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标题: Multiwfn显示段错误，Segmentation fault (core dumped) [打印本页]

作者
Author: wswrpd 时间: 2016-10-18 09:26
标题: Multiwfn显示段错误，Segmentation fault (core dumped)
我想做一个CDA，按照CH3NH2的例子处理自己的Donor-Acceptor的体系。Gaussian运行一切正常，然后formchk转换chk成fchk也没有问题。
但是用Multiwfn读入显示下面的错误：

分子的输入文件是：
%nprocshared=10
%mem=10GB
%chk=1_PDIPE.chk
# b3lyp/6-31g** nosymm pop=full IOp(3/33=1,3/32=2)

PDIPE for CDA

0 1
H                2.34450900 6.51487500 -0.72907200
H                1.15012100 6.93214100 -1.98238800
H                1.98461100 8.21524500 -1.09239100
H                -0.01695300 0.27693300 1.28493500
H                1.34762400 8.64482800 1.39415700
H                0.12303900 7.61859300 2.15636300
H                1.73091400 6.95450700 1.77929000
H                -6.74934200 -5.35164000 -2.14998000
H                -5.58693200 -6.33497700 -1.22677300
H                -7.30201400 -6.79092300 -1.27966800
H                -6.93039700 -5.24865700 2.16427800
H                -7.42609600 -6.72314300 1.31924100
H                -5.70727100 -6.28464400 1.38971000
H                -0.30510700 7.96635300 -0.26482000
H                -7.93890800 -4.77355100 -0.05394400
H                -5.50101300 3.53043800 -0.92930600
H                -2.10802000 -3.61382500 0.14895300
H                -7.81867400 -0.19131800 -0.27602900
H                -6.57336600 1.94452600 -0.34282600
H                1.19870200 2.42125200 1.32014300
H                -4.19031500 5.62604400 -0.98101700
C                -3.92501000 -0.17886300 0.04622900
C                -4.63350300 1.04766900 -0.14312100
C                -3.87274000 2.30071300 -0.25452300
C                -2.48599400 2.28136100 0.06927800
C                -1.80568400 1.06978900 0.40763300
C                -2.50431700 -0.21138300 0.22276100
C                -4.45702000 3.49997000 -0.64056900
C                -1.76711300 3.50459200 0.08173700
C                -2.39835100 4.70463700 -0.30593000
C                -3.72519400 4.69434600 -0.67705700
C                -1.65122300 5.98949500 -0.31986000
C                0.36598600 4.79524000 0.46135500
C                -0.41752800 3.53347300 0.49670400
C                0.17750800 2.38107200 0.95308000
C                -0.51691100 1.16130100 0.91583700
C                -1.85617300 -1.45879100 0.19152800
C                -4.66193900 -1.39108700 0.02401200
C                -6.01872200 1.01939800 -0.23976600
C                -6.06551700 -1.37987700 -0.08890500
C                -6.73657000 -0.18140700 -0.20195700
C                -2.61857900 -2.65687600 0.14533500
C                -3.98501400 -2.62946100 0.09870600
C                -4.73302200 -3.91618800 0.08112300
C                -6.84428800 -2.64653900 -0.08922800
C                -6.90467500 -5.11177700 -0.00023500
C                0.44485600 7.23946800 0.04520400
C                -6.71942600 -5.88789900 1.30196500
C                -6.60634000 -5.94708700 -1.24351400
C                0.94526600 7.62807400 1.43487900
C                1.55331400 7.21340200 -1.00512700
N                -0.30431500 5.95615400 0.07429100
N                -6.12411300 -3.84658300 0.00355600
O                -8.05697600 -2.63693600 -0.16705800
O                -4.15131800 -4.98292900 0.13443800
O                -2.18704800 7.02484400 -0.66343500
O                1.54745900 4.81081500 0.75628000
C                -0.44146100 -1.64439000 0.14033400
C                0.73936400 -1.91639800 0.05309000
H                6.11270500 -5.27277300 0.03039500
H                10.17344600 -3.94988000 -0.03444200
H                10.69679100 -1.58366300 -0.12537000
H                1.61669800 0.41242200 -0.31850800
H                4.22473000 -4.85172600 0.15017200
H                3.27983000 2.24075900 -0.41959100
H                1.84589800 -4.31068200 0.18227500
H                5.67497100 1.73577300 -0.34905600
H                8.50204700 -5.78044600 0.03610200
H                7.56828300 1.32322600 -0.24489000
H                9.94927600 0.77962900 -0.21636700
C                4.48529000 -1.45748400 -0.12269400
C                4.90584800 -2.82199900 -0.03108700
C                6.34628500 -3.14020500 -0.04308000
C                7.29719200 -2.07389600 -0.09964600
C                6.88180000 -0.70800800 -0.16592200
C                5.43824700 -0.39145500 -0.19684600
C                6.80951000 -4.44369700 -0.00046000
C                8.68873200 -2.38128300 -0.09085900
C                9.10880400 -3.73332500 -0.03903800
C                8.18409800 -4.74342300 0.00117100
C                9.63991000 -1.33229700 -0.13459600
C                9.22495200 -0.02799700 -0.18584500
C                7.85127100 0.27824000 -0.20252800
C                4.97680400 0.90944200 -0.29232800
C                3.09466400 -1.14676600 -0.13429900
C                3.93920600 -3.81026200 0.06869100
C                2.13463200 -2.20374300 -0.01082100
C                2.57278700 -3.51111500 0.08503400
C                3.60348200 1.20704400 -0.33267800
C                2.67789000 0.19807700 -0.26088300

