计算化学公社

标题: siesta的intel(mkl+ifort+impi)编译 [打印本页]
作者
Author: 五十八    时间: 2016-7-22 00:18
标题: siesta的intel(mkl+ifort+impi)编译
本帖最后由 五十八 于 2017-10-14 04:19 编辑

说明环境：
intel编译器（mkl+impi+ifort intel2015/2016）
登陆节点E5 2667 v3
耗时 5min
这里因为新装的服务器是2015 这里以2015为例：
1 进入Obj目录下
2 输入../Src/obj_setup.sh
3 type ../Src/configure --enable-mpi FC=mpif90
4 replace arch.make as:
  1. #
  2. #
  3. # Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid:
  4. # E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal
  5. # and J.M.Soler, 1996- .
  6. #
  7. # Use of this software constitutes agreement with the full conditions
  8. # given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users.
  9. #
  10. .SUFFIXES:
  11. .SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90

  13. SIESTA_ARCH=intel_kit_arch

  15. FPP=
  16. FPP_OUTPUT=
  17. FC=mpif90 -fc=ifort
  18. RANLIB=ranlib

  20. SYS=nag

  22. SP_KIND=4
  23. DP_KIND=8
  24. KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND)

  26. DUMMY_FOX=--enable-dummy

  28. FFLAGS=-O2 -mp1 -ip -pad
  29. FPPFLAGS=-DMPI # add -DMPI to enable MPI
  30. LDFLAGS=$(FFLAGS)

  32. ARFLAGS_EXTRA=

  34. FCFLAGS_fixed_f=
  35. FCFLAGS_free_f90=
  36. FPPFLAGS_fixed_F=
  37. FPPFLAGS_free_F90=

  39. MKLPATH=/mkl/lib/path

  41. BLAS_LIBS=-lmkl_blas95_ilp64
  42. LAPACK_LIBS=-lmkl_lapack95_ilp64
  43. BLACS_LIBS=-lmkl_blacs_intelmpi_ilp64
  44. SCALAPACK_LIBS=-lmkl_scalapack_ilp64

  46. ADD_LIBS=-lmkl_intel_ilp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lpthread -liomp5

  48. COMP_LIBS=

  50. NETCDF_LIBS=
  51. NETCDF_INTERFACE=

  53. LIBS=-L$(MKLPATH) $(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS) $(ADD_LIBS)

  55. #SIESTA needs an F90 interface to MPI
  56. #This will give you SIESTA's own implementation
  57. #If your compiler vendor offers an alternative, you may change
  58. #to it here.
  59. MPI_INTERFACE=libmpifort.a
  60. MPI_INCLUDE=/impi/include/path/
复制代码
Note:
最后
  1. .F.o:
  2. $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F) [        DISCUZ_CODE_103        ]lt;
  3. .F90.o:
  4. $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) [        DISCUZ_CODE_103        ]lt;
  5. .f.o:
  6. $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f) [        DISCUZ_CODE_103        ]lt;
  7. .f90.o:
  8. $(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90) [        DISCUZ_CODE_103        ]lt;
复制代码
中$(FC)与开头中间有个tab，每个$之间有空格
具体见附件中
另外：
编译好之后 需要编译ATOM部分，这部分有三个文件：
atom-4.0.2.tgz
xmlf90-1.3.1.tgz
libGridXC-devel-0.5.tgz
后两个的下载方法见atom*.tgz中的说明 000_INSTALL那个
同样适用mpif90 一路编译下来，这里比较简单，注意先编译后两个，我是lib->xml->atom的，
注意要先配置好环境变量
export xxx=xxx这种
最好把后两个先mv到atom目录下
然后可以编译 atom
编译的时候要把arch.make.sample这个cp到arch.make
简单修改
  1. XMLF90_ROOT=../xmlf90/macros
  2. GRIDXC_ROOT=../libGridXC
复制代码
之后可以进行测试。

问题：
一般情况再编译 siesta最后一步出问题的话基本上要确定scalapack blacs之类的配置的对不对。
补充：如果您使用的是新的编译器（mpiifort 替换mpif90）那么您应该使用impi目录下include中 libmpifort.a文件替换libmpi_f90.a文件，拷贝到Obj目录下即可（1、修改替换文件；2、 直接粘贴并修改arch.make文件）
以上



************************************************************************************************************另附 siesta-4.1-b3编译arch.make4.1.b3只需要在Obj中../Src/Obj_setup.sh
之后使用如下arch.make即可
-lmkl_core很重要

  1. # Copyright (C) 1996-2016        The SIESTA group
  2. #  This file is distributed under the terms of the
  3. #  GNU General Public License: see COPYING in the top directory
  4. #  or http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt.
  5. # See Docs/Contributors.txt for a list of contributors.
  6. #
  7. #-------------------------------------------------------------------
  8. # arch.make file for gfortran compiler.
  9. # To use this arch.make file you should rename it to
  10. #   arch.make
  11. # or make a sym-link.
  12. # For an explanation of the flags see DOCUMENTED-TEMPLATE.make

  14. <blockquote>.SUFFIXES:
复制代码



作者
Author: 五十八    时间: 2017-9-30 16:25
本帖最后由 五十八 于 2017-10-14 04:20 编辑

Fe.fdf :
Siesta Version: siesta-4.0--500
Architecture  : intel_kit_arch
Compiler flags: mpiifort -g -O2 -mp1 -ip -pad
PP flags      : -DMPI  
PARALLEL version

* Running on    2 nodes in parallel
>> Start of run:  30-SEP-2017   4:22:10

                           ***********************      
                           *  WELCOME TO SIESTA  *      
                           ***********************      

