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标题: 通过Multiwfn生成含resp电荷的chg文件后，使用一个小py一键将resp电荷置换到mol2中 [打印本页]

作者
Author: 清梦星河 时间: 2024-8-26 10:30
标题: 通过Multiwfn生成含resp电荷的chg文件后，使用一个小py一键将resp电荷置换到mol2中
1、前言
我是使用Gromacs进行MD，配体生成步骤是：通过对接产生pdb文件，之后采用Avogadro打开，保存为mol2格式，这个保存的过程会自动给每个元素添加电荷，之后mol2上传CGenFF生成拓扑。Avogadro默认Gasteiger-Marsili Charges（Gasteiger 电荷）生成方式，但考虑到它不够精准，所以我想到Multiwfn生成的resp电荷来替换Gasteiger 电荷。

2、具体步骤
对接生成的pdb文件在Avodagro中加H保存为mol2imput.mol2格式如下，最后一列是（Gasteiger 电荷）：

@<TRIPOS>MOLECULE
*****
22 22 0 0 0
SMALL
GASTEIGER

@<TRIPOS>ATOM
   1 O       -2.3088 1.9039 0.1145 O.3    1  UNL1    -0.5033
   2 O       -3.4550 -0.4404 0.3606 O.3    1  UNL1    -0.5033
   3 N          2.7730 -0.9639 1.5848 N.3    1  UNL1    -0.3297
   4 C          2.0761 -0.1631 -0.7200 C.3    1  UNL1    -0.0152
   5 C          0.6087 -0.2610 -0.4476 C.ar 1  UNL1    -0.0425
   6 C          2.8535 0.1180 0.5894 C.3    1  UNL1    -0.0029
   7 C       -0.1467 0.9121 -0.3058 C.ar 1  UNL1    -0.0133
   8 C       -0.0019 -1.5040 -0.3171 C.ar 1  UNL1    -0.0549
   9 C       -1.5045 0.8218 -0.0335 C.ar 1  UNL1       0.1585

通过Multiwfn生成resp.chg文件：

O -2.395142 1.740533 0.335477  -0.5406591096
O -3.203401 -0.786862 0.393466  -0.5360249634
N    3.142763 -0.603936 1.215043  -1.0237492930
C    2.202132 0.414042 -0.926592  -0.3004859752
C    0.764747 0.066558 -0.631886 0.1711380986
C    3.044274 0.581812 0.358615 0.5622482232
C -0.153700 1.075661 -0.313084  -0.3931634336
C    0.327001 -1.256440 -0.597310  -0.2705581837
C -1.469531 0.783867 0.025380 0.2620223130

使用py小程序将二者组合成新的mol2文件：

@<TRIPOS>MOLECULE
*****
22 22 0 0 0
SMALL
GASTEIGER

@<TRIPOS>ATOM
   1 O       -2.3088 1.9039 0.1145 O.3    1  UNL1    -0.5406591096
   2 O       -3.4550 -0.4404 0.3606 O.3    1  UNL1    -0.5360249634
   3 N          2.7730 -0.9639 1.5848 N.3    1  UNL1    -1.0237492930
   4 C          2.0761 -0.1631 -0.7200 C.3    1  UNL1    -0.3004859752
   5 C          0.6087 -0.2610 -0.4476 C.ar 1  UNL1    0.1711380986
   6 C          2.8535 0.1180 0.5894 C.3    1  UNL1    0.5622482232
   7 C       -0.1467 0.9121 -0.3058 C.ar 1  UNL1    -0.3931634336
   8 C       -0.0019 -1.5040 -0.3171 C.ar 1  UNL1    -0.2705581837
   9 C       -1.5045 0.8218 -0.0335 C.ar 1  UNL1    0.2620223130

只需要将三个文件input.chg，input.mol2，chg_mol2.py放在同一目录下。在py文件最下方修改两个文件名。之后双击py程序文件即可运行生成output.mol2。
PS:py程序在附件中。

作者
Author: SiqiLee 时间: 2024-12-11 17:19
本帖最后由 SiqiLee 于 2024-12-11 21:11 编辑

尝试使用了一下，在集群下有一个小报错，如图，因此重新写了个脚本，可以直接在集群上转换，遇到同样问题的朋友可以试试~

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如果使用AMBER跑动力学需要生成frcmod，编辑增加了转换命令~

作者
Author: wangzheng 时间: 2025-5-28 00:10
你好，那这个输入multiwfn的格式还是mol2莫，还是其他别的wfn，wfx，fch格式莫，就是到这一步有些疑惑

作者
Author: 清梦星河 时间: 2025-6-7 11:17

wangzheng 发表于 2025-5-28 00:10
你好，那这个输入multiwfn的格式还是mol2莫，还是其他别的wfn，wfx，fch格式莫，就是到这一步有些疑惑

mol2文件是对接结束后，输出的小分子格式。可被Gaussian识别并计算生成chk，转换为fchk后，导入到Multiwfn中生成chg文件。用对接生成的mol2和新生成的chg重新拟合为带resp的mol2文件。用它在sobtop中进行拓扑生成

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