片段1（Acceptor）：
%nprocshared=4
%mem=8GB
%chk=1_PDI.chk
# b3lyp/6-31g** nosymm pop=full IOp(3/32=2)

PDI for CDA

0 2
H                2.34450900 6.51487500 -0.72907200
H                1.15012100 6.93214100 -1.98238800
H                1.98461100 8.21524500 -1.09239100
H                -0.01695300 0.27693300 1.28493500
H                1.34762400 8.64482800 1.39415700
H                0.12303900 7.61859300 2.15636300
H                1.73091400 6.95450700 1.77929000
H                -6.74934200 -5.35164000 -2.14998000
H                -5.58693200 -6.33497700 -1.22677300
H                -7.30201400 -6.79092300 -1.27966800
H                -6.93039700 -5.24865700 2.16427800
H                -7.42609600 -6.72314300 1.31924100
H                -5.70727100 -6.28464400 1.38971000
H                -0.30510700 7.96635300 -0.26482000
H                -7.93890800 -4.77355100 -0.05394400
H                -5.50101300 3.53043800 -0.92930600
H                -2.10802000 -3.61382500 0.14895300
H                -7.81867400 -0.19131800 -0.27602900
H                -6.57336600 1.94452600 -0.34282600
H                1.19870200 2.42125200 1.32014300
H                -4.19031500 5.62604400 -0.98101700
C                -3.92501000 -0.17886300 0.04622900
C                -4.63350300 1.04766900 -0.14312100
C                -3.87274000 2.30071300 -0.25452300
C                -2.48599400 2.28136100 0.06927800
C                -1.80568400 1.06978900 0.40763300
C                -2.50431700 -0.21138300 0.22276100
C                -4.45702000 3.49997000 -0.64056900
C                -1.76711300 3.50459200 0.08173700
C                -2.39835100 4.70463700 -0.30593000
C                -3.72519400 4.69434600 -0.67705700
C                -1.65122300 5.98949500 -0.31986000
C                0.36598600 4.79524000 0.46135500
C                -0.41752800 3.53347300 0.49670400
C                0.17750800 2.38107200 0.95308000
C                -0.51691100 1.16130100 0.91583700
C                -1.85617300 -1.45879100 0.19152800
C                -4.66193900 -1.39108700 0.02401200
C                -6.01872200 1.01939800 -0.23976600
C                -6.06551700 -1.37987700 -0.08890500
C                -6.73657000 -0.18140700 -0.20195700
C                -2.61857900 -2.65687600 0.14533500
C                -3.98501400 -2.62946100 0.09870600
C                -4.73302200 -3.91618800 0.08112300
C                -6.84428800 -2.64653900 -0.08922800
C                -6.90467500 -5.11177700 -0.00023500
C                0.44485600 7.23946800 0.04520400
C                -6.71942600 -5.88789900 1.30196500
C                -6.60634000 -5.94708700 -1.24351400
C                0.94526600 7.62807400 1.43487900
C                1.55331400 7.21340200 -1.00512700
N                -0.30431500 5.95615400 0.07429100
N                -6.12411300 -3.84658300 0.00355600
O                -8.05697600 -2.63693600 -0.16705800
O                -4.15131800 -4.98292900 0.13443800
O                -2.18704800 7.02484400 -0.66343500
O                1.54745900 4.81081500 0.75628000
C                -0.44146100 -1.64439000 0.14033400
C                0.73936400 -1.91639800 0.05309000