reinit: Reading from standard input
************************** Dump of input data file ****************************
# $Id: Fe.fdf,v 1.1 1999/04/20 12:52:43 emilio Exp $
# -----------------------------------------------------------------------------
# FDF for bcc iron
#
# GGA, Ferromagnetic.
# Scalar-relativistic pseudopotential with non-linear partial-core correction
#
# E. Artacho, April 1999
# -----------------------------------------------------------------------------
SystemName       bcc Fe ferro GGA   # Descriptive name of the system
SystemLabel            Fe           # Short name for naming files
# Output options
WriteCoorStep
WriteMullikenPop       1
# Species and atoms
NumberOfSpecies        1
NumberOfAtoms          1
%block ChemicalSpeciesLabel
  1  26  Fe
%endblock ChemicalSpeciesLabel
# Basis
PAO.EnergyShift       50 meV
PAO.BasisSize         DZP
%block PAO.Basis
  Fe  2
  0  2  P
  6. 0.
  2  2
  0. 0.
%endblock PAO.Basis
LatticeConstant       2.87 Ang
%block LatticeVectors
0.50000   0.500000  0.500000
0.50000  -0.500000  0.500000
0.50000   0.500000 -0.500000
%endblock LatticeVectors
KgridCutoff          15. Ang
%block BandLines
  1  0.00000   0.000000  0.000000  \Gamma
40  2.00000   0.000000  0.000000  H
28  1.00000   1.000000  0.000000  N
28  0.00000   0.000000  0.000000  \Gamma
34  1.00000   1.000000  1.000000  P
%endblock BandLines
xc.functional         GGA           # Exchange-correlation functional
xc.authors            PBE           # Exchange-correlation version
SpinPolarized         true          # Logical parameters are: yes or no
MeshCutoff           150. Ry        # Mesh cutoff. real space mesh
# SCF options
MaxSCFIterations       40           # Maximum number of SCF iter
DM.MixingWeight       0.1           # New DM amount for next SCF cycle
DM.Tolerance          1.d-3         # Tolerance in maximum difference
                                    # between input and output DM
DM.UseSaveDM          true          # to use continuation files
DM.NumberPulay         3
SolutionMethod        diagon        # OrderN or Diagon
ElectronicTemperature  25 meV       # Temp. for Fermi smearing
# MD options
MD.TypeOfRun           cg           # Type of dynamics:
MD.NumCGsteps           0           # Number of CG steps for
                                    #   coordinate optimization
MD.MaxCGDispl          0.1 Ang      # Maximum atomic displacement
                                    #   in one CG step (Bohr)
MD.MaxForceTol         0.04 eV/Ang  # Tolerance in the maximum
                                    #   atomic force (Ry/Bohr)
# Atomic coordinates
AtomicCoordinatesFormat     Fractional
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
  0.000000000000    0.000000000000    0.000000000000  1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
************************** End of input data file *****************************

reinit: -----------------------------------------------------------------------
reinit: System Name: bcc Fe ferro GGA
reinit: -----------------------------------------------------------------------
reinit: System Label: Fe                                                         
reinit: -----------------------------------------------------------------------

initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ----------
Species number:            1  Label: Fe Atomic number:          26
Ground state valence configuration:   4s02  3d06
Reading pseudopotential information in formatted form from Fe.psf

Pseudopotential generated from a relativistic atomic calculation
There are spin-orbit pseudopotentials available
Spin-orbit interaction is not included in this calculation

Valence configuration for pseudopotential generation:
4s( 2.00) rc: 2.00
4p( 0.00) rc: 2.00
3d( 6.00) rc: 2.00
4f( 0.00) rc: 2.00
For Fe, standard SIESTA heuristics set lmxkb to 3
(one more than the basis l, including polarization orbitals).
Use PS.lmax or PS.KBprojectors blocks to override.
Warning: Empty PAO shell. l =           1
Will have a KB projector anyway...

<basis_specs>
===============================================================================
Fe                   Z=  26    Mass=  55.850        Charge= 0.17977+309
Lmxo=2 Lmxkb= 3    BasisType=split      Semic=F
L=0  Nsemic=0  Cnfigmx=4
          n=1  nzeta=2  polorb=1
            splnorm:   0.15000   
               vcte:    0.0000   
               rinn:    0.0000   
               qcoe:    0.0000   
               qyuk:    0.0000   
               qwid:   0.10000E-01
                rcs:    6.0000      0.0000   
            lambdas:    1.0000      1.0000   
L=1  Nsemic=0  Cnfigmx=4
L=2  Nsemic=0  Cnfigmx=3
          n=1  nzeta=2  polorb=0
            splnorm:   0.15000   
               vcte:    0.0000   
               rinn:    0.0000   
               qcoe:    0.0000   
               qyuk:    0.0000   
               qwid:   0.10000E-01
                rcs:    0.0000      0.0000   
            lambdas:    1.0000      1.0000   
-------------------------------------------------------------------------------
L=0  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
L=1  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
L=2  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
L=3  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
===============================================================================
</basis_specs>

atom: Called for Fe                    (Z =  26)

read_vps: Pseudopotential generation method:
read_vps: ATM3      Troullier-Martins                       
Total valence charge:    8.00000

read_vps: Pseudopotential includes a core correction:
read_vps: Pseudo-core for xc-correction

xc_check: Exchange-correlation functional:
xc_check: GGA Perdew, Burke & Ernzerhof 1996
V l=0 = -2*Zval/r beyond r=  2.7645
V l=1 = -2*Zval/r beyond r=  2.7645
V l=2 = -2*Zval/r beyond r=  2.7645
V l=3 = -2*Zval/r beyond r=  2.7645
All V_l potentials equal beyond r=  1.9726
This should be close to max(r_c) in ps generation
All pots = -2*Zval/r beyond r=  2.7645
Using large-core scheme for Vlocal

atom: Estimated core radius    2.76453
atom: Maximum radius for 4*pi*r*r*local-pseudopot. charge    3.05528
atom: Maximum radius for r*vlocal+2*Zval:    2.79930
GHOST: No ghost state for L =  0
GHOST: No ghost state for L =  1
GHOST: No ghost state for L =  2
GHOST: No ghost state for L =  3

KBgen: Kleinman-Bylander projectors:
   l= 0   rc=  2.047986   el= -0.388305   Ekb=  4.259322   kbcos=  0.262992
   l= 1   rc=  2.047986   el= -0.097543   Ekb=  2.850785   kbcos=  0.194191
   l= 2   rc=  2.022544   el= -0.553240   Ekb=-12.567334   kbcos= -0.683368
   l= 3   rc=  2.047986   el=  0.003178   Ekb= -1.649997   kbcos= -0.006611

KBgen: Total number of  Kleinman-Bylander projectors:   16
atom: -------------------------------------------------------------------------

atom: SANKEY-TYPE ORBITALS:
atom: Selected multiple-zeta basis: split     

SPLIT: Orbitals with angular momentum L= 0

SPLIT: Basis orbitals for state 4s

   izeta = 1
                 lambda =    1.000000
                     rc =    6.000769
                 energy =   -0.359899
                kinetic =    0.368794
    potential(screened) =   -0.728692
       potential(ionic) =   -6.200046

   izeta = 2
                 rmatch =    5.852607
              splitnorm =    0.150000
                 energy =   -0.302546
                kinetic =    0.545359
    potential(screened) =   -0.847905
       potential(ionic) =   -6.625795

