计算化学公社

标题: 求助：怎么把gromacs的top和gro转成amber的parm和rst？ [打印本页]

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-8-29 18:42
标题: 求助：怎么把gromacs的top和gro转成amber的parm和rst？
你好,

我想把gromacs跑了100ns后的结构，用amber跑一段GaMD模拟。想把gromacs的top和轨迹最后一帧的gro转成amber的parm和rst？

在网上看到可以用parmed转，但目前服务器的parmed不能用。

请问有其它方法可以转吗?

感谢。

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-8-29 20:40
可以考虑重新安装parmed，一个命令就能装好
pip:

pip install ParmEd

复制代码

https://pypi.org/project/ParmEd/
或者
conda:

conda install -c conda-forge parmed

复制代码

https://anaconda.org/conda-forge/parmed

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-8-30 20:48
本帖最后由灵芝5 于 2023-8-30 21:05 编辑

你好，现在服务器的parmed运行时会报这个错，请问可以直接用上面的指令直接安装吗？

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2023-8-31 15:36

灵芝5 发表于 2023-8-30 20:48
你好，现在服务器的parmed运行时会报这个错，请问可以直接用上面的指令直接安装吗？

只要能联网就可以用上面的命令安装

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)