake
（2）下载高版本cmake并安装
wget https://github.com/kitware/CMake ... cmake-3.29.2.tar.gz
解压 tar -xzf cmake-3.29.2.tar.gz
进入解压后目录并执行安装
cd cmake-3.29.2
sudo ./bootstrap --prefix=/home/test/cmake3 -- -DCMAKE_USE_OPENSSL=OFF (虽然已经是在root账户下操作了，但一定要加上sudo才能编译成功，否则报错，其中，ubantu自带的gcc和g++ version 7.5）
sudo make -j (不明白为啥在root账户下，还得用sudo）
sudo make install
在/.bashrc中加入 export PATH=$PATH:/home/test/cmake3/bin
检查版本cmake -version 显示安装成功
(, 下载次数 Times of downloads: 7)
二、安装fftw库
下载好fftw-3.3.8.tar.gz
（1）解压并安装
tar -xzf fftw-3.3.8.tar.gz
cd fftw-3.3.8
sudo ./configure --prefix=/home/test/实际路径/fftw338 --enable-sse2 --enable-avx --enable-float --enable-shared --enable-avx2
sudo make -j install
(, 下载次数 Times of downloads: 5)
本机的cpu情况，不知道为什么加上--enable-avx2之后make install -j就报错了。只能加 sudo 才能成功编译。
应该是按照成功了：
(, 下载次数 Times of downloads: 6)

三、安装gromacs
下载gmx2021的安装包，需要生成环肽的拓扑。
（1）解压并安装
tar -xzf gromacs-2021.tar.gz
cd gromacs-2021
mkdir build
cd build
export CMAKE_PREFIX_PATH=/实际路径/fftw338
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/test/zhengnianjue/sob/gmx2021
这一步就报错了：
(, 下载次数 Times of downloads: 7)

于是，我重新对fftw库进行了编译：
tar -xzf fftw-3.3.8.tar.gz
cd fftw-3.3.8
./configure --prefix=/home/test/实际路径/fftw338 --enable-sse2 --enable-avx --enable-float --enable-shared
(, 下载次数 Times of downloads: 5) 去掉了--enable-avx2

sudo make -j install

(, 下载次数 Times of downloads: 7)
应该是编译成功了

下一步再次进行安装gmx2021
tar -xzf gromacs-2021.tar.gz
cd gromacs-2021
mkdir build
cd build
export CMAKE_PREFIX_PATH=/实际路径/fftw338
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/test/zhengnianjue/sob/gmx2021

一切正常
make install 报错
(, 下载次数 Times of downloads: 6)

改成 sudo make install 也是报错
(, 下载次数 Times of downloads: 8)

作者
Author: t675210552 时间: 2024-9-4 17:17
可能是你gcc g++版本与此版本gromacs不相匹配

作者
Author: znjnancy 时间: 2024-9-4 20:10
安装成功了，喜极而泣

重新安装gmx
解压后进入目录
cd gromacs-2021
mkdir build
cd build
export CMAKE_PREFIX_PATH=/实际路径/fftw338
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/实际路径/gmx2021 -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/bin/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/bin/g++
make install -j
在bashrc中添加：source /实际路径/gmx2021/bin/GMXRC

去gromacs上官网上参考了安装的教程后解决的https://manual.gromacs.org/docum ... index.html#compiler

作者
Author: 15939474177 时间: 2024-10-20 12:15

znjnancy 发表于 2024-9-4 20:10
安装成功了，喜极而泣

重新安装gmx

大佬，想问下就是原本是2018版本的，若是安装2019版本，需要把原来2018版本的卸载吗？还是说直接安装2019的版本呢

作者
Author: znjnancy 时间: 2024-10-29 18:14

15939474177 发表于 2024-10-20 12:15
大佬，想问下就是原本是2018版本的，若是安装2019版本，需要把原来2018版本的卸载吗？还是说直接安装2019 ...

不用卸载2018的，只需要在bashrc环境中改成新的gmx版本的路径就行了

作者
Author: 15939474177 时间: 2025-2-22 15:34
在bashrc环境中改成新的gmx版本的路径，这个过程有些问题想向您请教一下可以吗？大佬可以留下联系方式吗

作者
Author: snljty2 时间: 2025-2-22 19:52

15939474177 发表于 2024-10-20 12:15
大佬，想问下就是原本是2018版本的，若是安装2019版本，需要把原来2018版本的卸载吗？还是说直接安装2019 ...

Environment Module了解一下。

作者
Author: 15939474177 时间: 2025-2-22 21:25

snljty2 发表于 2025-2-22 19:52
Environment Module了解一下。

我直接按照2018版本的安装方法安装了2019的，发现出现gcc错误

作者
Author: znjnancy 时间: 2025-3-19 11:22

15939474177 发表于 2025-2-22 15:34
在bashrc环境中改成新的gmx版本的路径，这个过程有些问题想向您请教一下可以吗？大佬可以留下联系方式吗

直接评论呀，看到都会解答的

作者
Author: znjnancy 时间: 2025-3-19 11:23

15939474177 发表于 2025-2-22 21:25
我直接按照2018版本的安装方法安装了2019的，发现出现gcc错误

查一查gcc版本是否有问题，错误要截图大家才好解答

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)