SPLIT: Orbitals with angular momentum L= 2

SPLIT: Basis orbitals for state 3d

SPLIT: PAO cut-off radius determined from an
SPLIT: energy shift=  0.003675 Ry

   izeta = 1
                 lambda =    1.000000
                     rc =    4.791692
                 energy =   -0.550135
                kinetic =    9.305455
    potential(screened) =   -9.855590
       potential(ionic) =  -18.595674

   izeta = 2
                 rmatch =    2.235267
              splitnorm =    0.150000
                 energy =   -0.167120
                kinetic =   12.792829
    potential(screened) =  -12.959949
       potential(ionic) =  -22.329705

POLgen: Perturbative polarization orbital with L=  1

POLgen: Polarization orbital for state 4s

   izeta = 1
                     rc =    6.000769
                 energy =   -0.010549
                kinetic =    0.693233
    potential(screened) =   -0.703782
       potential(ionic) =   -5.834871
atom: Total number of Sankey-type orbitals: 15

atm_pop: Valence configuration (for local Pseudopot. screening):
4s( 2.00)                                                            
4p( 0.00)                                                            
3d( 6.00)                                                            
Vna: chval, zval:    8.00000   8.00000

Vna:  Cut-off radius for the neutral-atom potential:   6.000769
comcore: Pseudo-core radius Rcore=  3.778693

atom: _________________________________________________________________________

prinput: Basis input ----------------------------------------------------------

PAO.BasisType split     

%block ChemicalSpeciesLabel
    1   26 Fe                      # Species index, atomic number, species label
%endblock ChemicalSpeciesLabel

%block PAO.Basis                 # Define Basis set
Fe                    2                    # Species label, number of l-shells
n=4   0   2 P   1                   # n, l, Nzeta, Polarization, NzetaPol
   6.001      5.853   
   1.000      1.000   
n=3   2   2                         # n, l, Nzeta
   4.792      2.235   
   1.000      1.000   
%endblock PAO.Basis

prinput: ----------------------------------------------------------------------

coor:   Atomic-coordinates input format  =     Fractional

siesta: Atomic coordinates (Bohr) and species
siesta:      0.00000   0.00000   0.00000  1        1

siesta: System type = bulk      

initatomlists: Number of atoms, orbitals, and projectors:      1    15    16

siesta: ******************** Simulation parameters ****************************
siesta:
siesta: The following are some of the parameters of the simulation.
siesta: A complete list of the parameters used, including default values,
siesta: can be found in file out.fdf
siesta:
redata: Non-Collinear-spin run           =     F
redata: SpinPolarized (Up/Down) run      =     T
redata: Number of spin components        =     2
redata: Long output                      =     F
redata: Number of Atomic Species         =        1
redata: Charge density info will appear in .RHO file
redata: Write Mulliken Pop.              =     Atomic and Orbital charges
redata: Mesh Cutoff                      =   150.0000  Ry
redata: Net charge of the system         =     0.0000 |e|
redata: Min. number of SCF Iter          =        0
redata: Max. number of SCF Iter          =       40
redata: Mix DM or H after convergence    =     F
redata: Recompute H after scf cycle      =     F
redata: Performing Pulay mixing using    =     3 iterations
redata: Mix DM in first SCF step ?       =     F
redata: Write Pulay info on disk?        =     F
redata: Discard 1st Pulay DM after  kick =     F
redata: New DM Mixing Weight             =     0.1000
redata: New DM Occupancy tolerance       = 0.000000000001
redata: No kicks to SCF
redata: DM Mixing Weight for Kicks       =     0.5000
redata: DM Tolerance for SCF             =     0.001000
redata: Require (free) Energy convergence in SCF =     F
redata: DM (free)Energy tolerance for SCF =     0.000010 eV
redata: Require Harris convergence for SCF =     F
redata: DM Harris energy tolerance for SCF =     0.000010 eV
redata: Antiferro initial spin density   =     F
redata: Using Saved Data (generic)   =     F
redata: Use continuation files for DM    =     T
redata: Neglect nonoverlap interactions  =     F
redata: Method of Calculation            =     Diagonalization
redata: Divide and Conquer               =     T
redata: Electronic Temperature           =     0.0018  Ry
redata: Fix the spin of the system       =     F
redata: Dynamics option                  =     Single-point calculation
redata: ***********************************************************************
Total number of electrons:     8.000000
Total ionic charge:     8.000000

* ProcessorY, Blocksize:    1   8


* Orbital distribution balance (max,min):     8     7

Kpoints in:         1183 . Kpoints trimmed:         1099

siesta: k-grid: Number of k-points =  1099
siesta: k-grid: Cutoff (effective) =    16.156 Ang
siesta: k-grid: Supercell and displacements
siesta: k-grid:    0  13   0      0.000
siesta: k-grid:    0   0  13      0.000
siesta: k-grid:   13   0   0      0.000
Using LatticeConstant from fdf file for BandLinesScale:    5.423516 Bohr
Beware any cell changes by the end of the run
Using LatticeConstant from fdf file for BandLinesScale:    5.423516 Bohr
Beware any cell changes by the end of the run
Naive supercell factors:     7    7    7

superc: Internal auxiliary supercell:     7 x     7 x     7  =     343
superc: Number of atoms, orbitals, and projectors:    343   5145   5488

                     ====================================
                        Single-point calculation
                     ====================================

outcoor: Atomic coordinates (fractional):                  
    0.00000000    0.00000000    0.00000000   1       1  Fe

superc: Internal auxiliary supercell:     7 x     7 x     7  =     343
superc: Number of atoms, orbitals, and projectors:    343   5145   5488

outcell: Unit cell vectors (Ang):
        1.435000    1.435000    1.435000
        1.435000   -1.435000    1.435000
        1.435000    1.435000   -1.435000

outcell: Cell vector modules (Ang)   :    2.485493    2.485493    2.485493
outcell: Cell angles (23,13,12) (deg):    109.4712     70.5288     70.5288
outcell: Cell volume (Ang**3)        :     11.8200
New_DM. Step:     1
Initializing Density Matrix...

initdm: Initial spin polarization (Qup-Qdown) =    4.000000
New grid distribution:   1
           1       1:    8    1:    8    1:    4
           2       1:    8    1:    8    5:    8

