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标题: BOMD轨迹的模拟问题 [打印本页]

作者
Author: 0916 时间: 2016-12-1 13:10
标题: BOMD轨迹的模拟问题
如图所示，作者介绍是通过BOMD模拟得到的轨迹图，不同颜色表示不同的原子，通过跨度范围的大小阐述原子的振动或转动的幅度大小。
我的问题是，1、这是一个三维的分子结构，坐标轴中的中的参数的意思是确定一个平面将其在二维平面的轨迹描绘出来的吗？
2、如何得到这种图？
3、可以通过ADMP分子动力学(高斯手册上说ADMP与BOMP是等效的)进行吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-1 14:30
横纵坐标就是分子的两个内坐标，把轨迹当中每一帧的这俩内坐标数值记录下来，然后导入origin，对这两列绘制折线图即可

ADMP可以
ADMP与BOMD原理上不等价，支持的关键词也不同，但可以实现相同的目的

作者
Author: 0916 时间: 2016-12-1 16:47

sobereva 发表于 2016-12-1 14:30
横纵坐标就是分子的两个内坐标，把轨迹当中每一帧的这俩内坐标数值记录下来，然后导入origin，对这两列绘制 ...

谢谢老师，明白啦

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