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标题: 软件编译笔记以及错误杂记--暂vasp [打印本页]

作者
Author: zhanfei 时间: 2016-7-12 22:56
标题: 软件编译笔记以及错误杂记--暂vasp
注意gfortran编译会出现各种问题不好解决
注意有的代码缺少inc头文件找完整代码
vasplib 安装 make没有定义clean 需要手动删除o文件和预处理过的F文件，特别注意删除F文件
yum 安装的openmi 更改mpif90的wrapper文件使用FC=ifort 编译后至少小例子可以正常使用
vasp 并行串行版本的区分主要通过编译器预处理fpp 或者用cpp
注意MPI版本的CPP选项 -DMPI 定义MPI对应代码中的条件编译#ifdef MPI 如果不使用并行部分的CPP选项mpif90 编译的是同时串行运行多遍而不是并行
使用vasp自代fft
FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dfurth.o fft3dlib.o
使用fftw3 前面目标文件为vasp生成最后a文件为fftw3的静态链接库
FFT3D = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /home/zhanfei/mylib/fftw/lib/libfftw3.a
scalapack可以注视掉不用
为了省事BLAS LAPACK使用-mkl 配合ifort使用
BLAS或者LAPACK=-lblas -llapack 使用动态链接库 lapack的gfortran静态版会出现符号错误

scalapack使用静态库
SCA=/home/pla/build/scalapack-2.0.2/libscalapack.a

使用yum安装的mpif90
export OMPI_FC=ifort

编译历史问题
1 WARNING: CNORMN: search vector ill defined
原因使用了ifort + -lblas -llapack ifort 总结ifort谨慎使用系统自带动态链接库

集群编译问题
1 i386 x86-64 原因openblas出现了连接器ld  i386 x86_64 问题
ld: warning: i386:x86-64 architecture of input file `../libopenblas_penrynp-r0.2.15.a(ctrsm_ilnucopy.o)' is incompatible with i386 output
2 lapack错误 lapack无法正确被davidsion.o调用
解决方法降低优化级别，简化编译选项
FFLAG= -I$(MKLROOT)/include  #编译选项只包含mkl
OFLAG=                      #不使用O1 O2 O3 系列优化选项
#BLAS=libblas.a liblapack.a libtmglib.a -lblas -llapack

BLAS= -L$(MKLROOT)/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_core -lmkl_sequential -lpthread -lm
WARNING: Sub-Space-Matrix is not hermitian in DAV          2
-5.381221554134391E+050
Error EDDDAV: Call to ZHEGV failed. Returncode =  10 2  18
davidson.o : davidson.F
            $(CPP)
            $(FC)$(FFLAGS) -O1 -c $*$(SUFFIX)

feupdateenv is not implemented and will always fail解决办法-limf 参考https://software.intel.com/en-us ... mpiler/topic/298872

vasp常用工具vtst的script http://theory.cm.utexas.edu/svn/vtstscripts/

一些关于周期体系的杂记常用数据库
ICSD Findit
AFLOW http://aflowlib.org/
Crystallography Open Database  http://www.crystallography.net/cod/
网络资料vasp常见错误wiki  http://www.error.wiki/VASP
常用名词对应的空间群

金红石octahedrite Rutile p42/mnm编号136

错误日志

ERROR EDDDAV: Call to ZHEGV failed. Returncode = 10 2 16

解决1并行参数设置不合理比如mpirun -n 8 时候设置NCORE=1

解决2LSCALAPACK = .FALSE.

参考http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp-forum/viewtopic.php?t=10409

ERROR The old and the new charge density differ

解决ISYM = 0

参考http://www.error.wiki/The_old_and_the_new_charge_density_differ

作者
Author: cgchen 时间: 2016-7-13 08:46
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作者
Author: qwoop 时间: 2016-7-13 09:29
赞，求CPMD编译教程，各种库依赖搞得头大，官方tutorial上尽然只给了一句话：安装很“tricky”，意思是“你们这些渣渣就不要奢望了吧”的意思吗？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-7-13 12:20
gfortran编译我以前测试过是可以的，不知道现在版本如何，原来是要修改ASA.F的，当时参考的是这个帖子http://muchong.com/bbs/viewthrea ... =1&target=blank。

作者
Author: sslc1985 时间: 2016-7-22 10:17
如何才能获得下载这个附件的权限呢？能不能不要设置特殊用户

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-22 11:31

sslc1985 发表于 2016-7-22 10:17
如何才能获得下载这个附件的权限呢？能不能不要设置特殊用户

这里有个ppt版本

作者
Author: zhanfei 时间: 2016-7-23 09:40

sslc1985 发表于 2016-7-22 10:17
如何才能获得下载这个附件的权限呢？能不能不要设置特殊用户

lev2了应该都能下载了

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