片段2（Donor）：
%nprocshared=4
%mem=8GB
%chk=1_PE.chk
# b3lyp/6-31g** nosymm pop=full IOp(3/32=2)

PE for CDA

0 2
H                6.11270500 -5.27277300 0.03039500
H                10.17344600 -3.94988000 -0.03444200
H                10.69679100 -1.58366300 -0.12537000
H                1.61669800 0.41242200 -0.31850800
H                4.22473000 -4.85172600 0.15017200
H                3.27983000 2.24075900 -0.41959100
H                1.84589800 -4.31068200 0.18227500
H                5.67497100 1.73577300 -0.34905600
H                8.50204700 -5.78044600 0.03610200
H                7.56828300 1.32322600 -0.24489000
H                9.94927600 0.77962900 -0.21636700
C                4.48529000 -1.45748400 -0.12269400
C                4.90584800 -2.82199900 -0.03108700
C                6.34628500 -3.14020500 -0.04308000
C                7.29719200 -2.07389600 -0.09964600
C                6.88180000 -0.70800800 -0.16592200
C                5.43824700 -0.39145500 -0.19684600
C                6.80951000 -4.44369700 -0.00046000
C                8.68873200 -2.38128300 -0.09085900
C                9.10880400 -3.73332500 -0.03903800
C                8.18409800 -4.74342300 0.00117100
C                9.63991000 -1.33229700 -0.13459600
C                9.22495200 -0.02799700 -0.18584500
C                7.85127100 0.27824000 -0.20252800
C                4.97680400 0.90944200 -0.29232800
C                3.09466400 -1.14676600 -0.13429900
C                3.93920600 -3.81026200 0.06869100
C                2.13463200 -2.20374300 -0.01082100
C                2.57278700 -3.51111500 0.08503400
C                3.60348200 1.20704400 -0.33267800
C                2.67789000 0.19807700 -0.26088300

分子结构已经在相同的基组下优化过了，样子如图片所示：

作者
Author: 978142355 时间: 2016-10-18 14:26
本帖最后由 978142355 于 2016-10-18 14:49 编辑

虽然我没算过CDA，但是类似的错误我也遇到过，似乎是内存的问题。原来的一个4G内存的计算机，只要cube文件过大，立刻就core dump。后来换成了组内的64G内存的服务器弄，至少300M的cube文件弄，再没出过这个错误。方便且无隐私的问题的话，3个输入文件传上来，过大的话，用百度网盘，我看看到底是不是内存小造成的。我根据你给的体系计算了一下，放在Multiwfn中可以，不知道你做的过程是什么？最好把你操作的序号也写出来。图1和图2计算正常。

作者
Author: wswrpd 时间: 2016-10-18 15:24

978142355 发表于 2016-10-18 14:26
虽然我没算过CDA，但是类似的错误我也遇到过，似乎是内存的问题。原来的一个4G内存的计算机，只要cube文件 ...