InitMesh: MESH =    16 x    16 x    16 =        4096
InitMesh: (bp) =     8 x     8 x     8 =         512
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   150.000   171.794 Ry
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    60 x    56 =      201600
New grid distribution:   2
           1       1:    8    1:    8    1:    4
           2       1:    8    1:    8    5:    8
New grid distribution:   3
           1       1:    8    1:    8    1:    4
           2       1:    8    1:    8    5:    8
Setting up quadratic distribution...
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    60 x    56 =      201600
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  256
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                25429

stepf: Fermi-Dirac step function

siesta: Program's energy decomposition (eV):
siesta: Ebs     =       -64.254281
siesta: Eions   =       711.951410
siesta: Ena     =        22.613145
siesta: Ekin    =       769.702259
siesta: Enl     =      -468.825526
siesta: DEna    =         0.000000
siesta: DUscf   =         0.000000
siesta: DUext   =         0.000000
siesta: Exc     =      -393.596676
siesta: eta*DQ  =         0.000000
siesta: Emadel  =         0.000000
siesta: Emeta   =         0.000000
siesta: Emolmec =         0.000000
siesta: Ekinion =         0.000000
siesta: Eharris =      -781.882594
siesta: Etot    =      -782.058209
siesta: FreeEng =      -782.060834

   scf: iscf   Eharris(eV)      E_KS(eV)   FreeEng(eV)    dDmax  Ef(eV)
   scf:    1     -781.8826     -782.0582     -782.0608  0.93226 -5.2101
timer: Routine,Calls,Time,% =    IterSCF     1       4.270  76.80
   scf:    2     -782.2936     -782.1238     -782.1254  0.06106 -6.2766
   scf:    3     -782.2461     -782.1189     -782.1207  0.07964 -6.0974
   scf:    4     -782.2283     -782.1787     -782.1814  0.02982 -5.7869
   scf:    5     -782.2259     -782.1760     -782.1785  0.03042 -5.8430
   scf:    6     -782.2357     -782.2207     -782.2237  0.01994 -5.8035
   scf:    7     -782.2340     -782.2204     -782.2233  0.01832 -5.8888
   scf:    8     -782.2362     -782.2306     -782.2334  0.01535 -5.9078
   scf:    9     -782.2371     -782.2327     -782.2355  0.01440 -5.9090
   scf:   10     -782.2414     -782.2363     -782.2387  0.01174 -5.8740
   scf:   11     -782.2410     -782.2325     -782.2349  0.00923 -5.8784
   scf:   12     -782.2418     -782.2305     -782.2330  0.00703 -5.8727
   scf:   13     -782.2419     -782.2283     -782.2308  0.00675 -5.8783
   scf:   14     -782.2419     -782.2284     -782.2309  0.00630 -5.8845
   scf:   15     -782.2420     -782.2350     -782.2376  0.00497 -5.8937
   scf:   16     -782.2421     -782.2363     -782.2389  0.00463 -5.8933
   scf:   17     -782.2424     -782.2432     -782.2457  0.00296 -5.8863
   scf:   18     -782.2424     -782.2431     -782.2456  0.00272 -5.8872
   scf:   19     -782.2425     -782.2401     -782.2427  0.00163 -5.8958
   scf:   20     -782.2425     -782.2386     -782.2412  0.00182 -5.8955
   scf:   21     -782.2425     -782.2381     -782.2407  0.00188 -5.8941
   scf:   22     -782.2426     -782.2398     -782.2424  0.00156 -5.8898
   scf:   23     -782.2426     -782.2408     -782.2434  0.00133 -5.8893
   scf:   24     -782.2426     -782.2429     -782.2455  0.00084 -5.8930

SCF Convergence by dMax criterion
max |DM_out - DM_in|:     0.00084024
SCF cycle converged after   24 iterations

Using DM_out to compute the final energy and forces

siesta: E_KS(eV) =             -782.2426

siesta: E_KS - E_eggbox =      -782.2426

siesta: Atomic forces (eV/Ang):
----------------------------------------
   Tot    0.000000   -0.000000    0.000000
----------------------------------------
   Max    0.000000
   Res    0.000000    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
----------------------------------------
   Max    0.000000    constrained

Stress-tensor-Voigt (kbar):      -10.69      -10.69      -10.68       -5.21        5.21       -5.21
(Free)E + p*V (eV/cell)     -782.1664
Target enthalpy (eV/cell)     -782.2452

mulliken: Atomic and Orbital Populations:

mulliken: Spin UP

Species: Fe                  
Atom  Qatom  Qorb
               4s      4s      3dxy    3dyz    3dz2    3dxz    3dx2-y2 3dxy   
               3dyz    3dz2    3dxz    3dx2-y2 4Ppy    4Ppz    4Ppx   
   1  5.158  -0.151   0.446   0.905   0.905   0.968   0.905   0.968  -0.029
             -0.029  -0.022  -0.029  -0.022   0.114   0.114   0.114

mulliken: Qtot =        5.158

mulliken: Spin DOWN

Species: Fe                  
Atom  Qatom  Qorb
               4s      4s      3dxy    3dyz    3dz2    3dxz    3dx2-y2 3dxy   
               3dyz    3dz2    3dxz    3dx2-y2 4Ppy    4Ppz    4Ppx   
   1  2.842  -0.244   0.544   0.538   0.538   0.343   0.538   0.343  -0.050
             -0.050  -0.042  -0.050  -0.042   0.158   0.158   0.158

mulliken: Qtot =        2.842
Computing bands...

siesta: Program's energy decomposition (eV):
siesta: Ebs     =       -64.871016
siesta: Eions   =       711.951410
siesta: Ena     =        22.613145
siesta: Ekin    =       770.695739
siesta: Enl     =      -473.896848
siesta: DEna    =         0.779781
siesta: DUscf   =         0.020155
siesta: DUext   =         0.000000
siesta: Exc     =      -390.503162
siesta: eta*DQ  =         0.000000
siesta: Emadel  =         0.000000
siesta: Emeta   =         0.000000
siesta: Emolmec =         0.000000
siesta: Ekinion =         0.000000
siesta: Eharris =      -782.242595
siesta: Etot    =      -782.242601
siesta: FreeEng =      -782.245185

siesta: Final energy (eV):
siesta:  Band Struct. =     -64.871016
siesta:       Kinetic =     770.695739
siesta:       Hartree =      86.251701
siesta:    Ext. field =       0.000000
siesta:   Exch.-corr. =    -390.503162
siesta:  Ion-electron =    -819.233250
siesta:       Ion-ion =    -429.453629
siesta:       Ekinion =       0.000000
siesta:         Total =    -782.242601

siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
siesta:    -0.006669   -0.003249   -0.003249
siesta:    -0.003249   -0.006669    0.003249
siesta:    -0.003249    0.003249   -0.006669

siesta: Cell volume =         11.819952 Ang**3

siesta: Pressure (static):
siesta:                Solid            Molecule  Units
siesta:           0.00007263          0.00007263  Ry/Bohr**3
siesta:           0.00666899          0.00666899  eV/Ang**3
siesta:          10.68501679         10.68501679  kBar
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =        -781.661101
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =        -781.661096

siesta: Total spin polarization (Qup-Qdown) =    2.315398
>> End of run:  30-SEP-2017   4:23:47




