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标题: CP2K计算“吸附能”过大的问题咨询 [打印本页]

作者
Author: HanC 时间: 2024-7-25 21:01
标题: CP2K计算“吸附能”过大的问题咨询
尊敬的各位老师好，我遇到了利用CP2K计算“对氯苯酚在金红石（110）晶面吸附”，但得到的吸附能过大的问题。我仔细查阅了相关资料，也尽可能保证了三个文件中理论方法、基组、k点以及截断能均一致，但是计算得到的吸附能过大，明显错误，如下图。请各位老师可以帮我检查下输入文件是否符合计算吸附能所对应的条件? 在输入文件中哪里出现了错误，需要如何改正？麻烦各位老师了。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-25 21:14
用DZVP-MOLOPT-SR-GTH那么小的基组还不考虑counterpoise校正，吸附能不高估才怪
当前是纯泛函，写AUTO_BASIS RI_HFX MEDIUM作甚

哪能计算整体加D3而计算片段不加D3，根本不是同一个计算级别

作者
Author: HanC 时间: 2024-7-25 21:25
本帖最后由 HanC 于 2024-7-25 21:26 编辑

sobereva 发表于 2024-7-25 21:14
用DZVP-MOLOPT-SR-GTH那么小的基组还不考虑counterpoise校正，吸附能不高估才怪
当前是纯泛函，写AUTO_BAS ...

万分感谢sob老师的回复，我修改后重新计算。想追问下，计算该吸附能的情况下，最低要求什么样的基组能够满足吸附能的计算；或者说什么样的基组可以不再另加counterpoise校正，小基组加校正和较大基组哪个能更好的描述吸附能呢。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-25 21:45
不考虑counterpoise校正时起码用TZV2P-MOLOPT-GTH。用TZV2P-MOLOPT-GTH再考虑counterpoise校正还有改进余地
看MOLOPT原文里BSSE的对比

作者
Author: HanC 时间: 2024-7-25 21:50

sobereva 发表于 2024-7-25 21:45
不考虑counterpoise校正时起码用TZV2P-MOLOPT-GTH。用TZV2P-MOLOPT-GTH再考虑counterpoise校正还有改进余地 ...

感谢sob老师

作者
Author: HanC 时间: 2024-7-25 22:45
本帖最后由 HanC 于 2024-7-25 22:46 编辑

sobereva 发表于 2024-7-25 21:14
用DZVP-MOLOPT-SR-GTH那么小的基组还不考虑counterpoise校正，吸附能不高估才怪
当前是纯泛函，写AUTO_BAS ...

sob老师您好，在重新编写文件的过程中，考虑到您提到的问题，我是利用Multiwfn辅助编写的CP2K的输入文件，可能在设置过程中没有仔细注意让输入文件加入了D3校正。
在实际计算吸附能的过程中，您提到考虑counterpoise校正能够改善计算结果，那么D3是否需要考虑呢，是否需要整体和片段中均加入D3让其处于一个计算级别下呢。
您之前的讲授和帖子能够学习到，D3能够较好的来描述分子间弱相互作用，在计算吸附能的过程中，加入D3是否能更好地描述吸附能，或者说更好地描述小分子与晶体表面间相互作用以及小分子与晶体表面间的电子传递情况呢不知道这是不是能联系在一起考虑，希望老师们指导一二。

作者
Author: Eudaimonia 时间: 2024-7-25 23:02
大这么多，大概率是哪里设置不同导致的，仔细检查所有输入文件会和输出文件再看一下

比较容易出问题的：自旋和UKS是否合理设置，计算二维结构晶胞大小是否一致

作者
Author: HanC 时间: 2024-7-25 23:09

Eudaimonia 发表于 2024-7-25 23:02
大这么多，大概率是哪里设置不同导致的，仔细检查所有输入文件会和输出文件再看一下

比较容易出问题的： ...

感谢老师解惑，我再仔细检查下您提到的问题

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-26 04:00

HanC 发表于 2024-7-25 22:45
sob老师您好，在重新编写文件的过程中，考虑到您提到的问题，我是利用Multiwfn辅助编写的CP2K的输入文件 ...

对于色散作用不可忽略的情况下，PBE不加D3算物理吸附是开玩笑，PBE描述色散作用那么烂。
该说的都说了
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413

作者
Author: HanC 时间: 2024-7-26 18:35

sobereva 发表于 2024-7-26 04:00
对于色散作用不可忽略的情况下，PBE不加D3算物理吸附是开玩笑，PBE描述色散作用那么烂。
该说的都说了
...