太谢谢你了！网盘地址如下：http://pan.baidu.com/s/1bpHtpmB
操作什么的等一下，我这里凌晨3点了。。。睡一觉，明天肯定给你操作。再次表示谢谢！！

作者
Author: 978142355 时间: 2016-10-18 15:31

wswrpd 发表于 2016-10-18 15:24
太谢谢你了！网盘地址如下：http://pan.baidu.com/s/1bpHtpmB
操作什么的等一下，我这里凌晨3点了。。。 ...

不是那个意思，我的意思是把Multiwfn中你进行的数字标号告诉我，即16---2----………………类似于这样的东西，因为我没做过CDA，所以我得咨询你，况且CDA功能中，选项那么多，不太清楚你在那里出现的core dump问题。PS：大半夜不睡觉，这么辛苦啊

作者
Author: wswrpd 时间: 2016-10-18 15:41

978142355 发表于 2016-10-18 15:31
不是那个意思，我的意思是把Multiwfn中你进行的数字标号告诉我，即16---2----………………类似于这样的东 ...

读入PDIPE_CDA.log 以后 16----2----就出错了。。。刚刚洗完脚，躺床之间最后一贴。。。实验室一个博士后的项目，我打个下手，但实验都做完了，所以希望赶快搞完计算。。。。具体要求我明天一定发给你，谢谢

作者
Author: 978142355 时间: 2016-10-18 15:45

wswrpd 发表于 2016-10-18 15:41
读入PDIPE_CDA.log 以后 16----2----就出错了。。。刚刚洗完脚，躺床之间最后一贴。。。实验室一个博士后 ...

恩，您先睡觉吧，身体是最重要的，我一会儿下载完就给你运行一下，结果在帖子中给你反馈出。

作者
Author: 978142355 时间: 2016-10-18 15:52

wswrpd 发表于 2016-10-18 15:41
读入PDIPE_CDA.log 以后 16----2----就出错了。。。刚刚洗完脚，躺床之间最后一贴。。。实验室一个博士后 ...

结果是，可以的，应该就是你的内存不够造成的。如图1和图2，是计算过程和计算的结果。

作者
Author: wswrpd 时间: 2016-10-19 01:30

978142355 发表于 2016-10-18 15:52
结果是，可以的，应该就是你的内存不够造成的。如图1和图2，是计算过程和计算的结果。

先是读入PDIPE_CDA.log文件16----2 读入PDI_CDA.log以及PE_CDA.log文件n-----y

-2 然后 0 麻烦将获得的.txt文件发给我（CDA信息）

5 --- 2 麻烦将获得的.png文件发给我（alpha轨道的图）
5 --- 2 麻烦将获得的.png文件发给我（beta轨道的图）

就这么多了，毕竟不能一直麻烦下去，内存问题最终要自己解决。
知道问题是内存不足就好办了。。谢谢帮助！！！

作者
Author: wswrpd 时间: 2016-10-19 04:36
顺便想补充问一个问题，我目前的笔记本有12G的内存，应该可以勉强分析这个分子吧？我按照说明查了kernel.shmmax，以及修改了KMP_STACKSIZE。。。
想问一下这两个变量到底是什么意思？都是修改可以shared的内存大小的吗？还有我ubuntu的默认kernel.shmmax 有
kernel.shmmax = 18446744073692774399
这么大，是不是有问题。。。还有KMP_STACKSIZE按照我12G的内存来看，可以设置成多大？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-19 05:25
本身载入你这种大小的fch文件其实用不了多少内存，windows 32bit版都够
Linux版一定要按2.1.2节的方式进行配置。默认的如果已经很大就不用管了。kernel.shmmax控制堆栈内存可用大小，全局变量会占用这部分空间。KMP_STACKSIZE用默认值即可，一般不用动它，除非运算过程中提示不够。这是并行计算时候每个线程能用的内存上限。

另外，假设死活fch就是没法载入，windows版也不行，也可以尝试用高斯输出文件来做CDA分析。（对于使用fch做CDA分析的情况，pop=full、IOp那些都不需要）

作者
Author: 978142355 时间: 2016-10-19 12:00

wswrpd 发表于 2016-10-19 01:30
先是读入PDIPE_CDA.log文件16----2 读入PDI_CDA.log以及PE_CDA.log文件n-----y

-2 然后 0 麻烦将获 ...

