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标题: 有关计算MOF/COF与分子之间的结合能疑问 [打印本页]

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-7-23 12:35
标题: 有关计算MOF/COF与分子之间的结合能疑问
各位老师，有关计算MOF/COF与分子之间的结合能我有两个疑问
1.我用CP2K2022.2版本计算MOF/COF吸附分子的结合能，均选择PBE、DZVP-MOLOPT-SR-GTH、DFTD3(BJ)，对角化算法，开启smear，CUTOFF 500、REL_CUTOFF 60，请问是否合适？后续想做一下AIM、IGMH分析，以及请问各位老师是否还有其他分析可以做呢？2.目前我先对MOF/COF进行结构优化，把分子摆放合适位置再次结构优化，再用BSSE计算结合能。请问把分子摆放进来后做结构优化和MD哪个合适呢？
附上目前计算的结果，COF结构优化，MOF结构优化，MOF吸附分子结构优化，MOF吸附分子结合能，暂时还没有做频率分析。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-26 04:17
基组太小，而且此时还不考虑counterpoise算物理吸附能属于开玩笑（做几何优化可以），看http://bbs.keinsci.com/thread-47399-1-1.html里我的回复
还有很多可做的分析，比如
使用Multiwfn图形化展现原子对色散能的贡献以及色散密度
http://sobereva.com/705（http://bbs.keinsci.com/thread-44723-1-1.html）
谈谈范德华势以及在Multiwfn中的计算、分析和绘制
http://sobereva.com/551（http://bbs.keinsci.com/thread-17271-1-1.html）
使用Multiwfn做Hirshfeld surface分析直观展现分子晶体和复合物中的相互作用
http://sobereva.com/701（http://bbs.keinsci.com/thread-43178-1-1.html）
以及小分子和固体表面静电势、密度差，等等
参考下文（不是所有都支持周期性体系）
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

如果有化学吸附出现的情况，还可以结合键级、NAdO、CDA分析，看
使用Multiwfn对周期性体系做键级分析和NAdO分析考察成键特征
http://sobereva.com/719（http://bbs.keinsci.com/thread-47176-1-1.html）
使用Multiwfn结合CP2K对周期性体系做电荷分解分析（CDA）
http://sobereva.com/716（http://bbs.keinsci.com/thread-46878-1-1.html）

不要乱用BSSE这个词，仔细看下文相关部分
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）
即便用counterpoise考虑BSSE校正，DZVP-MOLOPT-SR-GTH也明显偏小，没理由不用更大的TZ档次的MOLOPT基组

结合方式可能性较少或凭感觉就能摆出最理想的吸附构型的时候直接摆一个结构做优化就完了，拿不准的话跑MD，每隔一定帧数取一个结构做优化，取能量最低的用于算高精度结合能

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-7-26 14:32
本帖最后由红茶泡枸杞于 2024-7-27 16:13 编辑

sobereva 发表于 2024-7-26 04:17
基组太小，而且此时还不考虑counterpoise算物理吸附能属于开玩笑（做几何优化可以），看http://bbs.keinsci ...

谢谢社长的解答，您之前提到“Multiwfn创建CP2K输入文件的界面里选择任务的时候直接就能选counterpoise”，是指选任务11BSSE吗？我现在可以在原来小基组优化结束的基础上换成TZVP-MOLOPT-GTH基组再次优化吗？把分子摆放到合适位置是否需要固定MOF/COF呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-26 23:41

红茶泡枸杞发表于 2024-7-26 14:32
谢谢社长的解答，您之前提到“Multiwfn创建CP2K输入文件的界面里选择任务的时候直接就能选counterpoise” ...

是
可。通常来说用DZVP-MOLOPT-SR-GTH只优化一次就够了，没必要再切换成更大基组
没必要也没理由固定

那叫TZVP-MOLOPT-GTH

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-7-27 16:17

sobereva 发表于 2024-7-26 23:41
是
可。通常来说用DZVP-MOLOPT-SR-GTH只优化一次就够了，没必要再切换成更大基组
没必要也没理由固定

谢谢社长，我明白了，接下来的计算我用TZVP-MOLOPT-GTH基组，用counterpoise考虑BSSE，上面写错的基组修改过来了。

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-8-1 20:50

sobereva 发表于 2024-7-26 23:41
是
可。通常来说用DZVP-MOLOPT-SR-GTH只优化一次就够了，没必要再切换成更大基组
没必要也没理由固定

社长您好，我把分子摆放在COF中进行结构优化，优化结束后发现COF有些位置散架了，这怎么解决呢？附上输出文件，由于中途服务器关机了，我续算忘了保存之前的out文件了，故输出文件只有续算部分的。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-2 03:52

红茶泡枸杞发表于 2024-8-1 20:50
社长您好，我把分子摆放在COF中进行结构优化，优化结束后发现COF有些位置散架了，这怎么解决呢？附上输出 ...

光上传out文件毫无用处，连用了什么关键词、结构怎么变化的都不直接体现

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-8-2 14:58

sobereva 发表于 2024-8-2 03:52
光上传out文件毫无用处，连用了什么关键词、结构怎么变化的都不直接体现

社长您好，我重新上传了输入文件，molden、xyz等文件过大，附在网盘链接中。
通过网盘分享的文件：COF链接: https://pan.baidu.com/s/1yRmuaEo4GHEKoXB5y1sAqw?pwd=6666 提取码: 6666

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-4 07:43

红茶泡枸杞发表于 2024-8-2 14:58
社长您好，我重新上传了输入文件，molden、xyz等文件过大，附在网盘链接中。
通过网盘分享的文件：COF链 ...