作者
Author: 五十八    时间: 2017-10-14 04:20
************************************************附上4.1.b3结果

                           ***********************      
                           *  WELCOME TO SIESTA  *      
                           ***********************      

reinit: Reading from standard input
reinit: Dumped input in INPUT_TMP.47960
************************** Dump of input data file ****************************
SystemName          Water molecule
SystemLabel         h2o
NumberOfAtoms       3
NumberOfSpecies     2
MeshCutoff  50 Ry
%block ChemicalSpeciesLabel
1  8  O      # Species index, atomic number, species label
2  1  H
%endblock ChemicalSpeciesLabel
AtomicCoordinatesFormat  Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
0.000  0.000  0.000  1
0.757  0.586  0.000  2
-0.757  0.586  0.000  2
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
save-rho T
save-delta-rho T
save-total-potential T
save-neutral-atom-potential T
save-hs T
************************** End of input data file *****************************

reinit: -----------------------------------------------------------------------
reinit: System Name: Water molecule
reinit: -----------------------------------------------------------------------
reinit: System Label: h2o
reinit: -----------------------------------------------------------------------
Siesta Version: siesta-4.1--736
Architecture  : unknown
Compiler flags: mpiifort -O2 -fPIC
PP flags      : -DFC_HAVE_ABORT -DMPI
Libraries     : -L/opt/intel/mkl/lib/intel64 -I/opt/intel/mkl/include/lib  -lmkl_blas95_lp64  -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -lmkl_core -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_rt -liomp5 -lpthread -lm
PARALLEL version

* Running on 4 nodes in parallel
>> Start of run:  14-OCT-2017   4:13:42

initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ----------
Species number:   1 Atomic number:    8 Label: O
Species number:   2 Atomic number:    1 Label: H

Ground state valence configuration:   2s02  2p04
Reading pseudopotential information in formatted form from O.psf

Valence configuration for pseudopotential generation:
2s( 2.00) rc: 1.14
2p( 4.00) rc: 1.14
3d( 0.00) rc: 1.14
4f( 0.00) rc: 1.14
Ground state valence configuration:   1s01
Reading pseudopotential information in formatted form from H.psf

Valence configuration for pseudopotential generation:
1s( 1.00) rc: 1.25
2p( 0.00) rc: 1.25
3d( 0.00) rc: 1.25
4f( 0.00) rc: 1.25
For O, standard SIESTA heuristics set lmxkb to 3
(one more than the basis l, including polarization orbitals).
Use PS.lmax or PS.KBprojectors blocks to override.
For H, standard SIESTA heuristics set lmxkb to 2
(one more than the basis l, including polarization orbitals).
Use PS.lmax or PS.KBprojectors blocks to override.

<basis_specs>
===============================================================================
O                    Z=   8    Mass=  16.000        Charge= 0.17977+309
Lmxo=1 Lmxkb= 3    BasisType=split      Semic=F
L=0  Nsemic=0  Cnfigmx=2
          n=1  nzeta=2  polorb=0
            splnorm:   0.15000   
               vcte:    0.0000   
               rinn:    0.0000   
               qcoe:    0.0000   
               qyuk:    0.0000   
               qwid:   0.10000E-01
                rcs:    0.0000      0.0000   
            lambdas:    1.0000      1.0000   
L=1  Nsemic=0  Cnfigmx=2
          n=1  nzeta=2  polorb=1
            splnorm:   0.15000   
               vcte:    0.0000   
               rinn:    0.0000   
               qcoe:    0.0000   
               qyuk:    0.0000   
               qwid:   0.10000E-01
                rcs:    0.0000      0.0000   
            lambdas:    1.0000      1.0000   
-------------------------------------------------------------------------------
L=0  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
L=1  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
L=2  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
L=3  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
===============================================================================
</basis_specs>

atom: Called for O                     (Z =   8)

read_vps: Pseudopotential generation method:
read_vps: ATM3      Troullier-Martins                       
Total valence charge:    6.00000

xc_check: Exchange-correlation functional:
xc_check: Ceperley-Alder
V l=0 = -2*Zval/r beyond r=  1.1278
V l=1 = -2*Zval/r beyond r=  1.1278
V l=2 = -2*Zval/r beyond r=  1.1278
V l=3 = -2*Zval/r beyond r=  1.1138
All V_l potentials equal beyond r=  1.1278
This should be close to max(r_c) in ps generation
All pots = -2*Zval/r beyond r=  1.1278

VLOCAL1: 99.0% of the norm of Vloc inside     34.126 Ry
VLOCAL1: 99.9% of the norm of Vloc inside     77.774 Ry
atom: Maximum radius for 4*pi*r*r*local-pseudopot. charge    1.37759
atom: Maximum radius for r*vlocal+2*Zval:    1.18566
GHOST: No ghost state for L =  0
GHOST: No ghost state for L =  1
GHOST: No ghost state for L =  2
GHOST: No ghost state for L =  3

KBgen: Kleinman-Bylander projectors:
   l= 0   rc=  1.294105   el= -1.742414   Ekb=  9.135903   kbcos=  0.326910
   l= 1   rc=  1.294105   el= -0.676589   Ekb= -8.124878   kbcos= -0.395047
   l= 2   rc=  1.448233   el=  0.002386   Ekb= -2.039267   kbcos= -0.003484
   l= 3   rc=  1.561052   el=  0.003508   Ekb= -0.799141   kbcos= -0.000344

