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标题: Gromacs 5.1.1与4.6.7编译方法 [打印本页]
作者Author: sobereva 时间: 2014-10-19 08:18
标题: Gromacs 5.1.1与4.6.7编译方法
注：本文已经过时，最新版本GROMACS安装方法参见《GROMACS的安装方法》（http://sobereva.com/457）。
Gromacs 5.1.1与4.6.7编译方法
Compilation method of GROMACS 5.1.1 and 4.6.7
文/Sobereva @北京科音 Last update: 2016-Jan-25
Gromacs 5.0（5.1.1编译方法与此完全一样）
编译条件：RHEL6-U1 64bit, Intel Q6600, root。
必须有cmake 2.8.8及以上。MKL、icc不是必需的，用MKL不比FFTW更快，用icc比gcc优势也不明显，故没必要装。单机并行不用装MPI库，因为用的是OpenMP并行。跨节点运行基于MPI，可以用OpenMPI 1.6及以上版本或MPICH 1.4.1及以上版本。
运行cmake -version，如果显示的版本低于2.8.8，到这里下载最新的cmake源代码：http://www.cmake.org/cmake/resources/software.html
解压cmake，进入其目录，运行./bootstrap;make -j;make install，就被安装到了/usr/local/bin下面。删掉cmake目录。
tar -zxf gromacs-5.0.tar.gz解压之，进入Gromacs的解压目录
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gromacs50 （注：如果用的CPU比较新，编译器版本又比较老，比如RHEL6自带的，这一步可能会报错提示说编译器不支持AVX2指令集，此时应当再加上-DGMX_SIMD=AVX_256来强制用AVX1指令集）
make -j //-j代表调用所有核并行编译
make install
在make过程中Gromacs会自动下载FFTW3.3.3并编译之。下载和编译总共只需几分钟。程序被安装到了/sob/gromacs50。删掉Gromacs安装目录，并在用户的.bashrc里加上export PATH=$PATH:/sob/gromacs50/bin。
如果要编译双精度版本，cmake的时候写上-DGMX_DOUBLE=ON。此时不兼容GPU加速。编译出来的可执行文件默认都带着_d后缀，因此可以和单精度版安装到同一目录，不会冲突。
**** CUDA版安装方法
Gromacs通过CUDA支持nVidia的GPU来加速动力学计算，效率很好。如果用的是4核CPU，用高端GeForce显卡可加速>3倍，性价比很高。
先去nVidia网站下载并安装CUDA toolkit到默认路径。其它同上，区别仅是cmake这一步：
cmake .. -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-5.5 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gromacs50
Gromacs从5.0开始也支持Intel XEON phi来加速计算，但只是初步支持，性价也远低于使用高端GeForce显卡，故这里就不说了。
**** 自己装FFTW的情况
有时候安装的机子不通网，Gromacs编译时没法自动联网下载FFTW，就必须先自行下载安装FFTW，然后在编译时调用。过程是：去ftp://ftp.fftw.org/pub/fftw/下载FFTW3.3.3或更高版本，解压并进入目录，运行
./configure --prefix=/sob/fftw333 --enable-sse2 --enable-float --enable-shared
make -j
make install
在编译Gromacs的cmake那步之前先运行
export CMAKE_PREFIX_PATH=/sob/fftw333
然后在cmake时去掉-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON。
注意--enable-float代表编译单精度版本FFTW。如果是给双精度Gromacs用的，应该把--enable-float去掉。
**** 编译MPI版的方法
去http://www.open-mpi.org下载openmpi，这里用1.6.5版。解压并进入目录后运行
./configure
make all install
然后在cmake时加上-DGMX_MPI=on即可。编译出来的文件都带着_mpi后缀，因此和单节点并行的版本可以装到一起，不会冲突。
注：Gromacs充分对主流的CPU支持的SIMD指令集进行优化，编译时会自动检测CPU架构，采用适当的编译选项，充分利用支持的指令集达到最佳性能。因此，如果几个机子的CPU架构不同，不要把编译好的Gromacs程序直接互拷，否则运行会出问题。
Gromacs 4.6.7
编译方法和5.0基本没有任何差异，下面只是简要写写，具体请参考上面的内容。
编译条件：RHEL6-U1 64bit, Q6600, root。
gmx 4.6开始完全使用cmake而不用./configure。必须有cmake 2.8及以上。MKL、icc不需要装。单机并行不用装MPI库，跨节点运行可以用openMPI或mpich。安装方法参考了http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions。
