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标题: gromacs 2016.1 及相关软件在 ubuntu16下的安装（懒人版） [打印本页]
作者Author: ggdh 时间: 2016-12-22 22:21
标题: gromacs 2016.1 及相关软件在 ubuntu16下的安装（懒人版）
本帖最后由 ggdh 于 2017-1-18 00:10 编辑
这次Gromacs 的培训sob推荐使用centos 系统，主要是centos和基本所有的服务器使用的系统一样。运行稳定。科学软件对其兼容性强。
不过和ubuntu比，centos用户友好方面做的不够。比如yum 里面的软件 就比apt-get 少的多（sudo apt-get install gromacs就可以直接安装gromacs，不过是5.1.2版本的）。
另外如果你的笔记本不支持虚拟化技术。而又想使用Linux，那么只能装双系统，或者纯linux系统，这时候可以考虑装ubuntu，ubuntu对硬件驱动，特别是无线网卡的支持，比centos要好的多，一般装上ubuntu后无线网卡就能被自动识别了。当然用虚拟机安装ubuntu也是完全没有问题的。
这里简单介绍一下gromacs 2016.1 以及一些相关软件在ubuntu下的安装。
这里做了个懒人版，如果第0步没问题的话，从第1步开始把蓝色命令一个一个贴进去运行，上一步无误完成之后贴下一个。如果有问题可以把错误信息发群里咨询。
ubuntu 系统或者双系统的安装见：http://www.linuxidc.com/Linux/2016-04/130520.htm
0. 各种安装文件的准备，
把文章末尾提供的工具包里面的
anaconda2，chimera，vmd，GaussView 5.0.9，以及amberTools, packmol, gromacs 通通放到Home目录下。（推荐用百度云下载后用u盘拷贝）按ctrl+alt+t 打开终端
输入
cd ~ #回到家目录
ls #检查当前目录下的所有文件
可以看到有如下文件
AmberTools16.tar.bz2
Anaconda2-4.2.0-Linux-x86_64.sh
chimera-1.11.2-linux_x86_64.bin
GaussView 5.0.9-x64_linux.zip
gromacs-2016.1.tar.gz
packmol-16.344.tar.gz
vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gz
点右上角的wifi图标连接wifi确保联网
下面开始安装
1. 各种依赖包的安装
cd ~
sudo rm /var/cache/apt/archives/lock #注意这里会要你输密码，密码是你在装系统的时候设定的
sudo rm /var/lib/dpkg/lock
sudo apt-get install ssh vim gfortran flex libbz2-dev cmake csh zlib1g-dev #这里需要输入'y" 回车然后等它下载安装一会
chmod +x Anaconda2-4.2.0-Linux-x86_64.sh
./Anaconda2-4.2.0-Linux-x86_64.sh #这里按提示一路按回车,有的地方要输入yes就行
2.gromacs的安装
cd ~
tar -zxvf gromacs-2016.1.tar.gz
cd gromacs-2016.1
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON
make -j 4 #这里的数取决于你笔记本或者虚拟系统有几个cpu 一般是2或者4
sudo make install
echo 'source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
测试, 输入
gmx
出来一堆信息，最后一行显示
GROMACS reminds you: "They Were So Quiet About It" (Pixies)
表明安装成功
3.amberTools16的安装
echo 'export PATH=~/anaconda2/bin:$PATH' >> ~/.bashrc #把anaconda python 加入环境变量中
echo 'export AMBERHOME=~/amber16' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
cd ~
tar -jxvf AmberTools16.tar.bz2
cd amber16
./configure -noX11 gnu #如果网速快，这时候可能会让你打补丁，按y打上补丁即可，如果没有出现打补丁也没有关系，有可能因为网速不佳出现timeout。patching error，这时候重新输入这个命令多试几次
echo 'source ~/amber16/amber.sh' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
make -j 4 #这里等半天
make install
测试, 输入
antechamber
出来一堆选项
表明安装成功
4. packmol的安装
cd ~
tar -zxvf packmol-16.344.tar.gz
cd packmol-16.344
./configure
make
echo 'export PATH=$PATH:~/packmol-16.344' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
测试，输入
packmol
出来一段信息，最后一行是
Reading input file... (Control-C aborts)
表明安装成功，
按ctrl+c继续
5.GaussView 的安装
cd ~
unzip GaussView\ 5.0.9-x64_linux.zip
cd GaussView\ 5.0.9-x64_linux/
tar -zxvf gv5.0.9-x86_64.tar.gz
mv gv ../
echo 'export GV_DIR=~/gv' >> ~/.bashrc
echo 'alias gv=$GV_DIR/gview' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
测试，输入
gv
如果出现熟悉的gaussview的图形界面，说明安装成功
6.vmd的安装
cd ~
tar -xvf vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gz
cd vmd-1.9.3
./configure
cd src
sudo make install
测试，输入
vmd
出现了熟悉的vmd界面，说明安装成功
7.chimera的安装（可选）
cd ~
chmod +x ./chimera-1.11.2-linux_x86_64.bin
sudo ./chimera-1.11.2-linux_x86_64.bin #一路回车，中间有个地方有个选择，选 /usr/bin 即可
8.xmgrace，pymol 的安装
sudo apt-get install grace pymol
9.Multiwfn的安装
cd ~
sudo apt-get install libmotif-dev
unzip Multiwfn_3.3.9_bin_Linux.zip
cd Multiwfn
chmod +x Multiwfn
echo 'export PATH=$PATH:~/Multiwfn_3.3.9_bin_Linux' >> ~/.bashrc
作者Author: Warm_Cloud 时间: 2016-12-26 20:41
懒人版的话sudo apt-get install gromacs。
作者Author: Mirror 时间: 2016-12-27 10:03
挺好的，谢谢分享
作者Author: momian 时间: 2016-12-27 10:23
你好，ubuntu16.01的apt里面有gromacs-5.1.2了吗？我的系统是ubuntu14.04的里面稳定版只有gromacs-4.6.4.
作者Author: ggdh 时间: 2016-12-27 14:54
是的
不过装2016.1也非常简单没必要apt-get
作者Author: HarrisLin 时间: 2017-5-3 01:46
想請問一下
用懶人法裝完Gromacs之後還能追加Cuda
如果要追加也是進到Gromacs Build裡面後用CMAKE指令嗎?
謝謝
作者Author: ggdh 时间: 2017-5-3 21:23
装cuda版的话参考这个
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4741
作者Author: lomochon 时间: 2018-5-22 10:49
卢老师，您好！网盘链接已失效了。您何时方便，再贴个链接（给几天时间段即可）？谢谢您！
作者Author: sobereva 时间: 2018-5-23 18:45
这帖子作者不姓卢
作者Author: lomochon 时间: 2018-5-24 03:54
对不起，粗心了。请社长海涵，并删除。谢谢！
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