计算化学公社

标题: 安装anaconda后系统出现base虚拟环境是否影响vasp计算 [打印本页]

作者
Author: dingniu2 时间: 2023-9-22 20:56
标题: 安装anaconda后系统出现base虚拟环境是否影响vasp计算
安装anaconda后，每次SSH登陆Linux系统后都会出现base，表示是虚环境。请问大家这个虚环境下运行各种计算化学软件，比如Gaussian和VASP等软件，会不会有什么异常？因为在安装anaconda之前使用的都不是在虚环境下，不知道这个虚环境会不会带来一些不好的影响？

作者
Author: dzdhp 时间: 2023-9-22 22:06
我的有时候会，每次不用的时候我就去bashrc文件里把anaconda用#注释掉，用到他的时候再删了注释，菜鸡大法

作者
Author: ahxb 时间: 2023-9-22 22:24
完整的anaconda环境里有mpi环境（似乎是Intel MPI），一般和自己编译所用程序的mpi不匹配。比较简单的方法是写个脚本调用，比如最简单的vasp可以直接把.bashrc里写的部分写到脚本里，然后加上比如mpirun -np xx vasp_std等。使用一些shell编程还能实现一些复杂的功能。
Gaussian的并行机制比较独特，类似OpenMP，是线程级并行。较早版本的Gaussian用的是PGI编译器，新版本用的应该是被nvidia收购后对应的组件，和多数程序不冲突，往.bashrc里写环境变量即可。

作者
Author: dingniu2 时间: 2023-9-23 12:12

ahxb 发表于 2023-9-22 22:24
完整的anaconda环境里有mpi环境（似乎是Intel MPI），一般和自己编译所用程序的mpi不匹配。比较简单的方法 ...

谢谢解答，请问有没有简单点的方法避免oneapi编译的vasp运行时与anaconda的base虚环境冲突？

作者
Author: abin 时间: 2023-9-23 13:57
不要乱说.

这是conda自动启动了一个默认的python环境, 和你的程序有毛线关系.
一知半解害死人呀.

如果去取消conda自动开启base环境, 可以使用指令,
echo 'conda config --set auto_activate_base false' >> $HOME/.bashrc

作者
Author: snljty2 时间: 2023-9-23 13:58

dingniu2 发表于 2023-9-23 12:12
谢谢解答，请问有没有简单点的方法避免oneapi编译的vasp运行时与anaconda的base虚环境冲突？

装Environment Module，然后默认不加载任何环境。在提交作业的脚本中，用哪个程序和依赖再明确加载哪个module。modulefile里面写好需要配置的变量和依赖的module。

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)