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标题: 蛋白质二级结构的平均结构 [打印本页]

作者
Author: wenhuidou 时间: 2016-10-27 19:54
标题: 蛋白质二级结构的平均结构
我想用VMD显示NAMD模拟一段时间之后蛋白质的平均结构，希望各位大神知道我一下，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-28 07:00
如果你是指要得到一段轨迹的平均结构（每一帧原子坐标加和除以帧数），这并没有什么意义，得到的结构会严重扭曲变形，也没法作为这一段轨迹的代表性结构。

作者
Author: wenhuidou 时间: 2016-10-28 08:47
我看到好多文献中都会对平均结构(the secondary structure elements of the mean structure)进行分析，麻烦您能指导我一下该如何得到平均结构

作者
Author: greatzdk 时间: 2016-10-28 09:35
不要迷信文献，sob说的非常对。
当然这或许是个下下策。
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/8722.html

作者
Author: wenhuidou 时间: 2016-10-28 10:21
谢谢您！

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