感谢sob老师回复

作者
Author: reid 时间: 2024-7-27 22:11
结构优化可以用DZVP-MOLOPT-SR-GTH，算吸附能时必须再算一遍单点能，单点能用社长说的TZV2P-MOLOPT-GTH

作者
Author: HanC 时间: 2024-7-31 20:33

reid 发表于 2024-7-27 22:11
结构优化可以用DZVP-MOLOPT-SR-GTH，算吸附能时必须再算一遍单点能，单点能用社长说的TZV2P-MOLOPT-GTH

感谢感谢老师回答，请问关于结构优化我有一些这样的问题：单纯的晶面和吸附有分子的晶面，我为了计算更快一些，是否可以都用DZVP-MOLOPT-SR-GTH来计算，这样是否就能得到相对可靠的结构，后面我再选择更大的基组并加上D3矫正来计算吸附能，这样是否能起到降低计算时间的目的呢；还是说仅能单纯的晶面可以这样，吸附分子后的晶面就不能这样做了呢？

作者
Author: reid 时间: 2024-8-2 16:58

HanC 发表于 2024-7-31 20:33
感谢感谢老师回答，请问关于结构优化我有一些这样的问题：单纯的晶面和吸附有分子的晶面，我为了计算更快 ...

都用PBE+D3+DZVP-MOLOPT-SR-GTH做结构优化，然后单点能都用PBE+D3+TZV2P-MOLOPT-GTH

作者
Author: HanC 时间: 2024-8-3 11:17

reid 发表于 2024-8-2 16:58
都用PBE+D3+DZVP-MOLOPT-SR-GTH做结构优化，然后单点能都用PBE+D3+TZV2P-MOLOPT-GTH

好的感谢老师

作者
Author: xjw 时间: 2025-5-14 07:29
本帖最后由 xjw 于 2025-5-14 07:32 编辑

sobereva 发表于 2024-7-25 21:45
不考虑counterpoise校正时起码用TZV2P-MOLOPT-GTH。用TZV2P-MOLOPT-GTH再考虑counterpoise校正还有改进余地 ...

老师，请问下我在计算MoS2吸附单分子的时候，使用PBE+D3+TZV2P-MOLOPT-GTH，但是提示“The requested basis set <TZVP-MOLOPT-GTH-q14> for element <Mo> was not found in the basis set files <BASIS_MOLOPT>”，请问这个应该怎么解决啊。
还有一个问题，在计算吸附能是，我没有使用OT，而是使用Diagonalization+ smearing，请问这两个方式计算的结果差别大吗

作者
Author: spinel 时间: 2025-5-14 08:35

xjw 发表于 2025-5-14 07:29
老师，请问下我在计算MoS2吸附单分子的时候，使用PBE+D3+TZV2P-MOLOPT-GTH，但是提示“The requested bas ...

替换为支持Mo元素的基组，在CP2K的data文件夹中，搜索grep "Mo" *BASIS*，可以看到对Mo有描述的所有基组。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-14 20:04

xjw 发表于 2025-5-14 07:29
老师，请问下我在计算MoS2吸附单分子的时候，使用PBE+D3+TZV2P-MOLOPT-GTH，但是提示“The requested bas ...

用其它基组文件里的
横向能量求差用的smearing做法统一就行。OT和对角化不需要非得一致

作者
Author: xjw 时间: 2025-5-14 20:22

sobereva 发表于 2025-5-14 20:04
用其它基组文件里的
横向能量求差用的smearing做法统一就行。OT和对角化不需要非得一致

好的，谢谢老师

作者
Author: Assiduitas 时间: 2025-5-15 17:04
本帖最后由 Assiduitas 于 2025-5-15 17:08 编辑

xjw 发表于 2025-5-14 20:22
好的，谢谢老师

同学，你更改设置之后，吸附能求解正常了吗？MO这种如果用不了TZV2P-MOLOPT-GTH的，就用带SR。

PS：好像回复错楼层了，我应该回复楼主的。

作者
Author: Assiduitas 时间: 2025-5-15 17:09

HanC 发表于 2024-8-3 11:17
好的感谢老师

同学，你更改设置之后，吸附能求解正常了吗？

作者
Author: XxxXOO 时间: 2025-5-28 09:15
你好，你解决这个问题了吗？
怎么解决的还记得吗？

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