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标题: 求助：Fix bond/react运行时总是提示特殊键溢出 [打印本页]

作者
Author: JXW1222 时间: 2023-12-19 10:56
标题: 求助：Fix bond/react运行时总是提示特殊键溢出
这是我的原始脚本：

units real

boundary p p p

atom_style full

kspace_style pppm 1.0e-4

pair_style lj/class2/coul/long 10

angle_style class2

bond_style class2

dihedral_style class2

improper_style class2

special_bonds lj/coul 0 0 0.5
pair_modify tail yes mix sixthpower

read_data two_BMI_molecules.data

velocity all create 300.0 4928459 dist gaussian

molecule mol1 rxn1_stp1_pre.molecule_template
molecule mol2 rxn1_stp1_post.molecule_template
molecule mol3 rxn1_stp2_post.molecule_template

thermo 50

dump 1 all xyz 1 test_vis.xyz

fix rxns all bond/react stabilization yes statted_grp .03 &
react rxn1_stp1 all 1 2 5 mol1 mol2 rxn1_stp1.map &
react rxn1_stp2 all 1 2 5 mol2 mol3 rxn1_stp2.map &

fix 1 statted_grp_REACT nvt temp 300 300 100

thermo_style custom step temp f_rxns[1]

run 2000

write_restart restart_longrun
write_data restart_longrun.data nofix

这个in文件是我根据Lammps包里面的example改写的，当我运行时总是提示我
ERROR: Molecule auto special bond generationoverflow (src/molecule.cpp:1556)

Last command: molecule mol2 rxn1_stp1_post.molecule_template

请教各位大佬，问题出在data文件，还是出在in文件的special_bonds部分

作者
Author: 乞讨时间 时间: 2025-3-19 18:46
请问问题解决了吗

作者
Author: Graphite 时间: 2025-3-31 17:56

乞讨时间发表于 2025-3-19 18:46
请问问题解决了吗

bond/create改变原本连接性，会增加拓扑中special的数量。read_data增大extra/speical/per/atom这个预留空间就行。这个数本身不会影响计算结果，只是预留内存空间。其余extra/angles/per/atom等亦同理。

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