计算化学公社

标题: MS运行forcite-dynamics报错 [打印本页]

作者
Author: 双木柳 时间: 2023-5-28 10:26
标题: MS运行forcite-dynamics报错
本帖最后由双木柳于 2023-5-28 21:03 编辑

各位老师，我在使用MS做聚合物的动力学（forcite-dynamics）时出现了入下错误：
Dynamics calculation - Deviation in total energy (2.65573e+007 kcal/mol) between successive
steps was greater than the specified maximum (50000 kcal/mol).
Try relaxing the structure with geometry optimization, reducing the time step,
reducing the temperature or a combination of these in Forcite.Dynamics (function/property "Run") at -e line 28.

做的perl脚本是：
my $NVTout=$forcite->Dynamics->Run($doc,Settings(
Ensemble3D=>"NVT",Temperature=>$temperature,
NumberOfSteps=>1e5,TrajectoryFrequency=>1e5,InitialVelocities=>"Random",
CurrentForcefield => "COMPASS",
"3DPeriodicElectrostaticSummationMethod" =>"Group based",
"3DPeriodicvdWSummationMethod"=>"Group based",
"3DPeriodicvdWChargeGroupCubicSplineCutOff"=> 15,
"3DPeriodicvdWChargeGroupCubicSplineWidth" => 1.5,
Pressure=>0.0001,Thermostat=>"NHL"));

作者
Author: 含光君 时间: 2023-5-28 10:33
报错写的明明白白，不看的吗

Try relaxing the structure with geometry optimization, reducing the time step,
reducing the temperature or a combination of these in Forcite

作者
Author: 双木柳 时间: 2023-5-28 10:34
温度是300K，然后也对模型进行退火处理了

作者
Author: 双木柳 时间: 2023-5-28 11:23

含光君发表于 2023-5-28 10:33
报错写的明明白白，不看的吗

谢谢回答，报错看了的，温度也改了，也优化了，都试了试，然后还是同样的报错

作者
Author: 含光君 时间: 2023-5-28 12:17

双木柳发表于 2023-5-28 11:23
谢谢回答，报错看了的，温度也改了，也优化了，都试了试，然后还是同样的报错

试过什么办法都要在提问中讲清楚。见《在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚》http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

我推测模拟过程中出现不合理结构可能还是时间步长太大了，（前提是你对模型做过能量极小化）。最后要是实在没办法把两步之间能量差阈值调大吧。

作者
Author: 双木柳 时间: 2023-5-28 14:11
本帖最后由双木柳于 2023-5-28 14:14 编辑

含光君发表于 2023-5-28 12:17
试过什么办法都要在提问中讲清楚。见《在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、 ...

谢谢老师回答，没讲清楚这个提问是我的问题，很抱歉之前没有写清楚。
我做的是构建不同聚合度下的模型，来探究性能。
在使用高聚合度模型时，用forcite-dynamics的NVT模组时出现报错。
参数和报错上面。
————————————
对于报错解决的问题采取的措施：
1.改变温度，更改初始温度从300K往上加，425K可以运行低聚合度模型，高聚合度模型同样报错，报错报告同上，且低聚合度不能进行从600K开始的降温模拟，报错同上。
2.对于交联模型，采用的能量最小化按照文献使用退火算法，手动选取能量最小的模型，即使用forcite-anneal模组，在300-600k循环25次，时间步为1fs，升降温为50K/20ps，选的能量最低的一帧，高聚合度的能量约为820kcal/mol，低聚合度的能量约为1300kcal/mol。（如果直接用能量最小化模组，容易导致结构达到亚稳态问题）
——————————————
对于模拟过程的不合理结构，无法判断，但是他的交联是没有问题，是按照反应机理进行结合，成键情况检查后没有问题。
时间步长太长，这个时间步长是指Number of steps吗，Number of steps我试过，最开始设置的步数是Number of steps:100000，我尝试过调低和调高都没有解决问题。
——————————————
对于能量差阈值不太理解，是指报错中的the specified maximum (50000 kcal/mol)吗，不太清楚在哪里调节。

作者
Author: 含光君 时间: 2023-5-28 15:41

时间步长太长，这个时间步长是指Number of steps吗

不是，应该是在这里把1fs调小

时间步为1fs

是指报错中的the specified maximum (50000 kcal/mol)吗

是，如果你用的是windows端MS自行去图形界面一个个点开应该就能找到。Linux端提交则需要查看MS的API手册。

作者
Author: lei234 时间: 2023-9-4 17:17
请问楼主问题解决了吗？

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)