到这里下载最新的cmake源代码：http://www.cmake.org/cmake/resources/software.html
解压cmake，进入其目录，运行./bootstrap;make;make install，就被安装到了/usr/local/bin下面。删掉cmake目录。
tar -zxf gromacs-4.6.7.tar.gz解压之，进入gmx的解压目录
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gromacs467
make -j
make install
在make过程中gmx会自动下载fftw3.3.2并编译之。下载和编译总共只耗时<3分钟。程序被安装到了/sob/gromacs467。删掉gmx安装包及解压目录。
如果要编译双精度版本，cmake的时候写上-DGMX_DOUBLE=ON。此时不兼容GPU加速。编译出来的可执行文件默认都带着_d后缀。
**** CUDA版安装方法
安装CUDA toolkit。其它同上，区别仅是cmake这一步：
cmake .. -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-5.5 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gromacs467gpu
**** 自己装fftw的情况
解压fftw3.3.2，进去，运行
./configure --prefix=/sob/fftw332 --enable-sse2 --enable-float --enable-shared
make
make install
然后gmx里的cmake步骤改为
export CMAKE_PREFIX_PATH=/sob/fftw332
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/sob/gromacs467
如果用于编译双精度gmx，--enable-float应去掉
作者Author: ruanyang 时间: 2014-10-19 10:17
内容很不错，但是对于初学者而言。配置环境变量是个难题。如果楼主能把如何配置环境变量在升入的讲一下的话，我感觉会更好。本人愚见，仅供参考！:D
作者Author: sobereva 时间: 2014-10-19 10:22
按照文中所示运行export ...命令就行了
如果把linux的基础也得讲一遍帖子就太冗长了
作者Author: ruanyang 时间: 2014-10-19 10:30
理解 ，帖子将的很详尽。我自己在安装Gromacs4.6.5的时候在配置环境变量时卡了很长时间！
作者Author: aqhuangry 时间: 2014-10-19 14:18
非常实用，谢谢！刚接触linux系统。
作者Author: 516518 时间: 2014-11-3 07:27
有用，多谢
作者Author: wugaxp 时间: 2014-11-6 21:04
其实Gromacs的编译还算是容易的，4.x版本在什么平台上都能很顺利地编译。不过我最近试图在AIX 6.1系统上编译最新的5.0版本，出错，似乎是5.0里面用了一些非标准的语言格式，xlc++不认。
作者Author: kunkun 时间: 2015-1-20 00:07
我目前用到的环境设置来来去去就那几个。（ubuntu环境）
1，export PATH=$PATH:/路径/bin （不能PATH=/路径/）这样会导致系统默认的路径失效，比如sudo等无法使用。
2, export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/lib的路径/lib
3，source /路径/软连接
（比如gromacs：source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC）
4，export AMBERHOME=/路径/amber14
以上个人愚见
作者Author: 夏夜晚风 时间: 2015-1-26 12:59
成功了！不过不知道的.bashrc和.bash_profile这两个文件有什么区别？路径加在任意一个都可以吗？
作者Author: sobereva 时间: 2015-1-26 13:16
.bash_profile：用户登录方式进bash shell时执行的环境变量设定
.bashrc：用户进bash shell时执行的环境信息，无论是否是登录方式进入（比如开启控制台、每次输入bash时）
一般都写在后者中。
作者Author: yaochuang 时间: 2015-6-18 10:22
Sob老师，在gromacs中如果想用QMMM计算的话，在编译gromacs的时候是不是就要指定计算QM所使用的软件呢（比如gaussian或ORCA）？ 如果已经安装好了gromacs，可不可以通过外部参数的指定来完成呢？
我在网上搜了一下，但是还是不太明应该怎么做，还请老师指点。
作者Author: sobereva 时间: 2015-6-18 21:40
现在gmx的QMMM接口搞得怎么样了不是很清楚，以前弄gmx的QMMM还是3.3版的时候。
我估计应该不用在编译时就指定，你可以在mailing list上问问。
作者Author: yaochuang 时间: 2015-6-19 07:59
好的，谢谢~
作者Author: xpyp 时间: 2015-7-30 00:04
双精度的带 _d
并行的带 _mpi
Cuda版的是 _cuda吗？
