计算化学公社

标题: lammps在ubuntu12.04下的安装 [打印本页]

作者
Author: ggdh 时间: 2014-10-19 08:08
标题: lammps在ubuntu12.04下的安装
第一部分准备工作：
1. 安装gcc
sudo apt-get install gcc
sudo apt-get install g++
sudo apt-get install gfortran
2. 安装最新版openmpi（http://www.open-mpi.org）安装方法自行google
3. 安装最新版cuda-toolkit（https://developer.nvidia.com/cuda-downloads）安装方法自行google
4. 下载安装最新的fftw （http://www.fftw.org/download.html）
./configure
sudo make install即可
5. 安装jpeg和png库
sudo apt-get install libjpeg* libpng*
6. 安装voro++库
下载最新的voro （http://math.lbl.gov/voro++/download/），解压后sudo make install 安装
7. 安装blas和lapack库
sudo apt-get install libblas* liblapack*
8. 安装gcc-4.8(后面的KIM需要)
sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-toolchain-r/test
sudo apt-get update
sudo apt-get install gcc-4.8
sudo apt-get install g++-4.8
sudo apt-get install gfortran-4.8
9. 安装KIM
下载最新的kim-api（https://openkim.org/kim-api/）
解压后进入其目录运行
cp Makefile.KIM_Congfig.example Makefile.KIM_Congfig
编辑Makefile.KIM_Congfig文件在其中添加如下几行
CC = gcc-4.8
CXX = g++-4.8
FC = gfortran-4.8
然后修改KIM_DIR的变量为当然的位置
make install以后
cd /usr/local/bin
sudo mv kim-api-v1-build-config kim-api-build-config

第二部分准备安装lammps
1.安装git
sudo apt-get install git
Mkdir ~/lammps
git clone git://git.lammps.org/lammps-ro.git ~/lammps
2.编译依赖包
2.1 gpu
cd ~/lammps /lib/gpu
vi Makefile.linux
修改如下两行
CUDA_HOME =/usr/local/cuda（根据你cuda安装的实际位置写）
CUDA_ARCH = -arch=sm_35
Make –f Makefile.linux

2.2 USER-CUDA package 的安装
cd ~/lammps /lib/cuda
vi Makefile.common
修改其中cuda 的安装路径，如果是默认的/usr/local/cuda则不用修改
Make –j4 cufft=0 arch=35
4是你自己电脑的cpu核数
precision=N to set the precision level
  N = 1 for single precision (default)
  N = 2 for double precision
  N = 3 for positions in double precision
  N = 4 for positions and velocities in double precision
arch=M to set GPU compute capability
  M = 35 for Kepler GPUs
  M = 20 for CC2.0 (GF100/110, e.g. C2050,GTX580,GTX470) (default)
  M = 21 for CC2.1 (GF104/114,  e.g. GTX560, GTX460, GTX450)
  M = 13 for CC1.3 (GF200, e.g. C1060, GTX285)
prec_timer=0/1 to use hi-precision timers
  0 = do not use them (default)
  1 = use them
  this is usually only useful for Mac machines
dbg=0/1 to activate debug mode
  0 = no debug mode (default)
  1 = yes debug mode
  this is only useful for developers
cufft=1 for use of the CUDA FFT library
  0 = no CUFFT support (default)
  in the future other CUDA-enabled FFT libraries might be supported
编译完以后修改Makefile.lammps文件，删掉里面的-DCUFFT –lcufft

2.3 Atc（atom-to-continuum coupling）
cd ~/lammps /lib/atc
make –f Makefile.g++ -j 4

2.4 meam(modified EAM potential)
cd ~/lammps /lib/meam
make –f Makefile.gfortran

2.5 AWPMD(wave-packet MD)
cd ~/lammps /lib/awpmd
make –f Makefile.mpicc

2.6 colvars(collective variables)
cd ~/lammps /lib/colvars
make –f Makefile.g++

2.7 kokkos(Kokkos-enabled styles)
cd ~/lammps/lib/kokkos
vi Makefile.lammps
修改其中cuda的安装路径，如果你不是安装在默认的/usr/local/cuda的话。

2.8 linalg
cd ~/lammps/lib/linalg
make –f Makefile.gfortran

2.9 poems(coupled rigid body motion)
cd ~/lammps/lib/poems
make –f Makefile.g++ -j 20

2.10 reax
cd ~/lammps/lib/reax
make –f Makefile.gfortran -j 4

2.11 qmmm
cd ~/lammps/lib/qmmm
make –f Makefile.gfortran

第三部分：正式安装
cd ~/lammps/src
make yes-all （安装所有包）
make no-kokkos （取消安装kokkos包，这个包单独装可以成功，和其他包一起似乎有冲突。待高人解决）
然后用make ps查看所有的包
修改makefile 文件：
vi ./MAKE/MACHINES/Makefile.ubuntu
在其中的CCFLAGS变量中添加 -DLAMMPS_MEMALIGN=64
然后输入make -j 8 ubuntu即可(这里的8是你cpu核数）
最后会在src目录下产生一个lmp_ubuntu的文件，就是lammps的命令了。

作者
Author: lty子于 时间: 2016-1-18 12:10
感谢详细教程

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)