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标题: 稀土有机框架212超胞结构优化报错：Cholesky decomposition failed. [打印本页]

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Author: halouhapily 时间: 2023-11-20 09:40
标题: 稀土有机框架212超胞结构优化报错：Cholesky decomposition failed.
体系：单胞为：C12H4Eu4O24的稀土有机框架，在2*1*2倍的扩胞之后采用BFGS结合OT的方法优化超胞结构（输入文件见inp文件）
问题：前期正常跑了5步优化，后来出现了Cholesky decomposition failed. Matrix ill conditioned报错，请问各位老师，这是什么原因呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-21 02:31
看最后一帧结构，看看还是否合理
如果没看出毛病，尝试改用对角化结合k点

作者
Author: halouhapily 时间: 2023-12-8 16:14

sobereva 发表于 2023-11-21 02:31
看最后一帧结构，看看还是否合理
如果没看出毛病，尝试改用对角化结合k点

请问各位老师，在cp2k优化稀土有机框架的超胞结构时，发现优化很多步之后能量偶尔有几个波动之外其他的都很平稳，如图（横坐标为优化步数，纵坐标为能量），查看原子位置也只是在震动，但是优化就是不收敛，并且每一步的自洽也不收敛，这种情况应该怎么办呢？

可以直接选择势能曲线的一个低点作为最终优化的结果吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-8 18:27

halouhapily 发表于 2023-12-8 16:14
请问各位老师，在cp2k优化稀土有机框架的超胞结构时，发现优化很多步之后能量偶尔有几个波动之外其他的都 ...

优化的每一轮SCF收敛得都极其糟糕，显然受力极为不准，跑下去毫无意义
既然都不用OT，还不如考虑足够的k点而不用超胞，速度还能快得多

作者
Author: halouhapily 时间: 2023-12-8 21:08
本帖最后由 halouhapily 于 2023-12-8 21:21 编辑

sobereva 发表于 2023-12-8 18:27
优化的每一轮SCF收敛得都极其糟糕，显然受力极为不准，跑下去毫无意义
既然都不用OT，还不如考虑足够的k ...

老师，是因为我想做PDOS，我在讲义上看cp2k跑PDOS只能用超胞，所以才想着先优化超胞，在算PDOS的时候读取收敛的波函数，
老师我处理这个体系超胞的SCF不收敛的问题很长时间了，只有用LBFGS方法优化时可以优化收敛，但是自洽不收敛。实在是想不出来怎么办了，还请老师能指点指点

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-9 05:51

halouhapily 发表于 2023-12-8 21:08
老师，是因为我想做PDOS，我在讲义上看cp2k跑PDOS只能用超胞，所以才想着先优化超胞，在算PDOS的时候读取 ...

考虑k点优化原胞，之后扩成超胞算个单点得到波函数文件就完了。从来没说过优化时只能用超胞

该说的都说了，没有可补充的
解决CP2K中SCF不收敛的方法
http://sobereva.com/665（http://bbs.keinsci.com/thread-37196-1-1.html）

作者
Author: ddddnight 时间: 2023-12-14 21:28

halouhapily 发表于 2023-12-8 16:14
请问各位老师，在cp2k优化稀土有机框架的超胞结构时，发现优化很多步之后能量偶尔有几个波动之外其他的都 ...

请问您这个曲线图是怎么画的呀，怎么快速提取能量画成这种图呀

作者
Author: halouhapily 时间: 2023-12-22 21:28

ddddnight 发表于 2023-12-14 21:28
请问您这个曲线图是怎么画的呀，怎么快速提取能量画成这种图呀

你好，我是用sob老师编译的monopt.sh脚本快速得到优化的能量信息的

作者
Author: ddddnight 时间: 2023-12-22 21:50

halouhapily 发表于 2023-12-22 21:28
你好，我是用sob老师编译的monopt.sh脚本快速得到优化的能量信息的

好的，谢谢你

作者
Author: acquaint0706 时间: 2025-7-8 16:01

sobereva 发表于 2023-12-9 05:51
考虑k点优化原胞，之后扩成超胞算个单点得到波函数文件就完了。从来没说过优化时只能用超胞

该说的都 ...

社长，请问如果想计算晶面模型吸附某分子前后的PDOS变化是不是只能用超胞计算呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-7-9 02:53

acquaint0706 发表于 2025-7-8 16:01
社长，请问如果想计算晶面模型吸附某分子前后的PDOS变化是不是只能用超胞计算呢？

对于原胞不够大的情况，是

作者
Author: acquaint0706 时间: 2025-7-9 08:53

sobereva 发表于 2025-7-9 02:53
对于原胞不够大的情况，是

好的，谢谢社长解答。

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