计算化学公社

标题: Sobtop程序生成的配体gro文件中为什么没有配体氨基酸残基名称？ [打印本页]

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Author: 12313 时间: 2024-7-3 21:07
标题: Sobtop程序生成的配体gro文件中为什么没有配体氨基酸残基名称？
各位老师好，我的体系是蛋白配体复合物，之前在用gmx_MMPBSA做了氨基酸残基的自由能分解，但是发现结果中没有配体残基的能量分解，想到之前配体的gro文件中便没有出现配体残基的名称，不知是否是这个原因导致没有出现配体残基的能量分解。
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-4 07:14
当前配体的残基名显然就是MOL。搞清楚gro文件的格式

作者
Author: 12313 时间: 2024-7-4 09:31

sobereva 发表于 2024-7-4 07:14
当前配体的残基名显然就是MOL。搞清楚gro文件的格式

sob老师，情况是这样的，我的配体是个六肽，但是使用gmxMMPBSA进行氨基酸残基自由能分解后，并没有显示六个氨基酸残基的能量分解，如下图。请问我该怎么调整呢？
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Author: 低调的板凳 时间: 2024-7-4 10:25

12313 发表于 2024-7-4 09:31
sob老师，情况是这样的，我的配体是个六肽，但是使用gmxMMPBSA进行氨基酸残基自由能分解后，并没有显示六 ...

你进行MD的时候整个多肽是作为整体进行计算的，就一个总残基MOL，并不是多肽。所以算PBSA的时候自然就是一个整体，现在想要拆分MOL中的氨基酸残基进行计算会很麻烦。

如果你十分需要多肽的MMPBSA能量分解，并且多肽是天然氨基酸序列的话，应该在MD的初期构建配体文件时，直接用和蛋白相同的力场去构建配体多肽相应的结构拓扑文件，类似与蛋白chainB的结构去处理。这样后续跑MMPBSA的时候会比较方便拆分配体的能量分解。

作者
Author: 12313 时间: 2024-7-4 16:46

低调的板凳发表于 2024-7-4 10:25
你进行MD的时候整个多肽是作为整体进行计算的，就一个总残基MOL，并不是多肽。所以算PBSA的时候自然就是 ...

老师，您的意思是不是通过gmx pdb2gmx指令去生成配体.pbd的gro文件，然后再将配体与蛋白的gro文件整合到一个文件中，再进行后续操作？

作者
Author: 低调的板凳 时间: 2024-7-4 17:33

12313 发表于 2024-7-4 16:46
老师，您的意思是不是通过gmx pdb2gmx指令去生成配体.pbd的gro文件，然后再将配体与蛋白的gro文件整合到 ...

可以，或者是你可以一开始就把多肽作为chainB扔在蛋白质的结构里面，跑完MD注意index分组的时候分开进行后续计算就行。

作者
Author: 12313 时间: 2024-7-4 17:57

低调的板凳发表于 2024-7-4 17:33
可以，或者是你可以一开始就把多肽作为chainB扔在蛋白质的结构里面，跑完MD注意index分组的时候分开进行 ...

好的，谢谢老师

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