计算化学公社

标题: 求助gromacs退火过程密度的问题 [打印本页]

作者
Author: gjs 时间: 2024-3-21 18:24
标题: 求助gromacs退火过程密度的问题
本帖最后由 gjs 于 2024-3-21 20:51 编辑

各位前辈好，我最近刚学习gromacs有些地方不懂还请指教。就是我在进行gromacs退火的过程中发现，体系的密度随着温度的升高在逐渐下降（大致从1500g/cm3降到40g/cm3），但是温度降低的过程中体系的密度没有升上来，不知道这是否是正常的，如果不正常的话是什么原因导致的又该如何解决呢？查阅以往的帖子，NPT和退火过程中使用的控压器均为Berendsen;控温均器V-rescale。
下面是我NPT和退火过程中的数据监测已经使用的参数文件：

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-21 18:35
这种事看轨迹判断原因
40g/cm3时分子肯定已经极其分散了，靠距离非常远因此弱到可忽略不计的分子间相互作用很难在有限的模拟时间内恢复原状

作者
Author: gjs 时间: 2024-3-21 20:40
本帖最后由 gjs 于 2024-3-21 21:04 编辑

sobereva 发表于 2024-3-21 18:35
这种事看轨迹判断原因
40g/cm3时分子肯定已经极其分散了，靠距离非常远因此弱到可忽略不计的分子间相互作 ...

谢谢老师的回复，刚才看了退火的轨迹并选择了初始，中间和结束的几帧放下在了帖子里，发现形成了两个距离非常远的大团直到最后，那么这种情况应该如何解决呢？能否直接在恒容的条件下进行退火？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-21 21:06
可以恒容

作者
Author: gjs 时间: 2024-3-21 21:37
本帖最后由 gjs 于 2024-3-21 21:41 编辑

sobereva 发表于 2024-3-21 21:06
可以恒容

谢谢老师，我之前看您在一个帖子说退火是一个变温的非平衡过程，因此不能用PR控压。但是我做了测试发现berendsen控压不能把体系压回原来的密度，但是PR控压是可以的。这种情况下是选择用PR进行退火还是使用恒容退火呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-21 22:00

gjs 发表于 2024-3-21 21:37
谢谢老师，我之前看您在一个帖子说退火是一个变温的非平衡过程，因此不能用PR控压。但是我做了测试发现be ...

可以尝试用c-rescale，原理上更好，兼容动力学的任何阶段

PR若实测能满足要求也可以用

作者
Author: gjs 时间: 2024-3-21 22:06

sobereva 发表于 2024-3-21 22:00
可以尝试用c-rescale，原理上更好，兼容动力学的任何阶段

PR若实测能满足要求也可以用

好的，非常感谢老师的指导，期待下个月gromacs培训班能再与老师交流。

作者
Author: gjs 时间: 2024-3-21 22:07

sobereva 发表于 2024-3-21 22:00
可以尝试用c-rescale，原理上更好，兼容动力学的任何阶段

PR若实测能满足要求也可以用

非常感谢老师的回复，期待下个月gromacs培训班，再向老师请教。

作者
Author: gjs 时间: 2024-3-27 19:48

sobereva 发表于 2024-3-21 21:06
可以恒容

老师您好，我计算的体系是一个局域高浓电解液，使用恒容进行退火结束后发现Li和FSI离子聚集在一起好像不带稀释剂玩，这是正常的情况吗？

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