当前的模型严重不合理，Z方向盒子尺寸太小，导致小分子都和自己作用上了。必须先在z方向扩胞

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-9-9 17:55

sobereva 发表于 2024-8-4 07:43
当前的模型严重不合理，Z方向盒子尺寸太小，导致小分子都和自己作用上了。必须先在z方向扩胞

社长您好，我用1*1*3超胞重新进行了计算，结果如下，优化前后变化不是很大，这是正常的吗？是否需要把z方向尺寸调大一点呢？out文件和molden文件附在百度网盘链接中了
通过百度网盘分享的文件：R输出
链接:https://pan.baidu.com/s/1chrXFcFk710EUW3wSs7cRA?pwd=z78i
提取码:z78i

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-10 14:35

红茶泡枸杞发表于 2024-9-9 17:55
社长您好，我用1*1*3超胞重新进行了计算，结果如下，优化前后变化不是很大，这是正常的吗？是否需要把z方 ...

如果你是指相对于cif里的结构变化不大，明显是好事，说明当前级别和设置对当前体系描述得合理

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-9-10 21:10

sobereva 发表于 2024-9-10 14:35
如果你是指相对于cif里的结构变化不大，明显是好事，说明当前级别和设置对当前体系描述得合理

好的，谢谢社长解答，我可以去做分析了

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-9-11 09:39

sobereva 发表于 2024-9-10 14:35
如果你是指相对于cif里的结构变化不大，明显是好事，说明当前级别和设置对当前体系描述得合理

社长，不好意思，我再跟您确认一下，我把分子放在COF中进行结构优化，COF略有一点点变形，分子的位置优化前后变化不大，这样可以继续做后续弱相互作用分析吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-11 11:45

红茶泡枸杞发表于 2024-9-11 09:39
社长，不好意思，我再跟您确认一下，我把分子放在COF中进行结构优化，COF略有一点点变形，分子的位置优化 ...

COF本身有的地方就很柔，弱相互作用造成适度的变形很正常
但也有可能模型本身不合理导致的异常（比如垂直于层的方向晶胞尺寸太小而又没充分扩胞等），没具体文件没法说

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-9-12 15:59

sobereva 发表于 2024-9-11 11:45
COF本身有的地方就很柔，弱相互作用造成适度的变形很正常
但也有可能模型本身不合理导致的异常（比如垂 ...

好的谢谢社长，之前做的1*1*2超胞优化后严重变形，分子内发生了相互作用，现在做1*1*3，Z方向尺寸为11.1747埃，有轻微变形，可能就是您说的弱相互作用造成的，附上优化前后的cif文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-9-12 17:18

红茶泡枸杞发表于 2024-9-12 15:59
好的谢谢社长，之前做的1*1*2超胞优化后严重变形，分子内发生了相互作用，现在做1*1*3，Z方向尺寸为11.17 ...

当前z方向仍然偏小

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2025-5-13 20:52

sobereva 发表于 2024-7-26 04:17
基组太小，而且此时还不考虑counterpoise算物理吸附能属于开玩笑（做几何优化可以），看http://bbs.keinsci ...

社长您好，请问用CP2K得到周期性体系的波函数文件能否拿来做ESP分析呢？对于COF吸附小分子体系，静电势和范德华势我只做了范德华势可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-13 23:35

红茶泡枸杞发表于 2025-5-13 20:52
社长您好，请问用CP2K得到周期性体系的波函数文件能否拿来做ESP分析呢？对于COF吸附小分子体系，静电势和 ...

Multiwfn没法对周期体系基于波函数算静电势。周期性体系的静电势的格点数据文件应当用CP2K直接产生
具体看COF和小分子之间是什么作用，只有范德华作用主导时才可以只考察范德华势

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2025-5-14 13:24

sobereva 发表于 2025-5-13 23:35
Multiwfn没法对周期体系基于波函数算静电势。周期性体系的静电势的格点数据文件应当用CP2K直接产生
具体 ...

谢谢社长，我目前做的IGMH散点图中初步得到主要是范德华作用和弱氢键作用，当初计算的时候没有产生静电势的格点数据文件，现在只能做范德华势计算。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-14 20:06

红茶泡枸杞发表于 2025-5-14 13:24
谢谢社长，我目前做的IGMH散点图中初步得到主要是范德华作用和弱氢键作用，当初计算的时候没有产生静电势 ...

重算不就完了

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2025-5-15 11:18

sobereva 发表于 2025-5-14 20:06
重算不就完了

社长，我现在算个单点产生cube文件可以吗？周期性体系的静电势格点数据文件产生还需要什么步骤吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-5-16 04:07

红茶泡枸杞发表于 2025-5-15 11:18
社长，我现在算个单点产生cube文件可以吗？周期性体系的静电势格点数据文件产生还需要什么步骤吗？

可以
Multiwfn创建CP2K输入文件的功能的界面里直接就可以选导出cube文件
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2025-5-16 11:33

sobereva 发表于 2025-5-16 04:07
可以
Multiwfn创建CP2K输入文件的功能的界面里直接就可以选导出cube文件
使用Multiwfn非常便利地创建CP ...

谢谢社长解答

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)