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标题: 分子模拟中分子键长，键角，二面角的由来？ [打印本页]

作者
Author: tjuchan 时间: 2014-12-18 15:09
标题: 分子模拟中分子键长，键角，二面角的由来？
一、看了很多分子模拟的文献，它们描述分子内部的参数(键长、键角、和力常数等)，这些参数是怎样得到的呢？1、有的提到小分子有机物直接从实验值或者量子计算；是不是呢？怎样计算呢？opt+freq就可以了吗？

2、而且它们的力常数只写出了键伸缩常数、角弯曲常数等等。那我计算频率之后的结果怎样找到它们呢？
二、分子间的非键作用参数(LJ参数)的拟合方法，大家有没有见过呢？好像文献都是在这部分一笔带过，稍有一两篇很详细的介绍优化过程。

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-18 20:45
一这些参数目前较多的都是通过量子化学计算得到。具体做法不同，比如有的是通过扫描势能面再拟合；有的是做振动分析计算得到力常数；有的是生成一批构象，然后让基于力场得到的能量和量化计算的能量尽量接近而拟合参数。可以看看DOI: 10.1002/jcc.23775、DOI 10.1002/jcc.21523，分别是Paramfit和ForceFit这两个拟合力场参数程序的原文。单纯光是做opt+freq没用。

二这点比较复杂。常见的有两类做法，一种是不断优化LJ参数，直到模拟出的结果和实验比较相符。另一种是通过高精度量化计算做原子间距离的扫描，然后拟合成LJ形式。

作者
Author: lty子于 时间: 2016-1-18 15:22
感谢sob老师，正打算自己建力场参数，可以参考学习。

作者
Author: greatzdk 时间: 2016-1-20 12:19
vmd1.9.2里面的一个工具fftk原文，详细介绍了小分子立场参数获得的过程以及具体实现。
可以参考：
C.G. Mayne, J. Saam, K. Schulten, E. Tajkhorshid, J.C. Gumbart. J. Comput. Chem. 2013, 34, 2757-2770. DOI: 10.1002/jcc.23422.

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