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标题: 范德华和静电作用的计算 [打印本页]

作者
Author: zhaoxin 时间: 2016-11-18 18:02
标题: 范德华和静电作用的计算
本帖最后由 zhaoxin 于 2016-11-21 08:37 编辑

在利用vmd和namd计算范德华和静电作用时，只要体系中出现氯仿，就会出现错误，体系中没有氯仿时就可以计算，这是因为什么原因呢，会不会是氯仿的参数出问题呢

作者
Author: fhh2626 时间: 2016-11-20 20:59
把错误贴出来

作者
Author: zhaoxin 时间: 2016-11-21 08:38

fhh2626 发表于 2016-11-20 20:59
把错误贴出来

已经贴出来了，麻烦您帮我看看，试了很多次错误都是这个

作者
Author: fhh2626 时间: 2016-11-21 12:02
这个是因为vmd内部没有氯仿的力场，所以算不了

你要么就自己把力场加到vmd里面去，要么就自己算vdw和静电作用（话说log文件不是会输出吗？）

作者
Author: zhaoxin 时间: 2016-11-21 12:35

fhh2626 发表于 2016-11-21 12:02
这个是因为vmd内部没有氯仿的力场，所以算不了

你要么就自己把力场加到vmd里面去，要么就自己算vdw和静 ...

可是log文件里的是体系里总的能量，不是我需要的，我只有氯仿的top文件，是把这个加到vmd里吗，我试了，还是不可以啊，结果都一样

作者
Author: fhh2626 时间: 2016-11-21 15:42

zhaoxin 发表于 2016-11-21 12:35
可是log文件里的是体系里总的能量，不是我需要的，我只有氯仿的top文件，是把这个加到vmd里吗，我试了， ...

vmd有个readcharmmtop的plugin，找到那个文件夹，然后研究一下怎么载入

如果要算某几个部分的相互作用能的话用namd里面的pair interaction就好，vmd里面的plugin都是半成品，不好用

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