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标题: wsl2系统里面以singularity方式运行cp2k时报错，请问如何grub参数 [打印本页]

作者
Author: neocc 时间: 2024-1-16 18:20
标题: wsl2系统里面以singularity方式运行cp2k时报错，请问如何grub参数
请问在wsl2里面如何修改grub参数？

singularity-3.6.4版本在使用mpirun（openmpi-3.1.0）时出现如下报错：

FATAL: container creation failed: mount /proc/self/fd/3->/usr/local/var/singularity/mnt/session/rootfs error: while mounting image /proc/self/fd/3: failed to find loop device: could not attach image file to loop device: no loop devices available

网上给的解决方案是：
1.将"max_loop=256"添加到"/etc/default/grub"中的"GRUB_CMDLINE_LINUX"值中(将其放在" “之间）
2.以root身份运行"update-grub2"。
3.重新启动系统。
4.'cat /proc/cmdline'并验证'max_loop=256'是否存在。

wsl2里面没有找到相关文件，怎么修改这些参数呢？

作者
Author: abin 时间: 2024-1-16 22:22
请放弃wsl2

作者
Author: Graphite 时间: 2024-1-17 09:09
wsl2不存在grub一说，CP2K也不适合在虚拟平台上运行，使用物理机。

作者
Author: 啊不错的飞过海 时间: 2024-1-18 23:19
singularity在wsl2上好像是有点问题，考虑直接编译吧。
以及cp2k的内存消耗比较夸张，也没有内存使用限制选项，个人电脑上跑大概只能跑点玩具任务

作者
Author: neocc 时间: 2024-1-20 21:05

啊不错的飞过海发表于 2024-1-18 23:19
singularity在wsl2上好像是有点问题，考虑直接编译吧。
以及cp2k的内存消耗比较夸张，也没有内存使用限制 ...

根据sob老师的教程，在wsl centos8 上重新编译了cp2k2023.2。

1.首先自己编译了openmpi-3.1.0

2.在toolchain文件夹里面新建build文件夹，然后返回toolchain文件夹，执行如下toolchain的脚本
（建议下面流程全部都用root账号）
./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=system --with-plumed=install

source/home/path/cp2k-2023.2/tools/toolchain/install/setup
cd /home/path/cp2k-2023.2
make -j 32 ARCH=local VERSION="ssmp psmp"

3.把以下内容加入到~/.bashrc文件里：
source /home/path/cp2k-2023.2/tools/toolchain/install/setup
export PATH=$PATH:/home/path/cp2k-2023.2/exe/local
export PATH=$PATH:/home/path/cp2k-2023.2
export CP2K_DATA_DIR=/home/path/cp2k-2023.2/data

任意目录下试试cp2k.popt -v

虽然中途scalapack安装报错，但是最后编译出来的cp2k.psmp可以直接运行

作者
Author: 辣辣辣 时间: 2025-2-12 20:21

neocc 发表于 2024-1-20 21:05
根据sob老师的教程，在wsl centos8 上重新编译了cp2k2023.2。

1.首先自己编译了openmpi-3.1.0

请问WSL2跑CP2K效率还好吗？新手装机还在考虑系统

作者
Author: neocc 时间: 2025-2-15 16:52

辣辣辣发表于 2025-2-12 20:21
请问WSL2跑CP2K效率还好吗？新手装机还在考虑系统

不太建议，建模和试验性计算可以试一下wls，正儿八经计算有点慢。而且wsl2这种虚拟机会出现一些问题莫名其妙的问题

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