计算化学公社

标题: 请问，说明书3.3.6中333页，弱力表示中.VMD如何获取？ [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-13 11:35
标题: 请问，说明书3.3.6中333页，弱力表示中.VMD如何获取？

Multiwfn说明书3.3.6，第333页，讲了弱力通过VMD的呈现方法，其中RDGfill.vmd这个文件，我知道这个文件Sob已经做出来放在examples里面了，如果我自己要做这个文件？如何获得呢？是从gaussian计算结果中的log，再在VMD转化出来的对应结果吗（RDGfill.vmd是对应于Multiwfn分析的func1.cub，func2.cub的结构吗）？在gaussian中有log文件，如何转成这个对应的RDGfill.vmd文件呢？
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-13 17:33
RDGfill.vmd是我自己写的VMD脚本，可以用文本编辑器自行编辑。只要你懂得了tcl语言的语法，以及VMD自带的命令的使用，就能根据实际情况来编写出对应的脚本。关于VMD的脚本，看此贴5L的一些说明：http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =427&extra=page%3D1

实际上，RDGfill.vmd脚本能做的事情，你在VMD的图形窗口里操作也都能做到，即图形界面里的每一步操作都对应一个命令。所有命令都写到一起，一次性执行，是为了每次绘图比较方便。你可以在VMD里面选file-Log tcl commands to console，然后你每在VMD里修改一个选项，就会在命令行窗口里看到与之对应的命令。利用这个特征，很快就能搞清楚如何写出自己需要的命令行了。

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-13 20:35
明白了,谢谢!
还有一个问题，根据说明书绘制静电势等高线图（ESP，210页说明书），说明书用了ClF3做了例子。绘制的ESP等高线出现一个Cl，3个F中心原子,这符合实际原子特征。
我用菲计算的结果，等高线中心只出现等高线, 未出现原子标记，理论上菲有10多个碳原子，为什么只出现大概两个原子中心呢？用这种ESP分析方法，如何知道这些表面电势对应于分子结构上的位置呢？（每个原子对正/负电势的贡献）
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-14 03:10
原子符号没出现是因为原子距离绘图平面太远。选择17 Set the distance criterion for showing atom labels，把数值设大即可。

或许你想得到的是分子表面静电势填色图，见
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-14 14:28
本帖最后由 lao7 于 2014-12-14 14:29 编辑

谢谢指教！还有一个问题，涉及到弱力的划分，说明书P332页，图显示“H bond，VDW， strong repulsion ”，那么苯环的pi作用应该划归什么力呢？我觉得似乎划归VDW合理些？

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-14 16:22

lao7 发表于 2014-12-14 14:28
谢谢指教！还有一个问题，涉及到弱力的划分，说明书P332页，图显示“H bond，VDW， strong repulsion ”， ...

pi-pi作用的本质就是范德华作用

作者
Author: lao7 时间: 2014-12-15 10:40
谢谢！我已经弄好图了，如果说明书不懂的地方再请教！

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