作者Author: sobereva 时间: 2015-7-30 09:38
你指的什么程序？gmx？
只有双精度版默认带_d后缀，其它两种默认没有后缀。
作者Author: xpyp 时间: 2015-7-30 21:04
是gmx, 若mpi和cuda默认没有后缀，那还能编译在同一个文件夹吗？
作者Author: sobereva 时间: 2015-7-31 00:45
编译的时候有相应的选项可以指定加上什么后缀，区分开就可以放到同一个目录下
作者Author: aioria 时间: 2016-4-6 16:58
按照sob老师的方法安装了4.6.5版本，运行了一个算例，一些命令如grompp，genion ，genbox，editconf ，mdrun等命令都可以成功运行，但是查看轨迹用到ngmx命令，提示 ngmx: command not found，请问是什么原因？
作者Author: sobereva 时间: 2016-4-6 19:59
ngmx基本上没人用，界面特别恶心，功能很少，现在绝大多数人都用VMD来看轨迹。可能ngmx已经被去掉了吧。
作者Author: tjuchan 时间: 2016-4-22 11:00
本帖最后由 tjuchan 于 2016-4-22 11:03 编辑
按照您说明，一步一步安装，但是总是在cmake最后一步卡主了。连虚拟机都卡住了，每次都这样。请问下这怎么解决了？我的步奏是：
0、提前安装cmake 3.5.2
1、解压gromacs5.0.7
2、mkdir build
3、cd build
4、cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/gmx/gmx
就卡住了。
作者Author: sobereva 时间: 2016-4-22 17:15
这个很诡异。
试试gromacs 5.1.1能否解决。
作者Author: tjuchan 时间: 2016-4-22 17:47
重新装了虚拟机，安装gcc gcc-c++ gcc-fortran cmake 按照您的步奏 安装好gmx5了 。关键是cmake和FFTW都没采用最新版本。
作者Author: dark_cosmos 时间: 2016-7-4 13:36
Sob老师，我在Ubuntu上按照教程安装完后，whereis gmx可以找到在哪，whereis 别的，比如pdb2gmx就找不到了。这样肯定是用不成的啊。我的gromacs装在了/home/username/gromacs-5.1.2下面
作者Author: sobereva 时间: 2016-7-4 15:50
用gmx pdb2gmx，5.0开始一大堆工具都整合到gmx里头了，通过后面的参数决定用哪个
作者Author: dark_cosmos 时间: 2016-7-5 21:49
好的，谢谢Sob老师，没有注意到这个地方。Sob老师，我记得之前在manuals什么地方看到新版本中gromacs更改的命令一些命令，现在找不到了，请问老师还记得在哪么
作者Author: sobereva 时间: 2016-7-6 03:25
http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Tool_Changes_for_5.0
以前的大量工具现在都得加gmx前缀并去掉g_前缀
作者Author: dark_cosmos 时间: 2016-7-6 15:46
嗯嗯，多谢Sob老师，就是这个地方。
作者Author: whtu 时间: 2016-12-17 13:32
1） cd build 执行完cmake以后不用返回上一层目录再进行后续的操作？
2） 删除安装目录指的是删除build？
3） 编译得到的单精度版本和双精度版本两者有什么区别？
作者Author: sobereva 时间: 2016-12-17 14:32
1 不用。都在build下。官方的意图是确保不会把源代码搞乱
2 删除整个解压后的目录
3 一般都用单精度。仅在个别情况，诸如做振动分析、需要精确优化等情况才用双精度。
作者Author: whtu 时间: 2016-12-19 13:34
我的压缩包放在：/opt/Gromacs 下，root安装
1）tar xfz gromacs-5.1.4.tar.gz
2）mkdir build
3） cd build
4）cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/Gromacs/gromacs-5.1.4
5）make -j
6）make install
完了以后，登录另一个用户，在用户的根目录下的.bashrc文件加入：export PATH=$PATH:/opt/Gromacs/gromacs-5.1.4/bin ，然后source .bashrc文件，接着在该用户下运行：mdrun -version ，提示：-bash: mdrun: command not found。我想问一下我是没有安成功还是配置错误？
作者Author: sobereva 时间: 2016-12-19 16:11
从gmx 5.0开始都是用gmx mdrun来调用了。可执行文件就gmx这一个
作者Author: whtu 时间: 2016-12-19 21:51
赞。谢谢sob老师
作者Author: mooninwhere 时间: 2017-4-24 16:58
之前装gamess就是按照大神的方法成功的
作者Author: qiaobeiming 时间: 2017-10-29 20:30
正在学这个软件和cpmd
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