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标题: gromacs怎样实现将金纳米颗粒和蛋白放在一起模拟 [打印本页]

作者
Author: iscadye 时间: 2023-9-20 09:18
标题: gromacs怎样实现将金纳米颗粒和蛋白放在一起模拟
各位前辈好，我是刚入门的gromacs小白，师姐们做的都是纯蛋白的模拟，导师希望我将金纳米颗粒与蛋白放在一起模拟，并且将金纳米颗粒放在蛋白的不同位置区域进行不同的尝试模拟，请问我该如何将它们放在一起，并且将金纳米颗粒放在不同的位置，生成不同的起始文件呢？请各位前辈指点，谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-21 03:05
建立个金的团簇模型（VMD里用恰当的选择语句就可以截出一个来），然后把它的pdb文件和蛋白质的pdb文件内容合并成单个pdb文件，之后载入VMD并在VMD里调整相对位置（平移、旋转），最后保存成复合物的pdb文件。

作者
Author: iscadye 时间: 2023-9-22 10:49

sobereva 发表于 2023-9-21 03:05
建立个金的团簇模型（VMD里用恰当的选择语句就可以截出一个来），然后把它的pdb文件和蛋白质的pdb文件内容 ...

好的，谢谢sob老师的指导

作者
Author: Ctl 时间: 2025-4-7 13:52
那这个力场怎么选择啊

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