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标题: 求助：怎么做只包含一个小分子部分原子的.ndx？ [打印本页]

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-8-28 15:33
标题: 求助：怎么做只包含一个小分子部分原子的.ndx？
你好！

我再跑一个膜蛋白和小分子的体系，用的gromacs软件。现在我想计算小分子头部苯环到蛋白TM6上端残基的距离，但是不知道怎么用gmx_mpi make_ndx 指令得到小分子头部苯环的索引，请问大家怎么选可以生成小分子头部苯环的索引？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-28 15:44
make_ndx里按照原子序号或者原子名选择就完了

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-8-28 18:09
本帖最后由灵芝5 于 2023-8-28 18:15 编辑

谢谢卢老师！

请问卢老师，做ndx时的要写的原子序号是pdb文本里的原子序号吗？选原子序号用a指令？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-29 23:26

灵芝5 发表于 2023-8-28 18:09
谢谢卢老师！

请问卢老师，做ndx时的要写的原子序号是pdb文本里的原子序号吗？选原子序号用a指令？

对应结构文件里的序号
是

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-8-30 20:41
好的，谢谢卢老师解答

作者
Author: 对抗路达摩 时间: 2023-9-3 00:22
其实最简单的不是用什么程序
而是打开PDB/gro 用眼睛看到底是哪几个原子是苯环
比如苯环碳是编号是X0, X1 .... X5
那么你就用记事本写

[ benzene ]
X0 X1 X2 X3 X4 X5

就搞定了

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