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标题: gromacs中energy中动能项缺失 [打印本页]

作者
Author: Jus 时间: 2024-6-28 21:43
标题: gromacs中energy中动能项缺失
本帖最后由 Jus 于 2024-6-29 16:11 编辑

各位前辈们好，我经过如下操作提取的体系中的某一相的edr

gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -n -oAB.xtc

gmx convert-tpr -n -s md.tpr -o AB.tpr

gmx mdrun -s AB.tpr -rerun AB.xtc -eAB.edr

gmx energy -f AB.edr

最后结果相比于md.edr的能量相缺失很多，例如动能、总能量等
本想通过这种方法求体系某一部分的内能，但是动能项缺失了，只有势能
请问如何提取的完整，感谢解答

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-30 01:16
从原理上理解
对xtc做rerun，每一帧只有坐标没有速度，自然没法得到动能

作者
Author: Jus 时间: 2024-6-30 08:24
本帖最后由 Jus 于 2024-6-30 10:16 编辑

sobereva 发表于 2024-6-30 01:16
从原理上理解
对xtc做rerun，每一帧只有坐标没有速度，自然没法得到动能

老师你好，我尝试过把xtc换成trr，仍然没有动能项，甚至缺失的更多了

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-2 19:45

Jus 发表于 2024-6-30 08:24
老师你好，我尝试过把xtc换成trr，仍然没有动能项，甚至缺失的更多了

你若不设nstvout，trr里就不会带有速度信息，同样也不可能有动能

作者
Author: Jus 时间: 2024-7-4 10:17

sobereva 发表于 2024-7-2 19:45
你若不设nstvout，trr里就不会带有速度信息，同样也不可能有动能

好的，我再核对一下，非常感谢sob老师的指教

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