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标题: 求助：用Amber20做蛋白配体复合物体系最小化的时候报REPEATED LINMIN FAILURE错误 [打印本页]

作者
Author: maxwellxi 时间: 2023-6-6 16:54
标题: 求助：用Amber20做蛋白配体复合物体系最小化的时候报REPEATED LINMIN FAILURE错误
请教大家下，在蛋白对接后进行Amber MD时，设置maxcyc=100000，ncyc=5000，min.out结果走到5000，然后出现RESTARTED DUE TO LINMIN FAILURE，然后我尝试修改参数ncyc，发现最速下降法跑完，改为共轭梯度时便报错。我用其他的蛋白复合物体系跑的话可以正常进行，但是检查报错蛋白体系的结构我没有发现不合理的地方，以下是我的in文件与报错截图和蛋白文件，谢谢大家的帮助
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作者
Author: Serious 时间: 2023-6-7 10:56
个人见解：
1）按照AMBER maillist的说法，是优化到极小值点，没能继续，大抵没有问题；跑段短时间MD看看有没有问题；不过H19受到的力挺大。
问题：
2）你给的pdb和截图信息对不上，应提供对应文件，别做修改；我怀疑是去除了溶剂；
3）这个问题本站也有人提过，检索后应当就能解决；

作者
Author: maxwellxi 时间: 2023-6-16 09:23

Serious 发表于 2023-6-7 10:56
个人见解：
1）按照AMBER maillist的说法，是优化到极小值点，没能继续，大抵没有问题；跑段短时间MD看看 ...

好的，谢谢您的解答，后来我又查了处理的FE和氨基酸的配位结构，是配位的问题，感谢

作者
Author: Shuxian 时间: 2025-4-28 09:12

maxwellxi 发表于 2023-6-16 09:23
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请问是怎么处理的呢

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