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标题: gromacs关于分子位置限制的问题 [打印本页]

作者
Author: 田小甜 时间: 2016-11-25 16:54
标题: gromacs关于分子位置限制的问题
本帖最后由田小甜于 2016-11-25 16:57 编辑

各位老师们好，我最近用gromacs对分子位置限制的时候，参考别人的itp文件编写时，不知道它的数值设置为1000，指的是什么？物理意义？如下，是poser.itp文件的内容：

[ position_restraints ]
; atom  type    fx    fy    fz
  1 1 1000 1000 1000
  2 1 1000 1000 1000
  3 1 1000 1000 1000
  4 1 1000 1000 1000
  5 1 1000 1000 1000
  6 1 1000 1000 1000
  7 1 1000 1000 1000
  8 1 1000 1000 1000
  9 1 1000 1000 1000
10 1 1000 1000 1000
11 1 1000 1000 1000
12 1 1000 1000 1000
13 1 1000 1000 1000
14 1 1000 1000 1000
15 1 1000 1000 1000
16 1 1000 1000 1000
17 1 1000 1000 1000还有，如果说是限制分子的坐标位置，那么这个坐标的单位是什么？是纳米，还是埃米？

作者
Author: fantasticqhl 时间: 2016-11-25 17:55
这个是gromacs 里面的positional restraints, 1-17 是原子编号， 1是势能函数编号 V(r)=1/2 * k*(r-R)**2，R为参考坐标， 1000，单位是 kJ/mol nm2，是力的常数 k。

通常这个itp文件在用pdb2gmx生成top与gro文件的时候，就会产生，默认名posre.itp 。一般不对H原子施加位置限制。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-11-25 17:56
指的是限制势的力常数，kJ/mol/nm^2
坐标就是初始结构里的坐标。

作者
Author: 田小甜 时间: 2016-11-25 19:57

fantasticqhl 发表于 2016-11-25 17:55
这个是gromacs 里面的positional restraints, 1-17 是原子编号， 1是势能函数编号 V(r)=1/2 * k*(r-R)**2， ...

嗯嗯，知道了，谢谢

作者
Author: 田小甜 时间: 2016-11-25 19:58

sobereva 发表于 2016-11-25 17:56
指的是限制势的力常数，kJ/mol/nm^2
坐标就是初始结构里的坐标。

嗯嗯，谢谢老师

作者
Author: 青青青 时间: 2019-4-22 12:59
本帖最后由青青青于 2019-4-22 14:58 编辑

您好，position_restraints对分子进行限制是对每个分子给定了一个势能函数,对原子的坐标在一定范围内运动吧，一定范围有多大呢

作者
Author: nkulyl80 时间: 2022-2-22 10:32

fantasticqhl 发表于 2016-11-25 17:55
这个是gromacs 里面的positional restraints, 1-17 是原子编号， 1是势能函数编号 V(r)=1/2 * k*(r-R)**2， ...

老师，我是一个gromacs小白，我用pdb2gmx生成的top和gro文件时，不输出itp文件，不知道是为什么呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-25 22:31

nkulyl80 发表于 2022-2-22 10:32
老师，我是一个gromacs小白，我用pdb2gmx生成的top和gro文件时，不输出itp文件，不知道是为什么呢？

本来就没必然性会输出itp文件
搞清楚拓扑文件里都有什么字段。运行不看你有什么拓扑文件，只看拓扑文件里有什么字段

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-25 22:32

青青青发表于 2019-4-22 12:59
您好，position_restraints对分子进行限制是对每个分子给定了一个势能函数,对原子的坐标在一定范围内运动吧 ...

没具体范围。原子热运动能跑的实际范围和温度有关

作者
Author: benwei12138 时间: 2022-3-30 00:00

sobereva 发表于 2022-2-25 22:31
本来就没必然性会输出itp文件
搞清楚拓扑文件里都有什么字段。运行不看你有什么拓扑文件，只看拓扑文件 ...

老师，我是用charmm-gui生成的拓扑文件，没有posre.itp，但是我后面想要进行位置限制的NPT和NVT模拟，请问一下如何生成位置限制文件？

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2022-3-30 04:15
gmx genrestr -f xxx.gro -o xxx_posre.itp然后根据提示选择要生成的位置限制itp文件。

作者
Author: qyl 时间: 2024-4-17 11:15

DwyaneWan 发表于 2022-3-30 04:15
gmx genrestr -f xxx.gro -o xxx_posre.itp然后根据提示选择要生成的位置限制itp文件。

利用这个命令生成的位置限制itp需要再include到top文件里面吗？

作者
Author: AAA111 时间: 2024-5-10 10:15

qyl 发表于 2024-4-17 11:15
利用这个命令生成的位置限制itp需要再include到top文件里面吗？

不用吧，生成的拓扑文件好像已经包含了

作者
Author: xliu97 时间: 2025-5-8 16:26
您好，我目前也在进行拉伸模拟的练习，我的目标是将一个6个表活剂分子形成的反胶束进行拉伸，我想约束其中两个的位置，将另外4个拉伸远离形成一系列构象然后进行PMF计算，但是目前第一步位置约束就卡住了。我之前看一个拉伸蛋白的教程里面是在某个蛋白的itp末尾写#if define的语句，但是如果是要约束两个分子，该怎么写呢？

作者
Author: KanbeKotori 时间: 2025-5-8 19:59

xliu97 发表于 2025-5-8 16:26
您好，我目前也在进行拉伸模拟的练习，我的目标是将一个6个表活剂分子形成的反胶束进行拉伸，我想约束其中 ...

一次include两个小分子的拓扑.itp以及对应的porse.itp
比如这样
#ifdef POSRES_MOL
#include "小分子1.itp"
#include "posre_小分子1.itp"
#include "小分子2.itp"
#include "posre_小分子2.itp"
#endif
这样当你mdp里define = -DPOSRES_MOL时，两个小分子将会被同时限制住

作者
Author: xliu97 时间: 2025-5-9 00:32

KanbeKotori 发表于 2025-5-8 19:59
一次include两个小分子的拓扑.itp以及对应的porse.itp
比如这样
#ifdef POSRES_MOL

请问这样的话单个分子的itp末尾还需要添加# if define吗？

作者
Author: KanbeKotori 时间: 2025-5-9 10:01

xliu97 发表于 2025-5-9 00:32
请问这样的话单个分子的itp末尾还需要添加# if define吗？

意思是把
#ifdef
#include 小分子porse.itp
这些内容写进小分子.itp里？itp是专供include的top文件，只要系统的top include了你的小分子.itp也没问题，然后mdp再修改一下即可。通常我会把ifdef写到top里方便管理。
你可以参考https://manual.gromacs.org/docum ... y-file-formats.html里关于Ifdef statements的内容。

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