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标题: 请教：gromacs用X2top产生纤维素top文件时发生错误 [打印本页]

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Author: simple123 时间: 2024-2-24 16:11
标题: 请教：gromacs用X2top产生纤维素top文件时发生错误
本帖最后由 simple123 于 2024-2-24 16:21 编辑

各位老师、同学：
根据教程：https://wiki.aalto.fi/display/IMM/Cellulose+nanofibril+MD+tutorial
纤维素pdb文件通过cellulose-builder获得，参数为：PHASE=i-beta , PBC=none , PCB_c=true ; ( fibril , 40 ,  )
在进行gmx x2top -f mfc-20mono.gro -o topol-x2top.top -ff select -pbc -name IBG -noparam -alldih命令时，报错如下：
Opening force field file /sob/gmx2018.8/share/gromacs/top/amber14.ff/atomname2type.n2t
There are 8 name to type translations in file amber14.ff
Generating bonds from distances...
atom 60480
Can not find forcefield for atom O4-21 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-1660 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-1701 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-3340 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-3381 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-5020 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-5061 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-6700 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-6741 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-8380 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-8421 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-10060 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-10101 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-11740 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-11781 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-13420 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-13461 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-15100 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-15141 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-16780 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-16821 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-18460 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-18501 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-20140 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-20181 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-21820 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-21861 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-23500 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-23541 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-25180 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-25221 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-26860 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-26901 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-28540 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-28581 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-30220 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-30261 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-31900 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-31941 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-33580 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-33621 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-35260 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-35301 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-36940 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-36981 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-38620 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-38661 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-40300 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-40341 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-41980 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-42021 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-43660 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-43701 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-45340 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-45381 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-47020 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-47061 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-48700 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-48741 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-50380 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-50421 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-52060 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-52101 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-53740 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-53781 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-55420 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-55461 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-57100 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-57141 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-58780 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom O4-58821 with 1 bonds
Can not find forcefield for atom C1-60460 with 3 bonds

-------------------------------------------------------
Program:    gmx x2top, version 2018.8
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/x2top.cpp (line 205)

Fatal error:
Could only find a forcefield type for 60408 out of 60480 atoms

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

n2t文件如下：
; AMBER14sb format parameters for Cellulose residue (beta-glucose) derived from GLYCAM06
; This files serves to generate the input topologies using X2TOP
O OS 0.0000 16.00 2 C 0.14 C 0.14
C Cg 0.0000 12.01 4 C 0.15 O 0.14 O 0.14 H 0.10
H H1 0.0000 1.008 1 C 0.10
H H2 0.0000 1.008 1 C 0.10
C Cg 0.0000 12.01 4 C 0.15 C 0.15 O 0.14 H 0.10
C Cg 0.0000 12.01 4 C 0.15 H 0.10 H 0.10 O 0.14
O Oh 0.0000 16.00 2 C 0.145 H 0.095
H Ho 0.0000 1.008 1 O 0.09

之前在类似的贴子中也发现有同学遇到类似问题gromacs用X2top产生分子筛top文件时发生错误 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)，sob老师给的回复是：n2t文件没设置合适，注意检查里面的距离和实际结构里的Si相关成键的距离
想请教大家该如何检查n2t中原子的距离和实际结构中相关成键的距离

劳请大家帮忙，十分感谢！

作者
Author: naoki 时间: 2024-2-24 16:53
或许你可以使用sobtop生成这个拓扑

作者
Author: simple123 时间: 2024-2-24 17:04

naoki 发表于 2024-2-24 16:53
或许你可以使用sobtop生成这个拓扑

非常感谢您的回复，我这就去试一下！

作者
Author: slxc920113 时间: 2024-2-24 22:23

naoki 发表于 2024-2-24 16:53
或许你可以使用sobtop生成这个拓扑

多糖还是GLYCAM06l力场比较合适，sobtop是不支持这个力场的

作者
Author: naoki 时间: 2024-2-25 01:29

slxc920113 发表于 2024-2-24 23:23
多糖还是GLYCAM06l力场比较合适，sobtop是不支持这个力场的

GLYCAM专门为多糖开发，的确理论上更加合适
但还是看研究什么问题，需要什么精度吧
AMBER/GAFF做纤维素还没到不能用的程度，论文也有不少了

作者
Author: simple123 时间: 2024-2-26 21:23

naoki 发表于 2024-2-25 01:29
GLYCAM专门为多糖开发，的确理论上更加合适
但还是看研究什么问题，需要什么精度吧
AMBER/GAFF做纤维素 ...