KBgen: Total number of  Kleinman-Bylander projectors:   16
atom: -------------------------------------------------------------------------

atom: SANKEY-TYPE ORBITALS:
atom: Selected multiple-zeta basis: split     

SPLIT: Orbitals with angular momentum L= 0

SPLIT: Basis orbitals for state 2s

SPLIT: PAO cut-off radius determined from an
SPLIT: energy shift=  0.020000 Ry

   izeta = 1
                 lambda =    1.000000
                     rc =    3.305093
                 energy =   -1.723766
                kinetic =    1.614911
    potential(screened) =   -3.338677
       potential(ionic) =  -11.304675

   izeta = 2
                 rmatch =    2.510382
              splitnorm =    0.150000
                 energy =   -1.471299
                kinetic =    2.446434
    potential(screened) =   -3.917732
       potential(ionic) =  -12.476133

SPLIT: Orbitals with angular momentum L= 1

SPLIT: Basis orbitals for state 2p

SPLIT: PAO cut-off radius determined from an
SPLIT: energy shift=  0.020000 Ry

   izeta = 1
                 lambda =    1.000000
                     rc =    3.937239
                 energy =   -0.658841
                kinetic =    5.005986
    potential(screened) =   -5.664827
       potential(ionic) =  -13.452360

   izeta = 2
                 rmatch =    2.541963
              splitnorm =    0.150000
                 energy =   -0.367441
                kinetic =    7.530509
    potential(screened) =   -7.897949
       potential(ionic) =  -16.611953

POLgen: Perturbative polarization orbital with L=  2

POLgen: Polarization orbital for state 2p

   izeta = 1
                     rc =    3.937239
                 energy =    2.398520
                kinetic =    4.716729
    potential(screened) =   -2.318209
       potential(ionic) =   -8.603170
atom: Total number of Sankey-type orbitals: 13

atm_pop: Valence configuration (for local Pseudopot. screening):
2s( 2.00)                                                            
2p( 4.00)                                                            
Vna: chval, zval:    6.00000   6.00000

Vna:  Cut-off radius for the neutral-atom potential:   3.937239

atom: _________________________________________________________________________

<basis_specs>
===============================================================================
H                    Z=   1    Mass=  1.0100        Charge= 0.17977+309
Lmxo=0 Lmxkb= 2    BasisType=split      Semic=F
L=0  Nsemic=0  Cnfigmx=1
          n=1  nzeta=2  polorb=1
            splnorm:   0.15000   
               vcte:    0.0000   
               rinn:    0.0000   
               qcoe:    0.0000   
               qyuk:    0.0000   
               qwid:   0.10000E-01
                rcs:    0.0000      0.0000   
            lambdas:    1.0000      1.0000   
-------------------------------------------------------------------------------
L=0  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
L=1  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
L=2  Nkbl=1  erefs: 0.17977+309
===============================================================================
</basis_specs>

atom: Called for H                     (Z =   1)

read_vps: Pseudopotential generation method:
read_vps: ATM3      Troullier-Martins                       
Total valence charge:    1.00000

xc_check: Exchange-correlation functional:
xc_check: Ceperley-Alder
V l=0 = -2*Zval/r beyond r=  1.2343
V l=1 = -2*Zval/r beyond r=  1.2189
V l=2 = -2*Zval/r beyond r=  1.2189
All V_l potentials equal beyond r=  1.2343
This should be close to max(r_c) in ps generation
All pots = -2*Zval/r beyond r=  1.2343

VLOCAL1: 99.0% of the norm of Vloc inside     28.493 Ry
VLOCAL1: 99.9% of the norm of Vloc inside     64.935 Ry
atom: Maximum radius for 4*pi*r*r*local-pseudopot. charge    1.45251
atom: Maximum radius for r*vlocal+2*Zval:    1.21892
GHOST: No ghost state for L =  0
GHOST: No ghost state for L =  1
GHOST: No ghost state for L =  2

KBgen: Kleinman-Bylander projectors:
   l= 0   rc=  1.364359   el= -0.467325   Ekb= -2.005361   kbcos= -0.336422
   l= 1   rc=  1.434438   el=  0.001430   Ekb= -0.501708   kbcos= -0.021697
   l= 2   rc=  1.470814   el=  0.002365   Ekb= -0.190555   kbcos= -0.002281

KBgen: Total number of  Kleinman-Bylander projectors:    9
atom: -------------------------------------------------------------------------

atom: SANKEY-TYPE ORBITALS:
atom: Selected multiple-zeta basis: split     

SPLIT: Orbitals with angular momentum L= 0

SPLIT: Basis orbitals for state 1s

SPLIT: PAO cut-off radius determined from an
SPLIT: energy shift=  0.020000 Ry

   izeta = 1
                 lambda =    1.000000
                     rc =    4.828263
                 energy =   -0.449375
                kinetic =    0.929372
    potential(screened) =   -1.378747
       potential(ionic) =   -1.915047

   izeta = 2
                 rmatch =    3.854947
              splitnorm =    0.150000
                 energy =   -0.336153
                kinetic =    1.505294
    potential(screened) =   -1.841447
       potential(ionic) =   -2.413582

POLgen: Perturbative polarization orbital with L=  1

POLgen: Polarization orbital for state 1s

   izeta = 1
                     rc =    4.828263
                 energy =    0.706972
                kinetic =    1.396397
    potential(screened) =   -0.689424
       potential(ionic) =   -1.169792
atom: Total number of Sankey-type orbitals:  5

atm_pop: Valence configuration (for local Pseudopot. screening):
1s( 1.00)                                                            
Vna: chval, zval:    1.00000   1.00000

Vna:  Cut-off radius for the neutral-atom potential:   4.828263

atom: _________________________________________________________________________

prinput: Basis input ----------------------------------------------------------

PAO.BasisType split     

%block ChemicalSpeciesLabel
    1    8 O                       # Species index, atomic number, species label
    2    1 H                       # Species index, atomic number, species label
%endblock ChemicalSpeciesLabel

