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标题: gromacs中聚合物膜对气体的渗透模拟时聚合物是否应该固定位置 [打印本页]

作者
Author: chenyuhan 时间: 2024-3-28 20:15
标题: gromacs中聚合物膜对气体的渗透模拟时聚合物是否应该固定位置
想请问老师们，如果想要用已经优化好的聚合物膜来研究对气体分子的渗透作用，那么是否需要固定聚合物膜在一个位置不动。
如果需要固定位置的话，那么应该怎样操作。
是应该在搭建膜和气体在一个盒子的时候在packmol里面直接固定原子的位置；

还是应该设置restraint、constraint和freeze其中的一个呢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-29 02:44
一般不用固定。但如果发现模拟过程中出现了平移而影响考察，对某些原子做位置限制也可以

作者
Author: chenyuhan 时间: 2024-3-29 09:47

sobereva 发表于 2024-3-29 02:44
一般不用固定。但如果发现模拟过程中出现了平移而影响考察，对某些原子做位置限制也可以

好的，谢谢老师的解答

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