您好，基于.pdb文件利用sobtop获得的.top，无电荷参数，因此后续想利用ORCA结合Multiwfn计算RESP，获得电荷参数，但发生报错：The optimization task has failed! Please check content of opt.out to find reason
The script is terminated 原因：Multiwfn只能用于小分子进行电荷的计算
因此大分子体系可能还是需要采用X2top，请问依旧采用X2top处理的话，你有什么建议吗

作者
Author: naoki 时间: 2024-2-26 23:49

simple123 发表于 2024-2-26 22:23
您好，基于.pdb文件利用sobtop获得的.top，无电荷参数，因此后续想利用ORCA结合Multiwfn计算RESP，获得电 ...

X2top我尝试过放弃了，对于我之前研究的稍微复杂点的交联聚酰胺就不是很好用

聚合物RESP电荷的问题可以参考：
http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex5

如果你做的体系文献里已经有了，尤其是用楼上所说GLYCAM06l的，就直接文献里拿参数吧，省得自己折腾了

作者
Author: simple123 时间: 2024-2-27 08:53

naoki 发表于 2024-2-26 23:49
X2top我尝试过放弃了，对于我之前研究的稍微复杂点的交联聚酰胺就不是很好用

聚合物RESP电荷的问题可 ...

非常感谢您的回复~

作者
Author: simple123 时间: 2024-2-27 10:17
本帖最后由 simple123 于 2024-2-27 10:18 编辑

slxc920113 发表于 2024-2-24 22:23
多糖还是GLYCAM06l力场比较合适，sobtop是不支持这个力场的

您好，由于gromacs软件中并未有GLYCAMO6l力场，之前我是根据教程——采用Amber14力场（AMBER14sb-OL15 + beta-glucose GLYCAM06h）
https://wiki.aalto.fi/display/IMM/Cellulose+nanofibril+MD+tutoria l中一步步学习：
其中：
成功完成 gmx pdb2gmx -f crystal.pdb -o pdb2gmx.gro -p topol-pdb2gmx.top -water tip3p
成功完成 gmx editconf -f pdb2gmx.gro -o mfc-20mono.gro -box 7 8 41.72
但是在进行gmx x2top -f mfc-20mono.gro -o topol-x2top.top -ff select -pbc -name IBG -noparam -alldih命令时，报错
后查看了帖子：http://bbs.keinsci.com/thread-40070-1-1.html，其中sob社长的回复是：利用AMBER的leap产生拓扑文件，然后再通过acpype等程序转成GROMACS的拓扑文件。想请问您知道如何利用AMBER的leap产生拓扑文件吗？再次感谢您的回复~

作者
Author: slxc920113 时间: 2024-2-27 11:32

simple123 发表于 2024-2-27 10:17
您好，由于gromacs软件中并未有GLYCAMO6l力场，之前我是根据教程——采用Amber14力场（AMBER14sb-OL15 + ...

那你试试AuToFF的二维聚合物建模的功能吧，需要先在Marvin的网站绘制纤维的结构，圈中单体，并设置好聚合度，这儿我画了一个100聚合度的纤维。
(, 下载次数 Times of downloads: 33)
然后点击保存，拷贝mrv字符串到AuToFF的界面中，单体之间的二面角需要自己设置，大约55-60°的时候可以得到纤维素的有序长链。
然后选择GAFF力场，点击下一步。

(, 下载次数 Times of downloads: 33)
选择AM1-BCC电荷计算方法，继续点击下一步。
(, 下载次数 Times of downloads: 34)
最后选择目标软件的格式进行下载，这儿我选择了Gromacs，然后命名Cel，点击下载。
(, 下载次数 Times of downloads: 32)

(, 下载次数 Times of downloads: 3)

作者
Author: simple123 时间: 2024-2-27 17:02

slxc920113 发表于 2024-2-27 11:32
那你试试AuToFF的二维聚合物建模的功能吧，需要先在Marvin的网站绘制纤维的结构，圈中单体，并设置好聚合 ...

非常感谢您的回复~现在就去学习一下

作者
Author: zxshuai 时间: 2024-3-27 16:09
你好同学，解决了吗，我也是这个问题。请问你是怎么解决的，感谢

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)