计算化学公社

标题: 如何理解并使用CP2K中的metadynamics功能？ [打印本页]

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Author: NGC626 时间: 2023-10-24 19:35
标题: 如何理解并使用CP2K中的metadynamics功能？
本帖最后由 NGC626 于 2023-10-27 14:44 编辑

各位老师好，近期我希望利用CP2K的metadynamics功能，在Multiwfn所产生的输入文件的默认环境中，模拟数十个碳原子在金刚石层上堆积连接形成新的金刚石结构的过程，整个模型的规模在200个原子以内(参考了下述第①篇文献中的经验：原子数小于200个更有利于晶格的形成)，我的想法是用metadynamics功能将一部分碳原子迅速连接并固定在金刚石层上作为早期晶胞，然后以此为基础形成新的金刚石结构，目前我没有找到与此相似的研究。我查阅了一些在CP2K中使用了MetaDynamics功能的研究，这些研究主要是基于熔融状态下的结晶过程，例如①10.1103/PhysRevLett.107.145702、②10.1002/adfm.201500849和③10.1557/mrc.2018.131，以及一些教程，例如https://zhuanlan.zhihu.com/p/540506361、https://zhuanlan.zhihu.com/p/626665808和https://zhuanlan.zhihu.com/p/626489560，目前我所知的是需要先产生普通的AIMD输入文件，然后在其中添加MtD功能的关键词，关键词可分为三部分：定义CV、限制CV和metadynamics参数设置，但是我对CP2K的了解仅限于按照sob老师的讲义和公社中的资料依葫芦画瓢产生输入文件，以及了解一些很基础的关键词的含义，主要的问题如下，还请各位老师不吝指教

①MtD功能中各部分关键词的具体含义是什么？
②在不同的模型中应如何定义CV、限制CV和输入metadynamics参数设置？
③我看到文献②中模拟熔融状态下的结晶过程的步长为2fs，整个时间尺度为上百ps，但是我在第一期cp2k培训班的讲义P178第30页PPT中看到，如果涉及化学键的形成或者断裂，步长一般不应超过0.2fs。

作者
Author: Weldingspock 时间: 2024-1-4 16:29
同问，请问你现在有找到什么学习资料吗

作者
Author: NGC626 时间: 2024-1-4 20:07

Weldingspock 发表于 2024-1-4 16:29
同问，请问你现在有找到什么学习资料吗

不好意思，目前还没有找到的

作者
Author: Assiduitas 时间: 2025-6-4 16:36
最近也是在学习metadynamic的相关内容。我先看的是CP2K官网的TiO2表面吸附的例子。感觉至少要跑三轮AIMD的模拟。
阶段一：普通AIMD，得到弛豫完全的模型；、
阶段二：定义好CV，不设置偏置势，观察CV在整个无偏执势MTD过程中数值的波动；
阶段三：根据阶段二所获得的信息，设置好合适的偏执势，今天带偏执势的MTD模拟。

打算先重复一下官网这个流程，看看能不能跑成功。

作者
Author: NGC626 时间: yesterday 22:37

Assiduitas 发表于 2025-6-4 16:36
最近也是在学习metadynamic的相关内容。我先看的是CP2K官网的TiO2表面吸附的例子。感觉至少要跑三轮AIMD的 ...

谢谢老哥

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