计算化学公社

标题: 不同RDF分析方法得到的峰值不同合理吗？ [打印本页]

作者
Author: fux 时间: 2023-10-29 17:30
标题: 不同RDF分析方法得到的峰值不同合理吗？
同一个体系的同一个XDATCAR文件，用了vasppy（https://vasppy.readthedocs.io/en/latest/examples/rdfs.html#Calculating-radial-distribution-functions）和pymatgen（pymatgen-analysis-diffusion/examples/radial_distribution_function.ipynb at master · materialsvirtuallab/pymatgen-analysis-diffusion · GitHub）计算RDF得到的结果有点区别，想请问大家不同RDF分析方法得到的峰值不同合理吗？为什么会有区别呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-30 02:19
曲线形状基本一样，纵坐标数值差异大抵来自不同程序归一化处理不一样。我不用这俩程序，可以考虑用VMD算rdf，那个结果非常标准

作者
Author: fux 时间: 2023-10-30 10:33

sobereva 发表于 2023-10-30 02:19
曲线形状基本一样，纵坐标数值差异大抵来自不同程序归一化处理不一样。我不用这俩程序，可以考虑用VMD算rdf ...

谢谢老师，我用VMD算了一个，峰值也不一样，就是说这三种算法的归一化处理都有区别，那是不是说这个g(r)的绝对值没有什么特别的意义，只要比较的时候用同一个程序算就行了？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-31 03:47

fux 发表于 2023-10-30 10:33
谢谢老师，我用VMD算了一个，峰值也不一样，就是说这三种算法的归一化处理都有区别，那是不是说这个g(r) ...

绝对值有意义。对周期性体系rdf有标准的计算公式，是壳层里被统计的原子的密度相对于盒子里此种原子的平均密度
没体系细节没法说。注意确保计算rdf前VMD里有盒子信息

作者
Author: fux 时间: 2023-10-31 14:38

sobereva 发表于 2023-10-31 03:47
绝对值有意义。对周期性体系rdf有标准的计算公式，是壳层里被统计的原子的密度相对于盒子里此种原子的平 ...

感谢！加了pbc设置后得到的配位数要合理多了！

作者
Author: aff 时间: 2024-5-24 09:29
可以请问下，如何使用vmd进行rdf分析吗？

作者
Author: fux 时间: 2024-6-20 14:34

aff 发表于 2024-5-24 09:29
可以请问下，如何使用vmd进行rdf分析吗？

如图

作者
Author: aff 时间: 2024-7-4 14:41

fux 发表于 2024-6-20 14:34
如图

感谢您的回复！！

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