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标题: 求助：如何解决多条纤维素链体系RMSD图的波动问题？ [打印本页]

作者
Author: huashang 时间: 2023-10-20 17:48
标题: 求助：如何解决多条纤维素链体系RMSD图的波动问题？
各位老师好，我的动力学体系中包含5条纤维素链，我想要做一下纤维素的RMSD，结果图像出现巨大的突变。我参考sob老师的博文，输入了以下命令，结果仍然没有改变。
第一步使分子保持完整
gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_mol.xtc -pbc mol
第二步让指定的组在轨迹中一直保持完整
gmx trjconv -s md.tpr -f md_mol.xtc -o md_mol_cluster.xtc -pbc cluster
最后再用命令将纤维素链进行叠合
gmx trjconv -s md.tpr -f md_mol_cluster.xtc -o new.xtc -fit rot+trans
最后将得到new.xtc文件来做RMSD，结果如图。
RMSD图任然是这种上上下下的状态，我想知道该如何解决这个问题？

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-10-20 18:17
多条链的情况有时候不适合用-pbc mol，因为mol要求成键的原子距离不能太远，这样只能保持一条链不会断开，因为不同链之间没有成键。
这种情况可以使用-pdc nojump，-s选择一个链没有断开的结构文件。

作者
Author: huashang 时间: 2023-10-20 18:41

Frozen-Penguin 发表于 2023-10-20 18:17
多条链的情况有时候不适合用-pbc mol，因为mol要求成键的原子距离不能太远，这样只能保持一条链不会断开， ...

问题已解决，感谢。

作者
Author: 风沙 时间: 2025-8-5 14:52

huashang 发表于 2023-10-20 18:41
问题已解决，感谢。

老师，请问最后是怎么解决的哇，遇到了相同的困惑

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