计算化学公社

标题: 求助分子对接后进行附带限制势分子动力学模拟的问题 [打印本页]

作者
Author: yph 时间: 2023-8-31 12:49
标题: 求助分子对接后进行附带限制势分子动力学模拟的问题
我同时对接好两个底物分子后，使用ff14sb+GAFF进行分子动力学模拟时发现两个底物会在不同的时间（10ns，20ns）飞出底物口袋，所以我是否可以在正式分子动力学模拟的给蛋白和配体带上porse=10的限制来进行模拟，以优化对接构象，是否有意义？已知该酶蛋白是可以催化这两个底物发生反应的

作者
Author: lfq_gmx 时间: 2023-8-31 14:22
这可能有很多原因呀，也有可能分子对接的初始结合构象不好

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-31 16:32
参考
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs.keinsci.com/thread-27434-1-1.html）

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)