%block PAO.Basis                 # Define Basis set
O                     2                    # Species label, number of l-shells
n=2   0   2                         # n, l, Nzeta
   3.305      2.510   
   1.000      1.000   
n=2   1   2 P   1                   # n, l, Nzeta, Polarization, NzetaPol
   3.937      2.542   
   1.000      1.000   
H                     1                    # Species label, number of l-shells
n=1   0   2 P   1                   # n, l, Nzeta, Polarization, NzetaPol
   4.828      3.855   
   1.000      1.000   
%endblock PAO.Basis

prinput: ----------------------------------------------------------------------

coor:   Atomic-coordinates input format  =     Cartesian coordinates
coor:                                          (in Angstroms)

siesta: Atomic coordinates (Bohr) and species
siesta:      0.00000   0.00000   0.00000  1        1
siesta:      1.43052   1.10738   0.00000  2        2
siesta:     -1.43052   1.10738   0.00000  2        3

siesta: Automatic unit cell vectors (Ang):
siesta:    7.286412    0.000000    0.000000
siesta:    0.000000    5.746952    0.000000
siesta:    0.000000    0.000000    5.621012

siesta: System type = molecule  

initatomlists: Number of atoms, orbitals, and projectors:      3    23    34

siesta: ******************** Simulation parameters ****************************
siesta:
siesta: The following are some of the parameters of the simulation.
siesta: A complete list of the parameters used, including default values,
siesta: can be found in file out.fdf
siesta:
redata: Spin configuration                          = none
redata: Number of spin components                   = 1
redata: Time-Reversal Symmetry                      = T
redata: Spin-spiral                                 = F
redata: Long output                                 =   F
redata: Number of Atomic Species                    =        2
redata: Charge density info will appear in .RHO file
redata: Write Mulliken Pop.                         = NO
redata: Mesh Cutoff                                 =    50.0000 Ry
redata: Net charge of the system                    =     0.0000 |e|
redata: Min. number of SCF Iter                     =        0
redata: Max. number of SCF Iter                     =       50
redata: SCF mix quantity                            = Hamiltonian
redata: Mix DM or H after convergence               =   F
redata: Recompute H after scf cycle                 =   F
redata: Mix DM in first SCF step                    =   T
redata: Write Pulay info on disk                    =   F
redata: New DM Mixing Weight                        =     0.2500
redata: New DM Occupancy tolerance                  = 0.000000000001
redata: No kicks to SCF
redata: DM Mixing Weight for Kicks                  =     0.5000
redata: Require Harris convergence for SCF          =   F
redata: Harris energy tolerance for SCF             =     0.000100 eV
redata: Require DM convergence for SCF              =   T
redata: DM tolerance for SCF                        =     0.0001
redata: Require EDM convergence for SCF             =   F
redata: EDM tolerance for SCF                       =     0.001000 eV
redata: Require H convergence for SCF               =   T
redata: Hamiltonian tolerance for SCF               =     0.001000 eV
redata: Require (free) Energy convergence for SCF   =   F
redata: (free) Energy tolerance for SCF             =     0.000100 eV
redata: Using Saved Data (generic)                  =   F
redata: Use continuation files for DM               =   F
redata: Neglect nonoverlap interactions             =   F
redata: Method of Calculation                       = Diagonalization
redata: Divide and Conquer                          =   T
redata: Electronic Temperature                      =   299.9869 K
redata: Fix the spin of the system                  =   F
redata: Dynamics option                             = Single-point calculation
mix.SCF: Pulay mixing                            = Pulay
mix.SCF:    Variant                              = stable
mix.SCF:    History steps                        = 2
mix.SCF:    Linear mixing weight                 =     0.250000
mix.SCF:    Mixing weight                        =     0.250000
mix.SCF:    SVD condition                        = 0.1000E-07
redata: ***********************************************************************

%block SCF.Mixers
  Pulay
%endblock SCF.Mixers

%block SCF.Mixer.Pulay
  # Mixing method
  method pulay
  variant stable

  # Mixing options
  weight 0.2500
  weight.linear 0.2500
  history 2
%endblock SCF.Mixer.Pulay

DM_history_depth set to one: no extrapolation allowed by default for geometry relaxation
Size of DM history Fstack: 1
Total number of electrons:     8.000000
Total ionic charge:     8.000000

* ProcessorY, Blocksize:    2   6


* Orbital distribution balance (max,min):     6     5

Kpoints in:            1 . Kpoints trimmed:            1

siesta: k-grid: Number of k-points =     1
siesta: k-grid: Cutoff (effective) =     2.811 Ang
siesta: k-grid: Supercell and displacements
siesta: k-grid:    1   0   0      0.000
siesta: k-grid:    0   1   0      0.000
siesta: k-grid:    0   0   1      0.000


                     ====================================
                        Single-point calculation
                     ====================================

outcell: Unit cell vectors (Ang):
        7.286412    0.000000    0.000000
        0.000000    5.746952    0.000000
        0.000000    0.000000    5.621012

outcell: Cell vector modules (Ang)   :    7.286412    5.746952    5.621012
outcell: Cell angles (23,13,12) (deg):     90.0000     90.0000     90.0000
outcell: Cell volume (Ang**3)        :    235.3780
<dSpData1D:S at geom step 0
  <sparsity:sparsity for geom step 0
    nrows_g=23 nrows=6 sparsity=.2609 nnzs=138, refcount: 7>
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=138, refcount: 1>
refcount: 1>
new_DM -- step:     1
Initializing Density Matrix...
DM filled with atomic data:
<dSpData2D:DM initialized from atoms
  <sparsity:sparsity for geom step 0
    nrows_g=23 nrows=6 sparsity=.2609 nnzs=138, refcount: 8>
  <dData2D:DM n=138 m=1, refcount: 1>
refcount: 1>

No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:       3      23
New grid distribution:   1
           1       1:   16    1:    8    1:    6
           2       1:   16    1:    8    7:   12
           3       1:   16    9:   15    1:    6
           4       1:   16    9:   15    7:   12

InitMesh: MESH =    32 x    30 x    24 =       23040
InitMesh: (bp) =    16 x    15 x    12 =        2880
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    50.384 Ry
ExtMesh (bp) on 0 =    40 x    36 x    30 =       43200
New grid distribution:   2
           1       5:   16    1:    4    1:   12
           2       1:    4    1:    4    1:   12
           3       5:   16    5:   15    1:   12
           4       1:    4    5:   15    1:   12
New grid distribution:   3
           1       8:   16    1:    5    1:   12
           2       1:    7    1:    5    1:   12
           3       8:   16    6:   15    1:   12
           4       1:    7    6:   15    1:   12
Setting up quadratic distribution...
ExtMesh (bp) on 0 =    36 x    32 x    36 =       41472
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  576
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 3687

stepf: Fermi-Dirac step function

siesta: Program's energy decomposition (eV):
siesta: Ebs     =       -86.527724
siesta: Eions   =       815.854478
siesta: Ena     =       175.154321
siesta: Ekin    =       370.751247
siesta: Enl     =       -67.181676
siesta: Eso     =         0.000000
siesta: Eldau   =         0.000000
siesta: DEna    =       -13.606312
siesta: DUscf   =         1.705533
siesta: DUext   =         0.000000
siesta: Exc     =      -116.213094
siesta: eta*DQ  =         0.000000
siesta: Emadel  =         0.000000
siesta: Emeta   =         0.000000
siesta: Emolmec =         0.000000
siesta: Ekinion =         0.000000
siesta: Eharris =      -467.645208
siesta: Etot    =      -465.244458
siesta: FreeEng =      -465.244458

