计算化学公社

标题: 如何分析表面的静电势分布 [打印本页]

作者
Author: patience2014 时间: 2016-11-28 12:54
标题: 如何分析表面的静电势分布
各位好！

在最近的工作中，我想了解表面的反应活性，所以觉得是不是看看表面的静电势分布比较好。因为底子不好，SIESTA程序的使用还是一知半解，在此向各位求助，看看是否可以指点一下迷津，谢谢！

我已经在输入文件input.fdf中加入“SaveElectrostaticPotential T”，计算结束后，产生了“*.VH"文件，请问这个文件如何能够转化成可视的*.cube文件，然后像高斯view那样把表面的静电势填色图画出来？如果有其他的表达方式，例如画曲线图，也行啊。

作者
Author: librakitty 时间: 2016-11-28 12:57
你可以用Multiwfn做的，简单方便，sob 老师的博客和手册上都有详细的说明。

作者
Author: patience2014 时间: 2016-11-28 14:00
本帖最后由 patience2014 于 2016-11-28 14:13 编辑

是的，我这个工作属于第一性原理表面计算，Multiwfn更适合分析分子体系的量子化学计算结果。除了Multiwfn还有其他解决办法吗？似乎得有个程序专门读取VH文件进行转化。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-11-28 14:35
1、应该SIESTA的目录下有个Util/Grid/grid2cube的玩意，不过要注意，原版的grid2cube只支持正交晶格，multiwfn也只支持正交晶格。
2、4.1这个版本带一个g2c_ng的可以处理非正交的，不过就不能通过multiwfn分析了。
3、其他话平均静电势的做法是通过grid2cdf到cdf，然后有个average_z也许可以做，这点我不确定，你可以自己尝试下看看。
4、实在不行还可以通过grid2xsf，其余交给XCrysDen来处理。
5、使用上述小程序需要到Util/Grid下面去make一下、
6、SIESTA并非平面波方法，而是数值原子轨道的方法；仅就格点文件而言，原则上只要能够是Multiwfn可正确读取的格点文件都可以进行相应的分析。

作者
Author: patience2014 时间: 2016-11-28 16:16

卡开发发发表于 2016-11-28 14:35
1、应该SIESTA的目录下有个Util/Grid/grid2cube的玩意，不过要注意，原版的grid2cube只支持正交晶格，multi ...

谢谢提示和纠正。我先把Util/Grid/的程序做了make，生成一些可执行命令：cdf2grid, cdf2xsf, grid2cdf, grid2cube, grid2val, grid_rotate。我这个体系不是正交晶格。每个命令执行了一遍，没有正常回应。Siesta4.1版本还没有下载，得再试试。再次感谢。

作者
Author: librakitty 时间: 2016-11-28 17:07

liyuanhe211 发表于 2016-11-28 13:46
Multiwfn暂不支持平面波

嗯嗯，没意识到楼主是为了做平面波的，谢谢您的提醒

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-11-28 17:20

patience2014 发表于 2016-11-28 16:16
谢谢提示和纠正。我先把Util/Grid/的程序做了make，生成一些可执行命令：cdf2grid, cdf2xsf, grid2cdf, g ...

看下Grid文件夹下的README，里面说了用法，需要三个文件，input文件、XV文件以及格点文件(RHO、VH等)

作者
Author: patience2014 时间: 2016-11-29 16:35

卡开发发发表于 2016-11-28 17:20
看下Grid文件夹下的README，里面说了用法，需要三个文件，input文件、XV文件以及格点文件(RHO、VH等)

今天尝试了Grid2cube程序，按照.f程序里说明的，准备了input文件，XV文件和VH文件。因为该程序专门针对正交晶格的，我这个体系一算就跳出来，但应该是可以运行的。后来我又用了rho2cube程序，这个可以处理非正交晶格。原来不只是*.RHO文件可以转化成cube啊，*.VH也能转化成cube文件。它的图形是这样的，这就是表面的静电势啊，对吗？能说明什么啊？

作者
Author: patience2014 时间: 2016-11-29 17:17
本帖最后由 patience2014 于 2016-11-30 10:44 编辑

librakitty 发表于 2016-11-28 17:07
嗯嗯，没意识到楼主是为了做平面波的，谢谢您的提醒

是的，SIESTA是基于AO基函数方法的程序包。只是使用该程序做些计算工作，不做方法。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-11-29 17:57

patience2014 发表于 2016-11-29 16:35
今天尝试了Grid2cube程序，按照.f程序里说明的，准备了input文件，XV文件和VH文件。因为该程序专门针对正 ...

没错，RHO、VH、VT都可以转化为cube。之后得看你打算分析什么，如果要做填色图的话就得同时导入RHO和VH的cube来进行处理（http://sobereva.com/253）。

作者
Author: patience2014 时间: 2016-11-29 18:29
本帖最后由 patience2014 于 2016-11-29 18:31 编辑

卡开发发发表于 2016-11-29 17:57
没错，RHO、VH、VT都可以转化为cube。之后得看你打算分析什么，如果要做填色图的话就得同时导入RHO和VH的 ...

谢谢！是这个VH的cube没有颜色差别造成的啊。能否再提示下如何处理RHO和VH的cube得到ESP填色图吗？

我们打算分析表面正负电荷的分布区域特征，比如说条形，散点形等。这是个Cu(111)表面。是不是表面Cu电荷的差别太小，并不适合做ESP分析？Cu表面存在着自由电子气，费米波长30A，呈周期性分布，它可否用ESP分析看出来？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-11-29 18:47

patience2014 发表于 2016-11-29 18:29
谢谢！是这个VH的cube没有颜色差别造成的啊。能否再提示下如何处理RHO和VH的cube得到ESP填色图吗？

我 ...

我不知道Gaussian能不能读取这样的cube文件，你可以试试。如果可以的话原则上要一个密度的等值面，然后颜色按照静电势的大小来显示，你可以按照http://sobereva.com/253来做，其中把电势和密度生成的网格都在Gaussian的Results-Surfaces/Contours打开你的cube文件，建立一个mapped surface就行了。

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)