计算化学公社

标题: dpd耗散粒子动力学入门教材和软件有哪些 [打印本页]

作者
Author: chuxuezhe 时间: 2024-2-27 20:01
标题: dpd耗散粒子动力学入门教材和软件有哪些
各位老师好，想系统学习下介观尺度模拟（主要为dpd耗散粒子动力学），主要研究纳米颗粒自组装以及生物材料界面性质。查阅了一些材料，有几个问题想请教：
1.介观尺度模拟包含多种方法，有没有经典教材方便入门？
2.软件部分，发现大部分都是采用的MS进行的模拟，少部分为lammps。想请教，是不是想快速上手的话用MS？这个领域有没有专业的开源程序。
谢谢各位老师！

作者
Author: 牧生 时间: 2024-2-27 22:33
1.直接去重复martini力场的教程
2.martini结合gromacs是最佳选择，用Ms是最不明智的选择

最最最明智的选择：参加科音的培训班，用gromacs跑全原子动力学
http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-28 05:50
DPD专业的免费程序多了去了，HOOMD-blue、DL_POLY、GALAMOST、LAMMPS等等，大多还都开源、很多都支持GPU加速，而且GROMACS还有个专门做DPD的变体DPDMacs，哪个都比用又巨贵又巨弱又巨慢的M$强得多。用M$真是再糟糕不过了

另外，GROMACS速度极快，而且GPU计算能力发展很快，以前、其它程序用粗粒化力场跑的模拟，现在极有可能GROMACS结合像样GPU跑全原子模拟都不费劲，经验性比粗粒化小得多、精度更好。这也导致粗粒化能派上用场的地方是逐渐被压缩的，至于抽象的DPD更是被用得越来越少

作者
Author: luogaoyang123 时间: 2024-8-24 12:23

牧生发表于 2024-2-27 22:33
1.直接去重复martini力场的教程
2.martini结合gromacs是最佳选择，用Ms是最不明智的选择

课题组老师只会lammps，想用他做粗粒化，以前做的全原子的模拟，想询问一下建模到处理可以用那些软件合适

作者
Author: luogaoyang123 时间: 2024-8-24 12:23

牧生发表于 2024-2-27 22:33
1.直接去重复martini力场的教程
2.martini结合gromacs是最佳选择，用Ms是最不明智的选择

课题组老师只会lammps，想用他做粗粒化，以前做的全原子的模拟，想询问一下建模到处理可以用那些软件合适

作者
Author: 牧生 时间: 2024-8-24 14:06
本帖最后由牧生于 2024-8-24 15:07 编辑

luogaoyang123 发表于 2024-8-24 12:23
课题组老师只会lammps，想用他做粗粒化，以前做的全原子的模拟，想询问一下建模到处理可以用那些软件合适

看第二楼，第三楼

gmx也可以做粗粒化。autoff可以处理分子模拟可视化力场辅助工具AuToFF发布 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)

作者
Author: luogaoyang123 时间: 2024-8-31 09:59

牧生发表于 2024-8-24 14:06
看第二楼，第三楼

gmx也可以做粗粒化。autoff可以处理分子模拟可视化力场辅助工具AuToFF发布 - 分子 ...

看到你们说用martini结合gromacs是最佳选择，请问autoff或者martini结合lammps是否合适，因为现在我们这边都用的lammps，不太懂

作者
Author: 牧生 时间: 2024-8-31 10:52

luogaoyang123 发表于 2024-8-31 09:59
看到你们说用martini结合gromacs是最佳选择，请问autoff或者martini结合lammps是否合适，因为现在我们这 ...

我只会gmx，我不会lammps

作者
Author: student0618 时间: 2024-8-31 20:44
本帖最后由 student0618 于 2024-8-31 20:54 编辑

个人觉得使用难度上gromacs比 lammps容易多了。
特别是Martini的人很多用gromacs的，因此martini+gromacs教程、支援上都较好。

我本科时自己用Gromacs+martini 补文献的参数玩一个小体系也跑得到。

作者
Author: luogaoyang123 时间: 2024-9-3 17:34

student0618 发表于 2024-8-31 20:44
个人觉得使用难度上gromacs比 lammps容易多了。
特别是Martini的人很多用gromacs的，因此martini+gromacs ...

好的多谢

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Author: Flash001 时间: 2024-9-3 18:04
moltemplate加EMC可以结合lammps建模，我用lammps做过DPD。

作者
Author: lixiao 时间: 2024-9-25 11:14

Flash001 发表于 2024-9-3 18:04
moltemplate加EMC可以结合lammps建模，我用lammps做过DPD。

真诚的请教，用LAMMPS做dpd，原子数密度必须是3，系综必须是nvt吗？

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