        iscf     Eharris(eV)        E_KS(eV)     FreeEng(eV)     dDmax    Ef(eV) dHmax(eV)
   scf:    1     -467.645208     -465.244458     -465.244458  1.438730 -4.254018  6.304092
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1       0.028   3.09
   scf:    2     -466.124875     -465.763870     -465.763870  0.046622 -3.203898  2.536085
   scf:    3     -465.849696     -465.836459     -465.836459  0.025064 -2.450205  0.346690
   scf:    4     -465.841502     -465.839128     -465.839128  0.010781 -2.371205  0.255425
   scf:    5     -465.841092     -465.840518     -465.840518  0.023618 -2.152275  0.044619
   scf:    6     -465.840727     -465.840635     -465.840635  0.001580 -2.149639  0.027740
   scf:    7     -465.840689     -465.840665     -465.840665  0.000885 -2.149921  0.014627
   scf:    8     -465.840677     -465.840671     -465.840671  0.000436 -2.152067  0.010016
   scf:    9     -465.840674     -465.840673     -465.840673  0.000473 -2.156136  0.003322
   scf:   10     -465.840673     -465.840673     -465.840673  0.000044 -2.157561  0.001940
   scf:   11     -465.840673     -465.840673     -465.840673  0.000014 -2.158566  0.001317
   scf:   12     -465.840673     -465.840673     -465.840673  0.000015 -2.158751  0.000747

SCF Convergence by DM+H criterion
max |DM_out - DM_in|         :     0.0000151486
max |H_out - H_in|      (eV) :     0.0007470259
SCF cycle converged after 12 iterations

Using DM_out to compute the final energy and forces
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:       3      23

siesta: E_KS(eV) =             -465.8407

siesta: E_KS - E_eggbox =      -465.8407

siesta: Atomic forces (eV/Ang):
----------------------------------------
   Tot    0.000000    0.055861   -0.000000
----------------------------------------
   Max    0.717766
   Res    0.399597    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
----------------------------------------
   Max    0.717766    constrained

Stress-tensor-Voigt (kbar):      -20.20       -3.68       22.43        0.00        0.00       -0.00
(Free)E + p*V (eV/cell)     -465.7698
Target enthalpy (eV/cell)     -465.8407

siesta: Program's energy decomposition (eV):
siesta: Ebs     =      -104.740961
siesta: Eions   =       815.854478
siesta: Ena     =       175.154321
siesta: Ekin    =       350.790387
siesta: Enl     =       -61.961783
siesta: Eso     =         0.000000
siesta: Eldau   =         0.000000
siesta: DEna    =        -1.781929
siesta: DUscf   =         0.727495
siesta: DUext   =         0.000000
siesta: Exc     =      -112.914686
siesta: eta*DQ  =         0.000000
siesta: Emadel  =         0.000000
siesta: Emeta   =         0.000000
siesta: Emolmec =         0.000000
siesta: Ekinion =         0.000000
siesta: Eharris =      -465.840673
siesta: Etot    =      -465.840673
siesta: FreeEng =      -465.840673

siesta: Final energy (eV):
siesta:  Band Struct. =    -104.740961
siesta:       Kinetic =     350.790387
siesta:       Hartree =     382.623367
siesta:       Eldau   =       0.000000
siesta:       Eso     =       0.000000
siesta:    Ext. field =       0.000000
siesta:   Exch.-corr. =    -112.914686
siesta:  Ion-electron =   -1072.833868
siesta:       Ion-ion =     -13.505875
siesta:       Ekinion =       0.000000
siesta:         Total =    -465.840673
siesta:         Fermi =      -2.158751

siesta: Atomic forces (eV/Ang):
siesta:      1    0.000000   -0.501435   -0.000000
siesta:      2    0.717766    0.278648   -0.000000
siesta:      3   -0.717766    0.278648   -0.000000
siesta: ----------------------------------------
siesta:    Tot    0.000000    0.055861   -0.000000

siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
siesta:    -0.012608    0.000000   -0.000000
siesta:     0.000000   -0.002294   -0.000000
siesta:    -0.000000    0.000000    0.013999

siesta: Cell volume =        235.378012 Ang**3

siesta: Pressure (static):
siesta:                Solid            Molecule  Units
siesta:           0.00000328         -0.00001818  Ry/Bohr**3
siesta:           0.00030112         -0.00166940  eV/Ang**3
siesta:           0.48244709         -2.67470419  kBar
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =        -465.255506
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =        -465.255506

siesta: Electric dipole (a.u.)  =   -0.000000    0.558282    0.000000
siesta: Electric dipole (Debye) =   -0.000000    1.419012    0.000000

dhscf: Vacuum level (max, mean) =    0.636974   -0.068254 eV
>> End of run:  14-OCT-2017   4:13:45
Job completed

作者
Author: winnietyz    时间: 2017-11-7 10:08
楼主辛苦了！
我多嘴说一句，4.1-b3的obj文件夹下有个说明书readme，里面说obj有两个写好的make：gfortran.make 和Intel.make。根据自己情况选一个，把文件名改成arch.make就可以了。
作者
Author: 五十八    时间: 2017-11-7 13:53
winnietyz 发表于 2017-11-7 10:08
楼主辛苦了！
我多嘴说一句，4.1-b3的obj文件夹下有个说明书readme，里面说obj有两个写好的make：gfortran ...

直接使用intel.make编译出来的是串行版本 并行版本编译需要注意lib的使用 比如 core 之类的
作者
Author: winnietyz    时间: 2017-11-7 15:59
本帖最后由 winnietyz 于 2017-11-7 18:47 编辑
五十八 发表于 2017-11-7 13:53
直接使用intel.make编译出来的是串行版本 并行版本编译需要注意lib的使用 比如 core 之类的

是的，并行就是按照您的思路去填好arch.make。
我有一个地方不清楚，就是编译siesta之后，我还要编译 transiesta，于是make clean，然后就发现Obj里的siesta被删除了。但是不clean又不让编译transiesta。纠结~~~@sobereva 老师能进来给个意见吗？社友们你们编译TRANsiesta时，有这个困扰吗？




欢迎光临 计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3