可以，但是需要等到北京时间晚上8点左右。我在这头上政治和英语课，得上一天。

作者
Author: wswrpd 时间: 2016-10-19 13:14

978142355 发表于 2016-10-19 12:00
可以，但是需要等到北京时间晚上8点左右。我在这头上政治和英语课，得上一天。

层主是本科生啊！厉害厉害，看来要到明早了

作者
Author: 978142355 时间: 2016-10-19 16:47

wswrpd 发表于 2016-10-19 13:14
层主是本科生啊！厉害厉害，看来要到明早了

no,层主是硕士生

。我倒是希望我能年轻点………………………………

作者
Author: 978142355 时间: 2016-10-19 19:52

wswrpd 发表于 2016-10-19 13:14
层主是本科生啊！厉害厉害，看来要到明早了

不知道做的对不对啊，反正是按照你说的操作的，这图片看起来咋这个样呢…………………………总算赶在晚八点前弄完了╮(╯▽╰)╭，被老师约谈了半个小时

作者
Author: wswrpd 时间: 2016-10-19 23:19

978142355 发表于 2016-10-19 19:52
不知道做的对不对啊，反正是按照你说的操作的，这图片看起来咋这个样呢…………………………总算赶在晚八 ...

没错，因为分子体系太大又是共轭体系，LUMO附近轨道肯定很多，默认情况作图肯定会堆在一起，谢谢！！

作者
Author: wswrpd 时间: 2016-10-19 23:23

978142355 发表于 2016-10-19 19:52
不知道做的对不对啊，反正是按照你说的操作的，这图片看起来咋这个样呢…………………………总算赶在晚八 ...

已经下过了，话说硕士生还要学英语和政治，太惨了

作者
Author: 978142355 时间: 2016-10-19 23:27

wswrpd 发表于 2016-10-19 23:23
已经下过了，话说硕士生还要学英语和政治，太惨了

嗯，没错就好，因为我确实是没做过这个东西，所以无法去评判自己做的是对还是错。LZ难道硕士一直是在国外的？在天朝，别说硕士了，博士都得学政治和英语………………………………

作者
Author: wswrpd 时间: 2016-10-19 23:31

978142355 发表于 2016-10-19 23:27
嗯，没错就好，因为我确实是没做过这个东西，所以无法去评判自己做的是对还是错。LZ难道硕士一直是在国外 ...

现在在国外，刚刚PHD第三年，所以觉得研究生阶段还要学政治太坑爹了

谢谢帮助！我试试修改内存了

作者
Author: 978142355 时间: 2016-10-19 23:33

wswrpd 发表于 2016-10-19 23:31
现在在国外，刚刚PHD第三年，所以觉得研究生阶段还要学政治太坑爹了
谢谢帮助！我试试修改内存了

哦，那就难怪了，国外应该没这东西。不知是博士师兄还是师姐，好好修改修改内存，不行就加几个内存条吧。PS：用windows直接跑也能跑出来，但是相比如Linux，速度相差远矣。

作者
Author: wswrpd 时间: 2016-10-20 01:32

978142355 发表于 2016-10-19 23:33
哦，那就难怪了，国外应该没这东西。不知是博士师兄还是师姐，好好修改修改内存，不行就加几个内存条吧。 ...

Windows的确实勉强可以，但是果然好慢。。。
是师兄，论坛的个人资料还是改过的。祝你科研顺利

作者
Author: 978142355 时间: 2016-10-20 08:15

wswrpd 发表于 2016-10-20 01:32
Windows的确实勉强可以，但是果然好慢。。。
是师兄，论坛的个人资料还是改过的。祝你科研顺利

师兄头像太卡哇伊~也祝你科研顺利O(∩_∩)O~

作者
Author: wswrpd 时间: 2016-10-21 07:01

sobereva 发表于 2016-10-19 05:25
本身载入你这种大小的fch文件其实用不了多少内存，windows 32bit版都够
Linux版一定要按2.1.2节的方式进行 ...

