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标题: 请问SDF作图中绿色轮廓以平均密度的十倍绘制中平均密度指的是什么10是isovalue值吗？ [打印本页]

作者
Author: 马天湉 时间: 2024-5-7 09:32
标题: 请问SDF作图中绿色轮廓以平均密度的十倍绘制中平均密度指的是什么10是isovalue值吗？
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我看到文献中SDF作图x, y和z方向的坐标长度选择为20 Å，请问这里的20 Å是指盒子尺寸吗？还是指中心分子尺寸？
绿色轮廓面以平均密度的10倍绘制，红色轮廓面以平均密度的3倍绘制。这里的10和3是指vmd中isovalue值吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-8 06:40
格点均匀分布的盒子尺寸

先算出来平均密度是多少（特定类型分子的原子总数除以模拟用的盒子体积），乘以相应倍数作为isovalue值

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