sob大大，你说明书里的方法都不能解决我ubuntu的问题，但我自己通过各种咨询找到了一个简单的解决方法
使用 ulimit -s unlimited 的命令，当然也可以把它加入 ~/.bashrc 从而永久有效，然后我的大文件就能读入了，这个命令就是让堆栈大小不受限制，应该等价与你说明书里的KMP_STACKSIZE
但是Ubuntu系统似乎不认KMP_STACKSIZE这个东西。

然后果然基于linux的运行起来飞快，显示分子轨道，格点计算都比windows的快多了！
本人系统 ubuntu 14.04， ulimit -s unlimited 一个命令包治百病

，希望可以加入下一版的说明书里造福ubuntu的用户们

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-21 07:13

wswrpd 发表于 2016-10-21 07:01
sob大大，你说明书里的方法都不能解决我ubuntu的问题，但我自己通过各种咨询找到了一个简单的解决方法
...

所以说，我特讨厌ubuntu。RHEL/CentOS的stacksize默认就是unlimited。搞计算的就不要用ubuntu。我手册里的linux安装过程也不考虑ubuntu的情况。
KMP_STACKSIZE和这个stacksize完全是两回事，不会不认前者的。

作者
Author: wswrpd 时间: 2016-10-21 07:43

sobereva 发表于 2016-10-21 07:13
所以说，我特讨厌ubuntu。RHEL/CentOS的stacksize默认就是unlimited。搞计算的就不要用ubuntu。我手册 ...

所以目前我需要重新安装新系统咯 _(:з」∠)_ ，另外虽然我的“大分子”可以正常读入和计算了（偶极矩和正负电荷中心都是和Windows版计算结果相同），但是作图又挂了。。。。果然是ubuntu麻烦的连sob大大也不想管了吗？
图里，后面的背景是windows版的正常的作图，下面是ubuntu安装的libmotif4，然后右面是linux版做出的相同激发态的失败的图。。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-21 08:29

wswrpd 发表于 2016-10-21 07:43
所以目前我需要重新安装新系统咯 _(:з」∠)_ ，另外虽然我的“大分子”可以正常读入和计算了（偶极矩和 ...

看手册第三页Linux and Mac OS X USERS MUST READ的第4条

作者
Author: wswrpd 时间: 2016-10-21 08:46

sobereva 发表于 2016-10-21 08:29
看手册第三页Linux and Mac OS X USERS MUST READ的第4条

sob 大大我除了第三章，还是好好看完1,2,4章的内容的。。一开始是弹出GUI的时候是什么都没有的，然后我点了left的按钮一下，就这样了

再怎么按都是这样。。。非常稳定的显示失败，以前没安装 libmotif4的时候连multiwfn都打不开的。。。我在想是不是libmotif4，安装的是不是不对，或者版本不对

作者
Author: wswrpd 时间: 2016-10-21 09:11

sobereva 发表于 2016-10-21 08:29
看手册第三页Linux and Mac OS X USERS MUST READ的第4条

刚刚你说的必须用fchk的文件来做18分析，我也改正过来了，但作图的问题还是没有解决。
windows版的，我当时使用wfn错误的读入来做18分析的，但激发态的显示看起来是正确的。。。。
_(:зゝ∠)_

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-22 02:41

wswrpd 发表于 2016-10-21 09:11
刚刚你说的必须用fchk的文件来做18分析，我也改正过来了，但作图的问题还是没有解决。
windows版的，我 ...

“手册第三页Linux and Mac OS X USERS MUST READ的第4条”写的是linux下直接用Multiwfn显示等值面，必须三个方向格点数相同。不相同的话你只能导出cube文件再用其它第三方可视化程序显示等值面。

作者
Author: wswrpd 时间: 2016-10-25 08:52

sobereva 发表于 2016-10-22 02:41
“手册第三页Linux and Mac OS X USERS MUST READ的第4条”写的是linux下直接用Multiwfn显示等值面，必须 ...

果然是这样，还得输出用VMD看

谢谢！！！！

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